Nhận thức rõ vị trí, vai trò quan trọng của KCN, Chính phủ đã ban hành nhiều chính sách ưu đãi riêng đối với KCN nhằm khuyến khích và đảm bảo yếu tố cạnh tranh trong thu hút đầu tư nước ngoài vào KCN.
Hiện nay, chính sách ưu đãi đối với đầu tư vào KCN thể hiện cụ thể trong các văn bản pháp quy về công tác quản lý KCN. Trong đó có những chính sách ưu đãi áp dụng chung cho các đối tượng không phân biệt đầu tư trong nước, đầu tư nước ngoài, không phân biệt địa bàn đầu tư, ngành nghề đầu tư như ưu đãi về mức thuế nhập khẩu đối với việc hình thành tài sản cố định. Bên cạnh đó có những chính sách ưu đãi có sự phân biệt đối tượng áp dụng, ngành nghề, lĩnh vực và địa bàn đầu tư như thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng. Các ưu đãi đầu tư vào KCN trước đây cũng như hiện nay đều chủ yếu tập trung vào ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Đây thực sự là vấn đề nhà đầu tư quan tâm vì thuế thu nhập doanh nghiệp là yếu tố quan trọng ảnh hưởng lớn tới kết quả hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Luật thuế TNDN được thực hiện từ ngày 01/01/2004 có một số quy định được sửa đổi thông thoáng, khuyến khích hơn như: Bỏ quy định thu thuế chuyển lợi nhuận ra nước ngoài đối với các doanh nghiệp có đầu tư từ nước ngoài; quy định thêm một số khoảng chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN… Tuy nhiên nội dung của các chinh sách ưu đãi trong các văn bản pháp quy đã ban hành còn chứa đựng nhiều điểm không đồng nhất, tạo tâm lý không ổn định và thiếu tin tưởng cho các nhà đầu tư khi tiến hành hoạt động đầu tư vào KCN.
Nhằm cải thiện môi trường đầu tư kinh doanh, môi trường pháp lý, tạo sự thống nhất trong hệ thống pháp luật về đầu tư và tạo "một sân chơi" bình
đẳng, không phân biệt đối xử giữa các nhà đầu tư; đơn giản hoá thủ tục đầu tư, tạo điều kiện thuận lợi để thu hút và sử dụng hiệu quả các nguồn vốn đầu tư; đáp ứng yêu cầu hội nhập kinh tế quốc tế; tăng cường sự quản lý của nhà nước đối với hoạt động đầu tư, năm 2005 Quốc hội đã ban hành Luật Đầu tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2006 và thay thế Luật Đầu tư nước ngoài và Luật Khuyến khích đầu tư trong nước. Sự thay đổi này thể hiện sự quan tâm của Đảng và Nhà nước ta đối với thành phần kinh tế có vốn ĐTNN, một bộ phận quan trọng của nền kinh tế. Mặt khác, đó cũng là yêu cầu phù hợp với quy luật chung, nhằm đáp ứng kịp thời sự biến đổi khách quan của tình hình phát triển kinh tế trong nước cũng như quốc tế trong từng thời kỳ, để tiến tới một đạo luật ngày càng hoàn chỉnh phù hợp với xu thế hội nhập, nâng cao khả năng thu hút và sử dụng hiệu quả vốn ĐTNN. Thực tế đã chứng minh việc ban hành Luật Đầu tư đã góp phần quan trọng trong việc tạo ra những chuyển biến tích cực của tình hình ĐTNN vào Việt Nam kể từ năm 2006 tới nay.
Từ thực tiễn thu hút ĐTNN 20 năm qua cho thấy việc tạo dựng môi trường pháp lý cho ĐTNN trong thời gian qua là rất cần thiết trong bối cảnh cạnh tranh gay gắt thu hút vốn ĐTNN ở khu vực và trên thế giới, Luật Đầu tư nước ngoài đã thực sự trở thành “đòn bẩy” quan trọng trong việc thu hút ĐTNN vào Việt Nam trong 20 năm qua, đảm bảo cho việc thực hiện chủ trương thu hút ĐTNN của Đảng và Nhà nước để phát triển kinh tế-xã hội đất nước ta vừa qua.
Luật Đầu tư năm 2005 xác định việc phân cấp mạnh cho UBND cấp tỉnh và Ban quản lý Khu Công nghiệp, Khu chế xuất, Khu Công nghệ cao và Khu kinh tế (sau đây gọi là Ban quản lý) cấp Giấy Chứng nhận đầu tư (GCNĐT) cũng như quản lý hoạt động đầu tư và giảm bớt những dự án phải trình Thủ tướng Chính phủ. Thủ tướng Chính phủ chỉ chấp thuận về nguyên tắc đối với một số dự án quan trọng chưa có trong quy hoạch, hoặc chưa có quy hoạch. Những dự án đã có trong quy hoạch được duyệt và đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế cũng như các dự án còn lại sẽ do UBND cấp tỉnh và Ban quản lý tự quyết định và cấp GCNĐT.