Nét tiêu biểu trong triết học Phật giáo của Trần Nhân Tông là thiền học. Triết học thiền của Trần Nhân Tông là sự kế tục và phát triển những tư tưởng truyền thống của thiền tông Việt Nam. Sự phát triển đó được thể hiện ở những điểm dưới đây:
Thứ nhất, trên cơ sở nội dung của khái niệm “tâm” được hình thành ở các thế hệ trước, Trần Nhân Tông đã chú trọng đến khía cạnh trạng thái, hình tướng của cái “tâm” cụ thể hóa nó, làm cho nó phong phú thêm, dễ hiểu hơn với ý thức phổ cập hóa triết lý Phật giáo trong quần chúng nhân dân.
Thứ hai, trong quan niệm về thiền, Trần Nhân Tông không đi sâu vào quan niệm lý luận, mà chú ý nhiều đến việc hành thiền. Ông là người đầu tiên có ý thức cụ thể hóa các bước đi trong quá trình tu thiền, chọn lọc các kinh nghiệm thiền của các thế hệ trước, và trở thành tấm gương cho thiền sư Việt Nam học tập, kế thừa, phát triển.
Thứ ba, phong cách diễn đạt tư tưởng về thiền ở Trần Nhân Tông có những nét độc đáo, riêng biệt: chủ yếu dùng lời lẽ bình dị, mộc mạc, cụ thể và thực tế. Đọc các bài văn thơ của ông, ta cảm nhận được nét bình dị, trong trẻo, rất gần gũi với ngôn ngữ, tính cách của con người Việt Nam, vì vậy mà nó dễ đi vào lòng người.
Thứ tư, Trần Nhân Tông đã dùng chữ nôm để trình bày tư tưởng của mình trong phần cuối bài Cư trần lạc đạo. Ở đây, ông đã thể hiện rõ ý thức tách ra khỏi văn hóa Trung Hoa để xây dựng một hệ tư tưởng và tôn giáo độc lập riêng biệt tương xứng với một quốc gia độc lập, có chủ quyền dân tộc.
Với tinh thần nhập thế tích cực Trần Nhân Tông đã làm được những việc lớn và có những công tích vĩ đại cống hiến cho xã hội và cho đất nước ta thời Trần. Đó là, ở cương vị một người lãnh đạo cao nhất, ông đã đưa cuộc chiến tranh giữ nước chống quân Nguyên-Mông xâm lược đi đến thắng lợi. Rồi trong thời bình, ông là một vị vua hiền quan tâm đến thân phận của người dân bình thường và giành cho họ sự bình đẳng trước pháp luật. Với sự giúp thế tích cực và lớn lao như vậy, tư tưởng của Trần Nhân Tông đã vượt khỏi giới hạn Thiền học và vươn
tới tầm cao của tư tưởng thế học về cuộc sống hiện thực của nước Đại Việt ta đương thời.
Tầm cao tư tưởng và sự nghiệp vĩ đại của Trần Nhân Tông đã để lại cho các tầng lớp nhân dân nước ta ngày nay những bài học vô cùng quý giá. Trước hết, đối với những Phật tử, những tín đồ Phật giáo, đó là bài học về sự chân tu theo lời dạy của Đức Phật phải kết hợp với sự tham gia tích cực vào công cuộc dựng nước và giữ nước toàn dân bảo đảm vừa tốt đời vừa đẹp đạo, vừa đi theo chính đạo của Phật giáo, vừa gắn mình với khối đại đoàn kết dân tộc và phục vụ cho lợi ích dân tộc. Còn đối với tất cả con dân Việt Nam hôm nay đó là bài học về sự quyết tâm giành thắng lợi trong cuộc chiến tranh giữ nước và trong xây dựng hòa bình để làm cho dân giàu nước mạnh, “non sông nghìn thủa vững âu vàng”. Đó còn là bài học về niềm tin vào sức mạnh của đông đảo nhân dân và hết lòng quan tâm lợi ích của nhân dân.
Đã hơn 700 năm kể từ khi Phật hoàng Trần Nhân Tông tạ thế, tìm đến với cõi Phật, thời gian không ngừng trôi, mọi nhân vật, sự kiện sẽ lùi dần về quá khứ, song hình ảnh của Trần Nhân Tông vẫn tỏa sang một cách rực rỡ. Tư tưởng Phật giáo của ông góp phần tạo nên sức mạnh to lớn trong chính mỗi con dân Đại Việt, làm nên lẽ sống cao quý của thời đại - một thời Phật giáo với bao kỳ tích to lớn gắn liền với sự nghiệp xây dựng và bảo vệ đất nước.