Để tiến hành các chẩn đoán phòng thí nghiệm, việc lấy mẫu và vận chuyển mẫu đúng quy cách đóng vai trò đặc biệt quan trọng, quyết định kết qủa xét nghiệm.
Việc lấy mẫu phải đợc tiến hành đúng lúc, đúng vị trí, đúng kỹ thuật. Các mẫu dùng để phân lập virus tốt nhất đợc lấy trong vòng 3 ngày đầu sau khi gia cầm có biểu hiện triệu chứng bệnh cúm.
Với gà và vịt sống: mẫu bệnh phẩm đợc lấy là: dịch ngoáy mũi, dịch ngoáy họng, dịch ngoáy khí quản, dịch ngoáy ổ nhớp, mẫu phân, máu.
Đối với gà và vịt đã chết: bệnh phẩm lấy là: khí quản. Ruột, não, dịch khí quản, phổi. Có thể lấy bệnh phẩm ở các phủ tạng khác: lách, thận, tuyến tuỵ...
Bệnh phẩm cả con: Gia cầm đã chết đựng vào túi nilon, kèm theo nhãn ghi chủ gia cầm, dùng chỉ buộc kín, để vào trong hộp xốp, chèn đá lạnh xung quanh (tuỳ theo gia cầm to hay nhỏ, số lợng nhiều hay ít mà dùng loại hộp thích hợp); đậy nắp, gắn nhãn ghi ngời gửi, loại gia cầm, địa chỉ, dán băng dính cho kín; phun sát trùng bên ngoài, gửi đến nơi có điều kiện chẩn đoán xét nghiệm.
Cách lấy mẫu bệnh phẩm là dịch ổ nhớp (swab): Dùng tăm bông ngoáy lấy dịch ở hậu môn gia cầm, cho vào ống có dung dịch bảo quản, đậy kín, bảo quản lạnh, vận chuyển về nơi có điều kiện chẩn đoán xét nghiệm.
Cách lấy huyết thanh: huyết thanh đợc chắt ra từ máu.
Cách lấy máu: Thờng lấy máu ở tĩnh mạch cánh hoặc đâm thẳng vào tim. Lấy máu tĩnh mạch cánh: thờng là phơng pháp tốt và đơn giản nhất đối với gà, gà tây và với hầu hết các loại gia cầm khác nuôi trong điều kiện tự nhiên. Bộc lộ tĩnh mạch cánh bằng cách nhổ một số lông trên bè mặt tĩnh mạch vùng cánh, tĩnh mạch nằm dới vết lõm của cánh giữa khớp nối với cơ cánh tay. Nếu dùng cồn 700 hoặc chất sát trùng không màu thấm ớt vùng tĩnh mạch sẽ thấy tĩnh mạch rõ hơn. Ngời lấy máu dùng một tay giữ hai cánh áp vào nhau, cầm chặt hai cánh ở vùng phía trên và chọc kim vào tĩnh mạch cánh, kim đặt đối diện trực tiếp với máu tĩnh mạch chảy về tim.
Lấy máu tim: Gia cầm đợc đặt nằm ngửa, nhổ lông vùng hõm ngực, sát trùng để khô, đâm kim từ hõm ức song song với cột sống, hơi chếch về phía trái cho đến khi kim chọc vào tim. Máu sẽ chảy vào bơm tiêm, dùng tay kéo bơm
tiêm từ từ để hút máu. Kích thớc và chiều dài kim phụ thuộc vào kích thớc của gia cầm.
Máu lấy khoảng 2 – 3 ml là đủ. Nếu để máu đông chắt huyết thanh trong bơm tiêm thì phải kéo bơm tiêm dài ra, nút đầu kim tránh nguy hiểm, để bơm tiêm nằm ngang cho máu đông và chắt huyết thanh. Trờng hợp cho máu vào ống nghiệm thao tác phải nhanh chóng tránh đông máu trong bơm tiêm. Máu đợc để trong phòng nhiệt độ môi trờng tránh nơi quá nóng và ánh mặt trời chiếu trực tiếp, nếu có điều kiện tốt nhất là để vào tủ ấm 370C trong 30 phút, sau đó đặt ngăn lạnh 40C.