M methionine * translation stop
2. Cơng cụ và cách sử dụng
Để truy cập vào trang BLAST, chúng ta nhấn vào dịng BLAST trong trang chủ của NCBI. Chúng ta cĩ thể thực hiện tìm kiếm trình tự tương đồng DNA (Nucleotide - Nucleotide BLAST) hoặc protein (Protein – Protein BLAST).
2.1. Nucleotide – Nucleotide BLAST
Mở chương trình BLAST bằng cách nhấn vào dịng BLAST trong các trang của NCBI.
• Mở chương trình Nucleotide BLAST bằng cách nhấn lên dịng blastn. Trang
kết quả Nucleotide BLAST sẽ xuất hiện dưới dạng HTML (chúng ta cĩ thể
thay đổi dạng hiển thị tại menu Format).
• Nhập trình tự DNA cần tìm kiếm vào khung nhập trình tự (Search). Lựa
chọn chức năng blastn và nr (non-redundant), đặt chiều dài giới hạn vùng
cần tìm (From: ooooo To: ooooo ).
• Nhấn lên nút BLAST! để bắt đầu chương trình. Kết quả sẽ hiện lên trang formatting BLAST.
• Nhấn vào nút Format! để mở trang kết quả tìm kiếm và chờ đợi (cĩ thể kéo
dài vài phút hoặc lâu hơn).
Kết quả sẽ hiện lên một trang web mới chứa nội dung tìm được. Thơng thường kết quả khơng hiện lên tức thì mà yêu cầu chúng ta chờ đợi trong một khoảng thời gian (từ vài phút đến nhiều phút tùy vào kích thước đoạn cần tìm).
Kết quả gồm phần đồ thị, danh sách mục bài cĩ trình tự tương đồng với trình tự DNA nhập vào với mức độ ngày càng giảm dần. Ngồi ra cịn cĩ danh sách các trình tự sắp xếp theo trị số Score.
Score E Sequences producing significant alignments: (bits) Value gi|145832|gb|M17873.1|ECOELTBP E.coli (from pig) heat-labil... 44 0.003 gi|1648865|emb|X83966.1|ECLT87 E.coli LT87 gene for heat-la... 44 0.003
Giải thích:
gi|145832|gb|M17873.1|ECOELTBP – là mã số truy cập vào các trình tự
tương đồng trong GenBank. Nhấn vào để mơ tả chi tiết mục bài này.
E.coli (from pig) heat-labil... – Mơ tả chức năng trình tự.