Nguyễn Huệ trên tiền giấy và tem thư của chính quyền Việt Nam Cộng hòa
Xem thêm: Nguyễn Hữu Chỉnh và Vũ Văn Nhậm
Trong thời loạn lạc của Nguyễn Huệ cuối thế kỷ 18 - một trong những thời kỳ rối ren, nhiều bè phái và phân liệt nhiều nhất trong lịch sử Việt Nam, ngoài tàn dư của các lực lượng tồn tại lâu đời, trong quá trình tranh chấp giữa các phe phái còn nhiều phần tử nảy sinh ý đồ xưng hùng xưng bá trước những cơ hội do hoàn cảnh mang lại, nhất là khi địa bàn kiểm soát của ông nằm giữa hai vùng Nam Bộ và Bắc Bộ - đất kiểm soát của các lực lượng chống đối. Nguyễn Huệ, trong quá trình đánh Nam dẹp Bắc cũng phải đối phó với những tư tưởng ly khai của các tướng lĩnh dưới quyền, song ông luôn có cách xử lý chứng tỏ bản lĩnh của một chính trị gia già giặn.
Biết Nguyễn Hữu Chỉnh là người dễ thay lòng đổi dạ nhưng Nguyễn Huệ vẫn tận dụng tài năng, mưu lược và sự thông thạo đất Bắc Hà của Nguyễn Hữu Chỉnh để đánh đổ chúa Trịnh. Đánh xong họ Trịnh, ông không thẳng tay giết Nguyễn Hữu Chỉnh mà mượn tay các thế lực thân họ Trịnh cũ (những người đó oán Chỉnh) để giết Nguyễn Hữu Chỉnh bằng việc cùng vua anh Nguyễn Nhạc
Tới khi Nguyễn Hữu Chỉnh lẽo đẽo chạy theo kịp, Nguyễn Huệ không thể bỏ mặc bèn lưu lại ở Nghệ An cho trấn thủ, chờ biến cố. Lúc Nguyễn Hữu Chỉnh "Phù Lê" đánh được Trịnh Bồng, ra mặt chống Tây Sơn với việc sai người vào Phú Xuân đòi ông giao trả đất Nghệ An, ông mới công khai cử binh đánh Nguyễn Hữu Chỉnh. Nguyễn Hữu Chỉnh bị diệt nhanh chóng.
Vũ Văn Nhậm tiếp quản Thăng Long từ tay Nguyễn Hữu Chỉnh cũng nảy ý xưng hùng - chuyên quyền và tự ý đúc ấn riêng. Lúc đó Nguyễn Huệ đã điều bớt binh cho Vũ Văn Nhậm và phải đề phòng mặt Nam, nên không thể dàn quân đi đánh Vũ Văn Nhậm như đánh Nguyễn Hữu Chỉnh. Ông lặng lẽ đi gấp ra Bắc và lập tức trừ khử Vũ Văn Nhậm.
Hai viên tướng tài có ý đồ chống lại bị loại trừ với những lý do chính đáng bằng những cách thức không giống nhau, khó lường trước. Các tướng bên dưới như Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân lập tức được đôn lên thay trọng trách. Việc Nguyễn Huệ khiển tướng điều binh khiến các tướng lĩnh tâm phục và từ đó không còn ai mang ý đồ cát cứ.
Cai trị
Không chỉ là một viên tướng thiện chiến, Quang Trung còn là một nhà cai trị tài ba. Ông giỏi chiến thuật quân sự, giỏi về chiến lược ngoại giao và lại biết thu dụng nhân tài để xây dựng đất nước. Trong ba anh em Tây Sơn, Nguyễn Huệ không chỉ trội hơn về tài năng quân sự mà ngay cả trong việc trị nước, ông cũng tỏ ra là người xuất sắc nhất. Sau là một vài lời nhận xét về công cuộc cai trị của Quang Trung:
“ "Ông không chỉ là cầm quân mà còn là nhà cai trị rất giỏi... Đồn binh vững