Bên cạnh những thành công đã đạt được, Công ty cổ phần công nghiệp tàu thủy Shinec còn đang gặp phải một số những khó khăn và hạn chế
- Bộ máy quản lý của Công ty còn tương đối cồng kềnh, chưa phù hợp với yêu cầu chung của các Công ty ngày nay, đó là bộ máy quản lý phải có sự chuyên môn hoá, tinh giản, gọn nhẹ.
- Thời gian làm việc của các cán bộ công nhân viên vẫn chưa tuân thủ theo quy định là 8 giờ/ngày có lẽ là họ vẫn đang chịu ảnh hưởng của thói quen cũ khi công ty chưa cổ phần hoá, vẫn là một công ty nhà nước
- Ngoài ra, một số nhân viên trong các phòng ban đã ở vào độ tuổi tương đối cao, năng lực làm việc và sức khoẻ trở nên bị hạn chế hơn. Do đó rất khó có thể hoàn thành tốt công việc khi mà ngày này yêu cầu về công việc ngày một khắt khe hơn trước rất nhiều.
- Việc quản lý và sử dụng vốn cũng chưa thực sự hiệu quả. Công ty chưa tận dụng được tối đa lợi thế của mình trong cơ chế thị trường hiện nay đó là thị trường đóng mới và sửa chữa tàu thủy và xây dựng cơ sở hạ tầng cho Khu công nghiệp.
- Chi phí sản xuất kinh doanh vẫn còn tương đối cao đẫn đến khó khăn cho công tác quản lý, xây dựng giá thành sản phẩm. Đặc thù chính của công ty là về mảng sửa chữa, lắp đặt nội thất tàu thủy và kinh doanh cơ sở hạ tầng Khu công nghiệp… nên chí phí thường lớn, làm tăng giá thành sản phẩm, dẫn đến giảm khả năng cạnh tranh của công ty trên thị trường. Bên cạnh đó máy móc thiết bị còn tương đối cũ kỹ, lạc hậu nên năng lực sản xuất còn thấp, gây trở ngại cho quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh.
- Một diện tích lớn cơ sở hạ tầng đã được đền bù, giải phóng xong nhưng chưa kêu gọi được đầu tư dẫn đến tình trạng thiếu vốn để tiếp tục các hoạt động kinh doanh của các bước tiếp theo.
- Trong tất các các chỉ tiêu phản ánh hiệu quả kinh doanh của công ty, thì chỉ tiêu tỉ suất lợi nhuận trên tổng doanh thu,tỉ suất lợi nhuận trên tổng vốn,tỉ suất lợi nhuận trên tổng tổng chi phí ,lợi nhuận bình quân tính trên một lao động mặc dù trong các năm gần đây tăng mạnh nhưng nhìn chung các chỉ tiêu này vẫn còn rất thấp so với mặt bằng chung của các doanh nghiệp.Điều này đồng nghĩa với việc
doanh nghiệp ,quản lí chi phí chưa thực sự đem lại hiệu quả như mong muốn cho ban lãnh đạo Công ty, vì thế đây cũng sẽ là một trong những vấn đề mà công ty cần chú tâm đến trong những năm tới để đạt được hiệu quả kinh doanh cao nhất.
2.3.2.1 Nguyên nhân của những hạn chế
Nguyên nhân của những tồn tại này là do:
Công ty chịu sự chi phối từ phía tổng công ty nên tính năng động, độ nhạy bén của công ty còn chưa cao.
Cơ chế chính sách, luật pháp liên quan đến Công ty cổ phần còn thiếu tính đồng bộ, đôi khi còn chồng chéo mâu thuẫn nhau.
Cơ sở hạ tầng của nền kinh tế cũng gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty. Hoạt động của Công ty bị chi phối bởi: hệ thống thông tin liên lạc, hệ thống giao thông vận tải, quản lý chất lượng…các yếu tố này ảnh hưởng rất nhiều đến hoạt động của Công ty nó ảnh hưởng đến chi phí mà Công ty phải chi, ảnh hưởng đến hoạt động dự báo cũng như đặt ra kế hoạch cho Công ty.
Mặt khác do một trong những ngành nghề kinh doanh chủ yếu là sản xuất lắp đặt nội thất tàu thủy mà ngành công nghiệp tàu thủy trong những năm gần đây đang trong giai đoạn khủng hoảng trầm trọng về tài chính điển hình là tập đoàn Vinashin(có 31% cổ phần trong công ty cổ phần công nghiệp tàu thủy Shinec).Do đó lượng khách hàng giảm đi rất lớn.Hơn thế nữa do việc đầu tư kinh doanh đất công nghiệp cần một lượng vốn rất lớn,thời gian hoàn thành dự án là dài từ thời gian thu hồi đất của người dân cho đến khi quy hoạch ,xây dựng cơ sở vật chất kĩ thuật nên việc thu hồi vốn không thể trong một năm 2 năm mà phải cần một thời gian dài.