Về tổng thể, bộ mấy quản lý hành chính về cổ phần hoá tổ chức chỉ đạo chưa tập trung, thiếu tính nhất quán giữa trung ương và địa phương, giữa các bộ ngành. Ví dụ có những doanh nghiệp đã làm xong thủ tục nhưng chính quyền địa phương vẫn không cho phép hoạt động, gây khó khăn không ít cho doanh nghiệp cổ phần, tạo tâm lý chản nản trong các cổ đông vì trong vòng 2 năm đó vốn không được luân
chuyển (như công ty chế biến hàng xuất khẩu Long An, công ty chế biến thức ăn gia súc VIFOCO...)
Để giải quyết, nhà nước phải mở rộng quyền hạn cũng như trách nhiệm của ban chỉ đạo trung ương cổ phần hoá. Hoặc nhà nước có thể thành lập một Tổng cục chủ quản hoặc tương đương như vậy chuyên trách về cổ phần hoá để điều chỉnh quá trình cổ phần hoá doanh nghiệp nhà nước và hoạt động của công ty cổ phần. Cơ quan chuyên trách này sẽ chịu trách nhiệm theo dõi, chỉ đạo và có đủ thẩm quyền để giải quyết các vấn đề liên quan đến cổ phần hoá cũng như phối hợp hoạt động của các Bộ, ngành và các cơ quan hữu quan, đồng thời cũng phải quy định rõ quyền hạn và nhiệm vụ của các cấp cơ quan này, tránh sự “chồng chéo, lấn sâu” của nhau, tránh tình trạng cấp trên “bàn vào”, cấp dưới “bàn ra” như trong thời gian vừa qua, dẫn tới sự chán nản của các doanh nghiệp Nhà nước muốn cổ phần hoá. Một yêu cầu quan trọng nữa là phải tập trung về đây các cán bộ có năng lực chuyên môn, có trình độ, quy định rõ rằng về trách nhiệm của từng người.
Tăng cường hơn nữa vai trò chủ đạo của trung ương. Chính phủ phải đẩy mạnh việc kiện toàn tổ chức bộ máy chỉ đạo cổ phần hoá từng trung ương đến địa phương theo hướng gọi nhẹ, thiết thực, đồng thời tăng cường sự kiểm tra, giám sát của Nhà nước trong quá trình cổ phần hoá để đảm bảo đúng chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước.