Cũng giống như hệ thống cảng biển Việt Nam nói chung, hệ thống cảng biển của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam cũng mang một số những đặc điểm cơ bản sau:
- Hầu hết cảng biển của Tổng công ty có luồng dài, độ sâu cầu cảng hạn chế
Mặc dù Việt Nam nằm gần trục đường hàng hải quốc tế với nhiều vị trí xây dựng và phát triển cảng, nhưng thực tế phần lớn các cảng biển Việt Nam lại nằm sâu trong các cửa sông. Luồng tàu dài, độ sâu luồng hạn chế nên chi phí khai thác và nạo vét cao dẫn đến khả năng tiếp nhận tàu lớn hạn chế, tăng chi phí cho chủ tàu, chủ hàng. Các cảng hiện nay do Tổng công ty quản lý thì hai cảng lớn nhất là Sài Gòn và Hải Phòng lại nằm sâu trong sông. Cảng Hải Phòng có luồng dài khoảng 40 km, Cảng Sài Gòn có luồng dài hơn 80km.
- Cơ sở hạ tầng chưa đồng bộ. Các cảng đều có phần lớn cầu bến nằm trong khu đô
thị chật hẹp và đông đúc nên hạn chế về giao thông sau cảng, hạn chế về quỹ đất để phát triển hệ thống kho bãi hậu phương.
- Thiếu các trang thiết bị xếp dỡ hiện đại, năng suất xếp dỡ còn thấp.
Phần lớn các cảng của Tổng công ty hiện nay vẫn là cảng tổng hợp được cải tạo hoặc xây dựng mới với một số bến container như cảng Cái Lân, cảng Hải Phòng và cảng Sài Gòn. Thiết bị xếp dỡ hiện đại, đặc biệt là hệ thống cần cẩu giàn bốc xếp container còn thiếu nên năng suất xếp dỡ chưa cao.
- Công tác quản lý kinh doanh khai thác cảng nhìn chung còn chưa năng động, việc áp dụng công nghệ thông tin, trao đổi dự liệu điện tử chưa được phổ biến rộng rãi:
Các cảng trong Tổng công ty đều là các cảng lớn hình thành từ nhiều năm trước đây, có đội ngũ công nhân bốc xếp đông đảo với bề dày kinh nghiệm. Tuy nhiên, chính những yếu tố này lại làm cho các cảng khó linh hoạt trong nền kinh tế thị trường, chi phí nhân công trong giá thành sản phẩm của các cảng cao hơn so với các cảng thuộc các thành phần kinh tế khác. Những năm gần đây, hầu hết các cảng lớn đều tăng cường đầu
tư, trang bị hệ thống mạng, máy tính nhưng vẫn chưa ứng dụng thực sự có hiệu quả vào việc tổ chức sử dụng thông tin và quản lý khai thác cảng. Một số cảng đã ứng dụng các biện pháp về quản lý kinh doanh theo dạng tiếp cận nhanh với thị trường, mở rộng giao tiếp nội bộ, giao tiếp với khách hàng thông qua mạng máy tính để xử lý thông tin nhanh hơn, an toàn hơn và giảm các thủ tục giấy tờ. Tuy nhiên so với trình độ tổ chức quản lý và trang bị hiện nay trên thế giới và trong khu vực vẫn còn có một khoảng cách khá xa để có thể tiến đến một hệ thống tiếp thị kinh doanh tự động hóa có kiểm soát, áp dụng rộng rãi EDI, cung ứng dịch vụ qua mạng…
- Chưa có cảng nước sâu giữ vai trò cảng trung chuyển quốc tế:
Việc chưa tiến hành xây dựng được các cảng trung chuyển quốc tế có thể tiếp nhận được các tàu container có trọng tải lớn đã làm cho hàng hóa XNK của Việt Nam phải trung chuyển qua các cảng trong khu vực như Hồng Kông, Singapore, làm tăng thêm chi phí vận chuyển tới 20 – 30%.
- Các cảng trong Tổng công ty mới chỉ hoàn thành được chức năng cung cấp dịch vụ xếp dỡ, kho bãi cho hàng hóa cũng như các dịch vụ cung ứng cho tàu, chưa thực sự là những trung tâm dịch vụ.