Nhờ Bùi nữ tướng hộ giá, Vua Cảnh Thịnh cùng cung quyến qua khỏi Linh Giang, ngày 5 tháng 5 năm Tân Dậu (1801). Ðến Thanh Hóa phi báo cho Nguyễn Quang Thùy vào rước. Tới Bắc Thành Cảnh Thịnh ngự nơi cung Vua Lê. Lúc bấy giờ mưa luôn cả tuần. Trong thành nước ngập lênh láng. Nước giựt rồi lại bị địa chấn. Ðất trước hoàng cung bị sụt hàng mẫu, sâu đến ba bốn thước. Ở Nghệ An, lầu Tam Tằng nơi Phụng Hoàng thành khi không mà ngã. Thiên hạ đều cho là triệu bất tường.
Vào hạ tuần tháng 5 năm Tân Dậu, nhà vua đổi niên hiệu là Bửu Hưng, xuống chiếu nhận lỗi cùng nhân dân và vỗ về tướng sĩ các trấn. Lại cử Thi trung Ðại Học Sĩ Ngô Thời Nhậm làm Binh Bộ Thượng Thư, Hiệp biện Ðại Học Sĩ Nguyễn Thế Lịch làm Lại bộ Thượng Thư, Thị trung Ngự Sử Phan Huy Ích là Lễ bộ Thượng Thư. Các quan văn võ khác thảy đều được thăng thưởng.
Nhà vua còn sai đắp đền Phương Trạch tại Tây Hồ, lấy ngày Hạ chí và Ðông chí làm ngày lễ Trời Ðất, cho mở khoa thi để tuyển nhân tài.
Ðến tháng 8, nhà vua truyền hịch đi các trấn để lấy thêm binh, rồi sai Nguyễn Quang Thùy đem quân vào trấn Nghệ An.
Qua tháng 11, nhà vua giao Bắc Thành cho hai em là Nguyễn Quang Thiệu, Nguyễn Quang Khanh, tự mình đem quân 4 trấn xứ Bắc và quân Thanh Hóa, Nghệ An non 3 vạn người, kéo binh đến Linh Giang, nữ tướng Bùi Thị Xuân đem 5.000 thủ hạ theo hộ giá.
Tướng nhà Nguyễn là Nguyễn Văn Trương và Tống Phước Lương, Ðặng Trần Thường thấy binh thế của Tây Sơn quá mạnh, bỏ Linh Giang rút về Ðồng Hới. Nguyễn Phúc Ánh được tin, liền thân chinh, đem đại binh ra tiếp ứng. Ðóng đại binh tại Ðồng Hới. Sai Phạm Văn Nhân và Ðặng Trần Thường đem quân ra giữ mặt bộ, sai Nguyễn Văn Trương ra giữ mặt bể.
Tháng giêng năm Nhâm Tuất (1802), Vua Bửu Hưng sai Nguyễn Quang Thùy và Tổng Quân Siêu tiến quân lên đánh Trấn Ninh, Ðô Ðốc Nguyễn Văn Kiên và Tư Lệ Tiết thì đánh lũy Ðâu Mâu, Thiếu úy Ðặng Văn Tất và Ðô Ðốc Lực thì đem 100 thuyền chiến chặn ngang cửa Nhật Lệ.
Trấn Ninh, Ðâu Mâu, Nhật Lệ đều thuộc Quảng Bình.
Ðó là ba căn cứ quân sự rất trọng yếu ở địa đầu trấn Thuận Hóa.
Trấn Ninh ở địa phận xã Phú Ninh, huyện Phong Lộc. Năm Nhâm Dần (1662) Nguyễn Hữu Dật tôi nhà Nguyễn đắp lũy Trấn Ninh để ngăn giặc biển, lại đắp lũy Sa Phụ để nương tựa nhau. Họ Trịnh đem quân vào đánh Thuận Hóa, đánh mấy tháng không qua khỏi lũy này, phải rút quân trở về Bắc.
Phá Nhật Lệ ở đông bắc huyện Phong Lộc, cũng thuộc xã Phú Ninh. Chu vi ước 5 dặm. Phía đông có gò cát bao la, đồi cao xanh rậm, biển cả chạy quanh ở đông bắc, các núi triều cũng ở tây nam sông Nhật Lệ, tức sông Ðồng Hới, chạy ra Phá.
uất. Ðỉnh cao nhọn hình như mão đâu mâu, khí thế hùng vĩ. Chân núi gối sông Nhật Lệ, lũy do chúa Nguyễn đắp để ngăn quân Trịnh, chạy dài dưới chân núi.
