Môi trường trong các đầm, vịnh thường yên sóng, nền đáy phổ biến là đáy bùn cát hoặc cát bùn như ở đầm Thủy Triều, vịnh Cam Ranh, vịnh Vân Phong, Hòn
Khói...rất thích hợp cho nhiều loài cỏ biển sinh trưởng và phát triển, tạo thành các thảm cỏ biển có diện tích lớn hàng trăm hecta. Ở đầm Thủy Triều và vịnh Cam Ranh các thảm cỏ biển bao phủ hầu hết nền đáy các vùng nước nông ven bờ và trên các cồn cạn trong đầm, vịnh. Loài cỏ lá Dừa Enhalus acoroides kích thước cá thể lớn, chiều dài lá từ 50 – 150 cm thường chiếm ưu thế tạo thành cánh đồng cỏ đơn loài hoặc đa loài, mật độ và sinh lượng của thảm cỏ rất cao, tạo nên môi trường sống lý tưởng cho nhiều loài thủy sản có giá trị. Thảm cỏ Enhalus acoroides trong vịnh Cam Ranh, Hòn Khói thường có diện tích rất rộng, bề ngang lên đến hàng trăm mét. Mật độ cỏ lá Dừa trong đầm, vịnh thường rất cao, dao động từ 64- 117 cây/m2, sinh lượng dao động từ 122,93- 320,80 g.khô/m2 như ở vịnh Cam Ranh. Ở vùng nước nông hơn các loài
Halophila ovalis, Halophila minor thường chiếm ưu thế, thảm cỏ này thường bày không khí mỗi khi triều xuống thấp. Thảm cỏ biển trong các đầm, vịnh thường chịu ảnh hưởng của sự dao động độ mặn trong năm. Vào mùa mưa lũ (tháng 10, 11) độ mặn trong đầm, vịnh thường bị giảm đột ngột, có khi còn 4 - 5‰ gây thối rữa và chết một số cỏ biển. Tuy nhiên, hết mùa mưa lũ khi độ mặn nước biển tăng lên, thảm cỏ biển có thể tự phục hồi từ những thân ngầm còn vùi trong nền đáy.