Đây là lĩnh vực có nhiều vướng mắc nhất trong hoạt động của các tổ chức KH&CN nói chung và Viện Nghiên cứu Thương mại nhiều năm qua, và cũng là lĩnh vực quan trọng nhất, có tính chất chi phối trong cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức KH&CN công lập. Từ trước tới nay, các tổ chức KH&CN của nhà nước được hưởng chế độ bao cấp về kinh phí hoạt động thường xuyên, hàng năm được ngân sách cấp theo biên chế “đầu đen”. Sự bao cấp này tạo ra cơ chế xin – cho và sự trì trệ trong hoạt động nghiên cứu khoa học, ứng dụng công nghệ.
Nghị định 115 sẽ làm thay đổi căn bản phương thức cấp kinh phí từ ngân sách nhà nước: thay vì cấp theo “đầu đen” như trước đây, nay các tổ chức KH-CN có thể chuyển đổi một cách thuận lợi, Chính phủ quy định thời gian
quá độ đến hết năm 2009. Đối với các tổ chức KH&CN chưa tự đảm bảo kinh phí hoạt động thường xuyên (quy định tại khoản 2 Điều 4), trong thời gian 4 năm (2006-2009) Nhà nước đã hỗ trợ kinh phí hoạt động thường xuyên khi có đề án chuyển đổi được cơ quan chủ quản đã phê duyệt 31.12.2006, sau đó tiếp tục kinh phí hoạt động thường xuyên cho các năm 2007-2009. Đến 2010, bắt buộc mọi tổ chức KH&CN nghiên cứu - triển khai và dịch vụ KH&CN phải chuyển đổi thành tổ chức KH&CN tự trang trải kinh phí hoạt động hoặc doanh nghiệp KH&CN.Tổ chức KH&CN nào tiến hành chuyển đổi sớm trước thời hạn này, Chính phủ sẽ có chính sách khuyến khích để tạo điều kiện có nguồn lực đầu tư phát triển. Ngược lại, nếu không được cơ quan chủ quan ra quyết định phê duyệt phương án chuyển đổi trước ngày 31.12.2006 hoặc đã được phê duyệt phương án chuyển đổi nhưng không đủ năng lực để tự trang trải kinh phí hoạt động sau 31.12.2009, sẽ phải sát nhập hoặc giải thể.
Như vậy, tổ chức KH&CN sẽ có đủ thời gian sắp xếp lại bộ máy tổ chức, chuẩn bị nhân sự và điều chỉnh hoạt động để tự thích nghi với phương thức mới. Từ năm 2010, Nhà nước sẽ chỉ cấp kinh phí thông qua nhiệm vụ cụ thể mà tổ chức KH&CN được giao dưới các hình thức khác nhau, tổ chức KH&CN tự quyết định biên chế, bộ máy, biện pháp để thựuc hiện nhiệm vụ. Nghị định cũng xác định các tổ chức KH&CN nghiên cứu cơ bản, hoạch định chiến lược, chính sách phục vụ quản lý nhà nước khó có điều kiện sản xuất kinh doanh, sẽ chủ yếu thực hiện các yêu cầu của Nhà nước thì cần có sự hỗ trợ của Nhà nước mới đảm bảo được hoạt động của mình. Vì vậy, nhóm các tổ chức KH&CN này tiếp tục được cấp kinh phí hoạt động thường xưyên và hàng năm có điều chỉnh cho phù hợp với tình hình cụ thể, nhưng cũng phải dần dần đổi mới phương thức cấp theo hướng khoán tương ứng với nhiệm vụ được giao.
Đối với các tổ chức KH&CN đã tự đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên (theo quy định của Nghị định10/2002/NĐ-CP của chính phủ) trước ngày Nghị định có hiệu lực thi hành, chỉ cần có chủ động đề xuất phương án đổi mới hoạt động theo quy định của Nghị định để cơ quan chủ quyền quyết định và được áp dụng ngay cơ chế ưu đãi của Nghị định.
Một điểm mới quan trọng nữa là các tổ chức KH&CN sẽ được Nhà nước giao quyền sử dụng cho sản xuất kinh doanh và nghiên cứu khoa học, chi phí khấu hao tài sản cố định sẽ được để lại đầu tư tăng cường cơ sở vật chất, đổi mới trang thiết bị. Đây cũng là một yếu tố để các tổ chức KH&CN được bình đẳng như doanh nghiệp khi sản xuất kinh doanh. Tất nhiên, việc giao tài sản cho tổ chức KH&CN cũng có những đặc thù và sẽ có quy định riêng để đảm bảo định hướng hoạt động của tổ chức KH&CN, tránh tình trạng chạy theo sản xuất kinh doanh mà không thực hiện tốt chức năng nghiên cứu khoa học, làm thất thoát tài sản Nhà nước, đặc biệt là tải sản quý phục vụ nghiên cứu khoa học.
Ngoài việc được thực hiện cơ chế khoán chi đối với một số nội dung của chương trình, đề tài, dự án KH&CN thông qua hợp đồng kinh tế và trên cơ sở đánh giá, nghiệm thu sản phẩm đầu ra, quyết định mức chi thuế chuyên gia trong và ngoài nước trong và ngoài nước phù hợp với tính chất chuyên môn và trình độ nghiệp vụ; các tổ chức KH&CN chuyển đổi còn được quyết định mức thu nhập của cán bộ, viên chức theo tính chất và hiệu quả công việc sau khi hoàn thành nghĩa vụ với Nhà nước và đã trích lập các quy định, không giới hạn mức tối đa. Cũng có quan điểm cho rằng như thế có thể tạo ra tình trạng thu nhập quá cao, nhưng thực ra, thu nhập của cán bộ còn chịu sự điều tiết của Pháp lệnh thuế thu nhập, còn nếu khống chế mức thu nhập sẽ làm giảm động lực sáng tạo của nhà khoa học.