Lũy Trấn Ninh và Ðâu Mâu đã kiên cố lại phòng vệ nghiêm túc, đánh mãi mà không hạ nổi. Vua Bửu Hưng liền đem tất cả binh mã tới đánh Ðâu Mâu. Quân trên thành dùng súng đại bác bắn xuống và lấy đá lớn quăng xuống. Quân Tây Sơn lớp bị thương lớp chết rất nhiều. Vua Bửu Hưng sợ muốn rút lui. Bùi nữ tướng không chịu, xin cho ra đốc chiến. Nhận thấy trong những khoảng có súng bắn thì không có đá quăng, mà súng thì bắn xa, dưới chân thành không bị đạn, súng lại không bắn liên tục được, nữ tướng bèn lanh lẹ nhảy vào chân thành. Nữ binh theo gương nhảy theo từng loạt. Vào tới chân thành, chuyền lên vai nhau, trèo vào thành. Lính canh súng và quăng đá không đề phòng. Ở ngoài binh Tây Sơn cứ những nơi không có đạn bắn đá quăng, tiến vào chân thành, và theo phương pháp chuyền vai mà lên. Hai bên đánh xáp lá cà. Ðánh từ sáng đến chiều, máu và mồ hôi ướt đẫm áo giáp.
Trong bài Bùi phu nhân ca của cụ Vân Sơn Nguyễn Trọng Trì có đoạn rằng:
Xuân hàn lãnh khí như tiễn đao
Xuân phong xuy huyết nhiễm chinh bào Hoàng hôn thành dốc bi già động Hữu nhân diện tỷ phù dung kiều Phu cổ trợ chiến Lương Hồng Ngọc Mộc Lan tòng quân Hoàng Hà Khúc Thùy ngôn cân quắc bất như nhân Dĩ cổ phương kim tam đinh túc Nghĩa là:
Khí xuân lạnh như khí lạnh nơi lưỡi dao bén thoát ra. Gió xuân thổi máu bay thẩm đẩm tấm chinh bào Nơi góc thành tiếng tù và lay động bóng hoàng hôn Có người dung nhan kiều diễm như đóa hoa phù dung
Thật chẳng khác Lương Hồng Ngọc đánh trống trợ chiến cho ba quân.
Và nàng Mộc Lan xông trận nơi sông Hoàng Hà Ai bảo khăn yếm không bằng người ? Từ xưa đến nay vững vàng thế ba chân vạc
Ðây là tác giả tả Bùi nữ tướng lúc đánh thành Ðâu Mâu.
Thành sắp hạ được thì có tin thủy quân Nhật Lệ bị quân nhà Nguyễn đánh tan. Nguyễn Quang Toản hoảng hốt ra lệnh lui binh. Không sao cản được, Bùi nữ tướng phải mở đường máu để tháo quân. Ðô Ðốc Kiên và Tư Lệ Tiết không theo kịp, phải đầu hàng.
Bửu Hưng Nguyễn Quang Toản chạy đến Linh Giang thì bị tướng Nguyễn là Nguyễn Văn Trương chận lại. Quân Tây Sơn không còn sức chống cự, Bùi nữ tướng lại một phen nữa phải xông tên đạn để đưa Quang Toản sang sông.
Về đến Nghệ An, kẻ tùng giả còn không quá vài trăm! Bùi nữ tướng, mình đầy thương tích, nhìn thấy đoàn nữ binh sống sót, máu me đẫm áo, thì lệ anh hùng khôn ngăn.
Trong trận Ðâu Mâu này, nữ tướng Huỳnh Thị Cúc đã sát cánh cùng Bùi nữ tướng hợp lực chiến đấu công thành, liên kết tiếp sức nhau khi mở đường máu rút quân khỏi thành và dốc
hết khí lực, tài năng mới đưa được Vua Cảnh Thịnh qua sông.
Huỳnh nữ tướng cùng một số nữ binh còn sống ở lại chặn quân nhà Nguyễn.
Sáng hôm sau Huỳnh Thị Cúc cùng mười nữ binh áo ướt đẫm máu, về đến thành. Vừa trông thấy Bùi nữ tướng, Huỳnh Thị Cúc vội vã chạy đến ngã vào lòng. Bùi nữ tướng ôm lấy em, Huỳnh nữ kiệt nhìn chị lần cuối rồi tắt thở.
