Yếu tố tự nhiên có vai trò quan trọng trong ngành công nghiệp chế biến thủy sản. Điều kiện tự nhiên là một nhân tố rủi ro đối với ngư dân nuôi cá bè, khi thời tiết thay đổi cũng làm ảnh hương đáng kể đến số lượng và chất lượng nguồn cá sinh sống. Ngoài nguồn nguyên liệu tự từ câu lạc bộ Agifish thì phần còn lại Công ty phải thu mua từ các ngu dân bên ngoài do đó phần lớn biến động tích cực hay tiêu cực nào của nguồn nguyên liệu đều ảnh hưởng đến quá trình sản suất của Công ty .
(Nguồn: http://www.agifish.com.vn/home)
Với điều kiện địa lý thuận lợi dòng sông Mekong một trong những con sông lớn nhất ở khu vực Đông Nam Á chảy qua tỉnh An Giang mang theo nhiều loài cá nước ngọt có giá trị kinh tế cao đặt biệt là 2 loại cá tra và cá basa chỉ có ở ĐBSCL có gí trị kinh tế cao. Bên cạnh đó, An Giang có kênh ngòi chằng chịt, khí hậu thuận lợi đây là điều kiện tự nhiên đã giúp cho các ngu dân An Giang thuận lợi hơn trong việc nuôi thủy sản và An Giang trở thành là nơi làng bè có sản lượng lớn, chất lượng cá ngon.
Các xí nghiệp chế biến thủy sản đông lạnh của Công ty nằm trong vùng cung cấp nguyên liệu rất thuận lợi cho việc vận chuyển đường bộ lẫn đường thủy. Tuy nhiên An Giang nằm trong khu vực tứ giác Long Xuyên, đầu nguồn sông Tiền, sông Hậu, một vùng thường xuyên xảy ra lũ lụt hàng năm nên thường xảy ra hiện tượng sụt lỡ đất gây khó khăn khi giao thông vận chuyển.
Sự phát triển một cách nhanh chóng các ao, hầm nuôi cá, tập trung phần lớn nơi đầu nguồn sông Tiền và sông Hậu đã phần nào ảnh hưởng đến môi trường tự nhiên, làm tăng khả năng xuất hiện dịch bệnh ở cá.