Cách thu phí này đơn giản nhưng khó đảm bảo công bằng vì mức độ phát sinh khí thải do phương tiện chạy dầu lớn hơn chạy xăng nên phí khí thải trên giá dầu cần ấn định cao hơn giá xăng. Đối với các cơ sở công nghiệp sử dụng các loại nhiên liệu khác có phát sinh khí thải thì mức phí sẽ được tính toán trên tổng lượng khí độc thải ra môi trường (chủ yếu là bụi, CO, SO2, NO2) chứ cũng không thể “đánh đồng” mức phí 1 triệu đồng. “Việc thu phí qua xăng dầu tuy dễ thu, dễ nộp, chi phí xã hội thấp nhưng do không kiểm soát được chất lượng phương tiện, máy móc nên rất có thể người thải khí nhiều, kẻ thải khí ít đều bị đánh đồng”, TS. Vũ Thu Hạnh, Bộ môn Luật Môi trường (ĐH Luật Hà Nội) chia sẻ quan điểm. Vẫn theo TS. Hạnh, nếu thu phí qua xăng dầu thì mức phí cũng nên tính theo phần trăm giá bán để hạn chế những bất cập so với biến động giá nhiên liệu, nguyên liệu. Theo một nghiên
cứu, nếu thu phí với mức trung bình 316 đồng/lít nhiên liệu, tính thuế, thuế suất với cacbon, lưu huỳnh và các chất làm suy giảm tầng ozon, sẽ quản lý tốt khí thải và bảo vệ môi trường. Rất ủng hộ việc thu phí bảo vệ môi trường qua xăng dầu, nhưng theo GS.TSKH. Phạm Ngọc Đăng, cách thu phí này đơn giản nhưng khó đảm bảo công bằng vì mức độ phát sinh khí thải do phương tiện chạy dầu lớn hơn chạy xăng nên phí khí thải trên giá dầu cần ấn định cao hơn giá xăng. Đối với các cơ sở công nghiệp sử dụng các loại nhiên liệu khác có phát sinh khí thải thì mức phí sẽ được tính toán trên tổng lượng khí độc thải ra môi trường (chủ yếu là bụi, CO, SO2, NO2) chứ cũng không thể “đánh đồng” mức phí 1 triệu đồng. “Việc thu phí qua xăng dầu tuy dễ thu, dễ nộp, chi phí xã hội thấp nhưng do không kiểm soát được chất lượng phương tiện, máy móc nên rất có thể người thải khí nhiều, kẻ thải khí ít đều bị đánh đồng”, TS. Vũ Thu Hạnh, Bộ môn Luật Môi trường (ĐH Luật Hà Nội) chia sẻ quan điểm. Nếu thu phí qua xăng dầu thì mức phí cũng nên tính theo phần trăm giá bán để hạn chế những bất cập so với biến động giá nhiên liệu, nguyên liệu. (www.baokinhteht.com).
Việc thực hiện quá chậm: Trong khi lượng xe máy tại VN tăng với tốc độ kỷ lục 15%/năm - cao nhất trong khu vực Châu Á thì việc kiểm soát khí thải xe máy lại tỏ ra quá chậm trễ. Đài Loan với lượng xe máy đến 2006 chỉ có 13 triệu chiếc mà đã thực hiện kiểm soát khí thải loại phương tiện này từ năm 1996. Các nước Thái Lan, Trung Quốc, Ấn Độ... đều đã thực hiện việc này... Mới đây nhất, từ 1.7.2007 các xe máy sản xuất mới, nhập khẩu mới bị "gò" vào khuôn khổ, đạt tiêu chuẩn khí thải Euro 2 (trong khi ở các nước tiên tiến đã áp dụng tiêu chuẩn Euro 4). Chính sự thờ ơ này đã khiến không khí VN tại các đô thị bị ô nhiễm trầm trọng. Tỉ lệ các chất thải độc hại với sức khoẻ con người như CO, HC. N02... đã vượt quá mức cho phép đến 2,3 lần ở những nơi mật độ xe môtô, xe máy đậm đặc
Tuy nhiên, cũng có những vấn đề đặt ra là chất lượng các trạm kiểm định sẽ ra sao nếu có quá nhiều trạm và việc kiểm định lại các trạm kiểm định liệu có thực hiện xuể? Việc cấp chứng chỉ hình thức để tránh bị phạt có xảy ra? Lực lượng kiểm soát có đủ khép kín, kiểm tra được một lượng xe máy khổng lồ và ngày càng tăng cao tại
5 TP lớn. Chế tài xử phạt cao liệu có nảy sinh tiêu cực như kiểu kiểm soát tốc độ phương tiện giao thông hiện nay...