Ở Trấn Ninh, Nguyễn Quang Thùy nghe tin đại binh rút lui, liền cũng rút lui. Nhưng không qua nổi Linh Giang, phải chạy lên đường núi mà đi, hơn tuần nhật mới về đến Nghệ An. Anh em gặp nhau, Bửu Hưng cùng Quang Thùy ra Bắc, để Nguyễn Văn Thân ở lại giữ Nghệ An. Bùi nữ tướng, thương tích chưa lành, nên xin ở lại Nghệ An điều dưỡng. Nguyễn Phúc Ánh thắng quân Tây Sơn ở Trấn Ninh, Nhật lệ rồi, bèn đem quân về Phú Xuân, để Nguyễn Văn Trương giữ Ðồng Hới, Tống Phúc Lương và Ðặng Trần Thường giữ Linh Giang. Trong lúc Nguyễn Phúc Ánh đem quân ra Ðồng Hới thì ở Quảng Nghĩa, Lê Văn Duyệt và Lê Chất đem quân đi lọt được vào Quy Nhơn, Lê Chất đi đường biển vào cửa An Dũ, Lê Văn Duyệt theo đường hẻm Chung Xá vượt qua núi La Sung, hợp nhau ở Bồng Sơn, rồi kéo vào Quy Nhơn. Nghe tin Lê Văn Duyệt và Lê Chất đã vào được Quy Nhơn, Nguyễn Văn Thành, Nguyễn Huỳnh Ðức ở Phú Yên kéo quân ra tiếp ứng.
Quân Tây Sơn do Võ Văn Dũng, Nguyễn Quang Huy, Nguyễn Văn Lộc điều khiển, chia nhau ra chặn đánh.
Trận đánh lớn nhất là trận đánh ở Kỳ Sơn, giữa Nguyễn Văn Lộc và Lê Văn Duyệt và Nguyễn Văn Thành.
Kỳ Sơn ở phía đông nam thành Quy Nhơn.
Ðó là một hòn thổ sơn chạy dài theo hướng bắc nam, bao quanh đến vài mươi dặm. Hình núi không đều, hai đầu mở rộng và cao, chính giữa hơi eo và thấp. Ở đầu phía bắc nổi lên hai đỉnh đứng song song, một gọi là Phụng Sơn, một gọi là Xuân Sơn. Ðầu phía Nam, một ngọn nửa cao suýt soát hai ngọn kia, gọi là Mai Sơn. Trên núi có nhiều hòn đá to lớn và có một cái hầm rộng lớn ăn sâu vào núi, gọi là Quy Khanh tức Hầm Rùa, vì trước miệng hầm có hòn đá lớn hình giống con linh quy. Thế núi rất hiểm trở.
Nguyễn Văn Lộc là người Kỳ Sơn, biết rõ những nơi hiểm yếu. Với 8.000 quân, phục hơn 20 chỗ, đại phá được 3 vạn quân của Lê Văn Duyệt và Nguyễn Văn Thành.
Nhờ vậy mà quân nhà Nguyễn không đến gần được thành Quy Nhơn. Quân trong ngoài ra vào không trở ngại. Quân nhà Nguyễn đóng giữ mặt bắc ở Thạch Tân và mặt bể ở Cách Thử, Thị Nại. Quân Tây Sơn cũng đóng yên trong và ngoài thành, gờm nhau với quân nhà Nguyễn. Chợt Trần Quang Diệu được tin quân Tây Sơn bị thua ở Nhật Lệ, Trấn Ninh, Nguyễn Phúc Ánh đã hoàn toàn làm chủ đất Thuận Hóa thì thất kinh, bàn cùng các tướng.
- Binh mã đã bị hao ở Trấn Ninh và Nhật Lệ quá nhiều, lực lượng ở Bắc Thành không còn mấy. Nếu Nguyễn Phúc Ánh kéo quân đến đánh thì Bắc Thành không thể trì thủ được lâu. Ta phải đem quân về cứu, kẻo Bắc Thành thất thủ nữa thì Quy Nhơn có giữ vững cũng không ích
gì. Vậy nên bỏ thành Quy Nhơn. Võ tướng quân cùng tôi đem đại binh ra Bắc. Nguyễn Quang tướng quân đem binh đóng ở Dương An, Nguyễn Văn tướng quân về đóng ở Kỳ Sơn, để chia bớt lực lượng của quân Nguyễn. Không nên đóng quân trong thành mà bị địch bao vây. Sắp đặt xong, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng cùng các bộ tướng đem 3.000 quân, 80 thớt voi, theo đường thượng đạo sang Lào để ra Nghệ An, vào thượng tuần tháng 3 năm Nhâm Tuất (1802).
