Cấu trúc tổ chức hay đơn giản tổ chức trong hệ đa tác tử bao gồm các quy
định về chức năng, trách nhiệm, phạm vi quan tâm và thẩm quyền của từng tác tử trong hệ thống. Cấu trúc tổ chức gán cho mỗi tác tử một số loại công việc mà tác tử có thể thực hiện, cũng như thứ tự ưu tiên khi tác tử đồng thời nhận được nhiều công việc thuộc về những loại khác nhau. Ví dụ, trong một đội bóng nhiệm vụ của thủ môn là bảo vệ khung thành của đội mình do vậy trong đa số trường hợp thủ môn không cần chạy lên phía trước để ghi bàn.
Do mỗi tác tử có một trách nhiệm nhất định, tác tử đó cần nhận được thông tin về các kết quả thành phần có ảnh hưởng đến việc hoàn thành trách nhiệm của mình, trong khi không cần quan tâm đến những kết quả không liên quan đến việc thực hiện trách nhiệm đó.
Như vậy cấu trúc tổ chức cho phép xác định ai là người quan tâm đến một kết quả thành phần nào đó. Cấu trúc tổ chức cũng quy định mức độ hành động của tác tử khi nhận được kết quả thành phần (chẳng hạn tác tử có độ ưu tiên cao hơn có thể thay đổi kết quả của tác tử mức dưới, trong khi tác tử mức dưới không có quyền này).
Cấu trúc tổ chức có nhiều điểm tương tự tổ chức trong các cơ quan của con người đó là mỗi người có trách nhiệm thực hiện một số loại công việc, mỗi người đều biết cần gửi kết quả cho ai, nhận kết quả từ ai và có quyền phản ứng lại kết quả nhận được như thế nào.
chiều trên xuống và dưới lên giữa tác tử cấp trên và cấp dưới, tác tử cùng cấp không liên lạc trực tiếp với nhau. Tác tử mức trên thực hiện quản lý tài nguyên và ra quyết định.
-Cộng đồng chuyên gia: Đây là tổ chức cấu trúc không phân cấp. Các tác tử đều ngang hàng nhau, mỗi tác tử có một chuyên môn riêng trong lĩnh vực nhất định. Tác tử trong cộng đồng điều phối bằng cách điều chỉnh lẫn nhau sao cho đạt được kết quả chung thống nhất.
-Cộng đồng khoa học: Lấy mẫu từ mô hình hợp tác giữa các nhà khoa học. Mỗi tác tử hình thành kết quả riêng của mình. Kết quả này sau đó được công bố cho các tác tử khác để kiểm tra, tinh chỉnh hoặc bác bỏ.
-Thị trường: tổ chức kiểu này bao gồm nhiều tác tử cạnh tranh về công việc hoặc tài nguyên thông qua cơ chế ra giá và đấu thầu. Tác tử tương tác với nhau thông qua một thông số duy nhất-giá tiền- được dùng để đánh giá dịch vụ hoặc độ tiện ích. Điều phối được thực hiện thông qua điều chỉnh giá tiền tuân theo các quy luật thị trường.