Người ta thấy có những enzyme tồn tại hầu hết ở mọi mô mọi tế bào: Như các enzyme xúc tác cho quá trình đường phân, sinh tổng hợp protein, nucleic acid. Một số enzyme khác chỉ có trong một số cơ quan riêng biệt, ví dụ như pepsin chỉ có trong dạ dày. Đó là enzyme đặc biệt, đặc trưng cho một mô. Mặt khác, cùng một enzyme có trong các mô khác nhau hoặc thậm chí ở các bộ phận khác nhau của cùng một loại tế bào cũng có thể khác nhau về lượng và có khi cả về chất.
Hàm lượng enzyme trong một mô hoặc một cơ quan nhất định còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác như: Giai đoạn sinh trưởng và phát triển, trạng thái sinh lý của tế bào, các yếu tố bên ngoài v.v...
Mỗi loại cấu trúc dưới tế bào của cơ thể bậc cao như nhân tế bào, ty lạp thể, lysosome, hệ thống lưới nội chất nguyên sinh với các hạt ribosome... đều có cấu trúc và chức năng riêng với những hệ enzyme đặc hiệu. Những enzyme này hoặc hoà tan trong dịch lõng, hoặc gắn chặt vào các màng của các cấu trúc đó. Do cấu trúc đặc biệt như vậy của tế bào, enzyme được phân bố thành từng ngăn đặc hiệu. Sự khu trú và sắp đặt các enzyme một cách hợp lý trong các cấu trúc của tế bào đã làm cho các phản ứng enzyme có tính chất định hướng, có phối hợp tác dụng với nhau và tạo ra những hệ thống phản ứng dây chuyền liên tục, nhịp nhàng và ăn khớp với nhau.
Trong nhân tế bào có thể thấy các enzyme thuộc các nhóm khác nhau xúc tác cho các quá trình khác nhau. Đó là các enzyme nicotinic-mono-nucleotide adenylyl transferase, 5’-nucleotidase, NAD(P) nucleosidase, arginase, ATP-ase và một số enzyme khác. Nói chung trong nhân chứa nhiều enzyme liên quan đến quá trình trao đổi nucleotide, trong đó các enzyme tham gia các quá trình trao đổi các hợp chất có tính chất “chìa khóa”. Những enzyme trong nhân tế bào thường có mặt với lượng rất nhỏ. Việc nghiên cứu những enzyme này thường gặp nhiều khó khăn vì trong quá trình thao tác, một số enzyme có thể thoát ra hoặc hấp thu vào nhân tế bào.
Trong ty lạp thể có chứa hầu hết các hệ enzyme có liên quan đến quá trình chuyển hóa năng lượng và cũng được coi là những “nhà máy cung cấp năng lượng”. Trong các hệ enzyme của ty lạp thể, trước hết phải kể đến hệ enzyme của chuỗi hô hấp tế bào và của quá trình phosphoryl hóa tạo ATP. Mặc dầu người ta có phát hiện cytochrome ở ngoài ty lạp thể, nhưng oxydase thì chỉ thấy trong ty lạp thể. Ngoài những enzyme kể trên, trong ty lạp thể còn có hệ enzyme cyclophorase bao gồm toàn bộ các enzyme của chu trình Krebs. Cũng có thể tìm thấy một số enzyme của chu trình này trong bào tương như isocitrate dehydrogenase, malate dehydrogenase... nhưng hệ thống enzyme hoàn chỉnh
của chu trình này thì chỉ tìm thấy trong ty lạp thể. Ngoài ra, người ta cũng tìm thấy các hệ enzyme kéo dài acid béo, các hệ enzyme phân giải acid béo và nhiều enzyme khác trong ty lạp thể. Cách sắp đặt các hệ enzyme kể trên trong ty lạp thể có liên quan chặt chẽ với nhau để đảm bảo cho các quá trình chuyển hóa phối hợp nhịp nhàng với nhau. Trong lysosome có thể phát hiện nhiều enzyme loại thủy phân (hydrolase) có tác dụng phá vỡ nhiều loại phân tử lớn như nucleic acid, protein, chất béo và nhiều loại phân tử lớn khác như mucopolysaccharide... thành những phân tử nhỏ có khả năng được chuyển hóa dưới tác dụng của các enzyme của ty lạp thể. Bình thường enzyme được bọc kín trong màng lipoprotein của lysosome và do đó không có tác dụng với các chất trong bào tương. Khi màng lysosome bị vỡ hoặc bị tổn thương, các hệ enzyme của nó được giải phóng ra, sẽ làm tiêu hủy cả tế bào.
Các hạt ribosome dính trên hệ thống lưới nội chất nguyên sinh, là nơi xảy ra quá trình sinh tổng hợp protein, do đó có các hệ enzyme của quá trình sinh tổng hợp protein. Bào tương là phần lỏng của tế bào có chứa rất nhiều loại enzyme, có tất cả các enzyme xúc tác cho quá trình đường phân hay cho các quá trình phân giải glucose. Nhiều công trình nghiên cứu đã chứng minh rằng quá trình đường phân xảy ra chủ yếu ở bào tương. Nhiều enzyme của quá trình này có thể dính ở màng ngoài của hệ thống lưới nội chất nguyên sinh, có những enzyme gắn sâu vào màng của hệ thống này. Sản phẩm pyruvate của quá trình đường phân được vận chuyển qua màng vào ty lạp thể để tiếp tục khử cacboxyl bằng cách oxy hóa thành acetyl CoA tham gia vào chu trình Krebs.
Các cấu trúc màng trong tế bào có tính thấm chọn lọc, nhiều chất chuyển hóa không qua được màng của ty lạp thể, ví dụ như oxaloacetate, isocitrate, NADH + H+, NADPH + H+. Chính tính thẩm chọn lọc này đã làm tăng thêm tính đặc hiệu của các ngăn trong tế bào. Cũng cần lưu ý rằng, trong tế bào sống nguyên vẹn, enzyme thường chưa hoạt động tới mức tối đa và những điều kiện trong cơ thể cũng chưa phải là những điều kiện thích hợp nhất cho sự hoạt động của enzyme. Đây chính là những điều kiện quan trọng giúp cho cơ thể điều hoà các quá trình chuyển hóa.