Sau khi quân Tây Sơn bị đại bại ở Nhật Lệ và Trấn Ninh, thì đất Thuận Hóa từ Hải Vân Sơn đến Linh Giang hoàn toàn thuộc về nhà Nguyễn.
Ngày 2 tháng 7 năm Nhâm Tuất (1802), Nguyễn Phúc Ánh xưng đế, đặt niên hiệu là Gia Long.
Lên Ngôi vua rồi, Gia Long sai Trịnh Hoài Ðức, Ngô Nhân Tĩnh đem phẩm vật và những ấn sách của nhà Thanh đã phong cho Tây Sơn, sang nạp cho Thiên Triều và xin cho mình làm An Nam Quốc Vương thay thế Tây Sơn.
Liền đó Nguyễn Phúc Ánh kéo đại binh đi đánh Bắc Hà, sai Nguyễn Văn Trương lãnh thủy binh, Lê Văn Duyệt và Lê Chất lãnh bộ binh, đi trước.
Tháng 6, quân bộ qua sông Linh Giang, tiến lên đóng ở Hà Trung, quân thủy vào cửa Hội Thống, rồi cùng đánh phá các đồn lũy của Tây Sơn. Viên trấn thủ Nghệ An là Nguyễn Văn Thuận bỏ thành chạy ra giữ đồn Tiền Lý ở Diễn Châu.
Lúc bấy giờ Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đã đến Quy Hợp. Ðường đi khó khăn, hết đèo lại dốc, phần lam sơn chướng khí, phần rắn độc thú dữ, phần bị bọn thổ ty theo nhà Nguyễn như Hà Công Thái, Nguyễn Ðình Ba... đột kích, đoàn tùy tùng Trần Quang Diệu bị hao hụt dần dần. Khi đến Nghệ An thì mười phần chỉ còn ba bốn. Ðoàn tượng binh chỉ còn mươi thớt! Tướng sĩ hầu hết đều bị sốt rét rừng. Trần Quang Diệu bị phù thủng, đi đứng khó khăn. Trần Quang Diệu kéo quân xuống Hương Sơn. Tướng nhà Nguyễn là Võ Doãn Văn, Lê Ðức Ðịnh dẫn Man binh đến đánh bất thình lình. Trở tay không kịp, quân sĩ bị giết sạch! Trần Quang Diệu cùng các bộ tướng Từ Văn Chiêu, Nguyễn Văn Giáp, Lê Văn Ðiềm, Nguyễn Văn Miên, Võ Văn Dũng đều bị bắt.
Ở Diễn Châu, Bùi nữ tướng hay tin, liền đem nữ binh đi giải cứu.
Ðến Giáp sơn thì giải cứu được. Chạy đến sông Thành Chương thì bị quân nhà Nguyễn chận đánh. Quân Tây Sơn liều chết lăn xả vào chém giết quân Nguyễn. Bùi nữ tướng và đoàn nữ binh xông vào đâu thì binh Nguyễn rã đến đó. Nhưng quân Nguyễn quá đông, quân Tây Sơn dần dần bị yếu thế. Các tùy tướng lớp bị chết, lớp bị bắt trở lại. Chỉ có Bùi nữ tướng, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng thoát khỏi. Song Trần Quang Diệu kiệt sức đi không nỗi nữa. Nữ tướng phải lo bảo vệ chồng, không rảnh tay chống cự cùng binh tướng nhà Nguyễn, nên cả hai vợ chồng đều bị sa cơ. Một mình Võ Văn Dũng thoát được. Nhưng chạy ra đến Nông Cống (Thanh Hóa), bị bọn Lê Văn Pháp, Phạm Ngọc Thụy kéo dân địa phương ra bao vây. Một mình không chống nổi đám đông. Võ bị bắt trở lại.
Trần Quang Diệu, Bùi nữ tướng, Võ Văn Dũng đều bị đóng cũi giải về Nghệ An nạp cho Nguyễn Phúc Ánh. Dọc đường Võ Văn Dũng phá cũi thoát thân, Bùi nữ tướng không nỡ bỏ
chồng, đành ở lại để cùng chết.
Dẹp yên Nghệ An, Nguyễn Phúc Ánh xua quân ra đánh Thanh Hóa. Ðốc trấn là Nguyễn Quang Bàn khiếp sợ mở thành đầu hàng. Ðô Ðốc Ðặng Xuân Bảo cương quyết:
- Làm tướng chỉ biết đánh chớ không biết đầu. Rồi hô lớn:
- Quân sĩ, ai muốn theo tôi?
Vài ngàn quân sĩ dạ to một tiếng rồi cùng chủ tướng xông ra thành.
Quân Nguyễn đông như kiến. Nhưng quân Tây Sơn không chút e dè. Tướng lướt đi trước, quân đi sau giáo gươm đâm chém, như mưa xối bão táp, không ai chống đỡ nổi. Nhưng rồi quân Nguyễn chạy ra xa dùng tên đạn bắn. Xông qua mũi tên làn đạn, hết lớp này đến lớp khác, quân Tây Sơn bị chết lần lần. Ðặng Xuân Bảo bị trúng đạn té quỵ. Quân Nguyễn ùa ra bắt sống.
Quân Nguyễn Phúc Ánh kéo vào thành, Nguyễn Phúc Ánh dụ hàng. Bảo nhất định không hàng, nhịn ăn năm ngày không chết, bèn đập đầu vào vách tuẫn tiết.
Lấy được Thanh Hóa rồi quân Nguyễn Phúc Ánh rầm rộ kéo ra Bắc Thành.
Lực lượng Bắc Thành lúc bấy giờ đã quá yếu. Bao nhiêu tinh binh, nhà vua đã đem đi đánh Trấn Ninh và Nhật Lệ, tân quân ở các trấn về, chưa tập luyện được thành thục, nên vừa giáp trận đã rã rời.
Quân Nguyễn Phúc Ánh rầm rộ kéo đến Thăng Long. Quân Tây Sơn nghe tin khiếp đảm, bỏ thành trốn gần hết. Liệu không thể chống giữ nổi, Ðại Ðô Ðốc Nguyễn Văn Tuyết và phu nhân là bà Trần Thị Lan đưa Vua Bửu Hưng cùng cung quyến sang sông Nhị Hà chạy lên vùng núi phía Bắc. Ðô Ðốc Nguyễn Văn Tứ, Tư Mã Nguyễn Văn Dụng theo hộ giá.
Ðể ngăn giặc đuổi theo, Nguyễn Quang Thùy cùng Ðô Ðốc Trương Ðăng Ðồ tức Tú Ðức Hầu và phu nhân ở lại giữ thành[99]. Thế giặc mạnh như bão táp, không sao địch được, hai ông bà Tú Ðức Hầu phò Nguyễn Quang Thùy chạy về ngả Sơn Tây, để cho giặc đuổi theo mình chớ không đuổi theo Vua và cung quyến.
Ðoàn Ngự giá đến Xương giang, đêm nghỉ ngơi nhà dân địa phương, bị kẻ bất lương đi cáo giác. Quân nhà Nguyễn kéo đến vây đánh, Nguyễn Văn Tứ và Nguyễn Văn Dụng bị tử trận. Hai ông bà Ðô Ðốc Tuyết phá được vòng vây, phò xa giá chạy được mươi dặm nữa thì quân nhà Nguyễn do Lê Chất chỉ huy đuổi kịp. Giáp mặt Lê Chất, Ðô Ðốc Tuyết hỏi:
- Nhà ngươi quên ơn chúa cũ? Chất đáp:
- Ngũ Tử Tư chỉ nhớ đến thù cha.
mình tả xông hữu đột, quân Nguyễn núng thế toan thối lui, thì một phát súng bắn trúng Ðô Ðốc té nhào. Quân Nguyễn liền đuổi theo Ngự giá. Trần phu nhân hết sức chống cự, nhưng ít không thắng nổi đông, cả đoàn đều bị bắt. Không thể để địch làm nhục, phu nhân liền tự sát cùng với Thái Hậu Bùi Thị Nhạn.
Vua Bửu Hưng cùng cung quyến đều bị giải về Thăng Long. Ðó là ngày 16 tháng 6 năm Nhâm Tuất (1802).
Mấy hôm sau Nguyễn Quang Thùy và vợ chồng Tú Ðức Hầu cũng bị bắt ở Sơn Tây, Nguyễn