Bệnh viện Nội tiết TW được thành lập theo quyết định số 906/BYT-QĐ ngày 16/09/1969. Trong những ngày đầu, chức năng nhiệm vụ của bệnh viện là tạo ra một mạng lưới hoạt động phòng chống bệnh bướu cổ từ Trung ương đến địa phương.
Mặc dù ra đời trong hoàn cảnh chiến tranh chống mỹ ác liệt nhưng bệnh viện Nội tiết trung ương đã hoàn thành những trọng trách của mình, góp phần không nhỏ trong công cuộc đẩy lùi bệnh bướu cổ cho đồng bào miền núi các tỉnh phía Bắc.
Bắt đầu từ những năm 80, bệnh viện đã hợp tác với các tổ chức quốc tế để thực hiện chương trình phòng chống các Rối loạn thiếu iốt (RLTI) - với mục tiêu: “Năm 2005, thanh toán tình trạng thiếu iốt ở trẻ em trên toàn quốc”.
Để đáp ứng tình hình và nhiệm vụ mới, ngày 15/07/2000 Bộ Trưởng Bộ Y tế đã có Quyết định số 2229/QĐ-BYT quy định lại chức năng và nhiệm vụ của Bệnh viện Nội tiết. Từ đây bệnh viện đã có những bước chuyển mình lớn trong công tác điều trị các bệnh Nội tiết và Chuyển hoá, đặc biệt là bệnh Đái tháo đường. Để phù hợp với nhu cầu cho người bệnh, hoàn thành tốt nhiệm vụ chăm sóc sức khoẻ cho nhân dân, bệnh viện đã thành lập khoa Ngoại, khoa Xạ trị và tăng cường hiện đại hóa các khoa Cận lâm sàng. Bệnh nhân đến khám và điều trị tại bệnh viện ngày càng tăng. Uy tín của bệnh viện, của các thầy thuốc chuyên khoa ngày càng được nâng cao.
Năm 2000, bệnh viện đã tổ chức thành công Hội nghị khoa học toàn quốc về chuyên ngành Nội tiết và Chuyển hóa lần thứ nhất, từ đó đến nay, Bệnh viện đã mở nhiều khóa học nâng cao trình độ chuyên môn cho hàng trăm bác sỹ, y tá điều dưỡng làm công tác trong chuyên ngành Nội tiết - Chuyển hóa của 64 tỉnh thành.
Năm 2002, Thủ tướng chính phủ tại quyết định số 77/2002/TTg ngày 17/6/2002 về việc phê duyệt chương trình phòng chống một số bệnh không lây nhiễm giai đoạn 2002 – 2010 đã đưa ra mục tiêu của Dự án phòng chống đái tháo đường là giảm tỷ lệ mắc, biến chứng và tử vong của bệnh đái tháo đường.
+ Giảm 50 % các yếu tố gây nguy cơ phát triển bệnh đái tháo đường trong cộng đồng.
+ Điều trị và lập danh sách theo dõi, hướng dẫn để 100 % người bệnh đái tháo đường đã được phát hiện có thể tự quản lý bệnh tật.
Năm 2008 theo quyết định 172/2008/QD-TTg ngày 19/12/2008 của Thủ tướng Chính phủ về việc bổ xung Quyết định số 108/2007/QD-TTg ngày 17/7/2007 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình mục tiêu Quốc gia phòng, chống một số bệnh xã hội, bệnh dịch nguy hiểm và HIV/AIDS giai đoạn 2006-2010 với mục tiêu chung đến năm 2010 là giảm tỷ lệ mắc, biến chứng và tử vong của bệnh đái tháo đường cụ thể:
+ Phấn đấu đạt 50% người dân trong cộng đồng hiểu biết về bệnh đái tháo đường và các yếu tố nguy cơ đối với sức khỏe do bệnh đái tháo đường gây ra.
+ Giảm tỷ lệ mắc bệnh đái tháo đường không được phát hiện trong cộng đồng xuống dưới 60%.
+ Xây dựng, triển khai và duy trì mô hình quản lý bệnh đái tháo đường trên phạm vi cả nước.
+ Theo dõi và điều trị có hệ thống 50% số người mắc bệnh đái tháo đường đã được phát hiện theo phác đồ của Bộ Y tế quy định.
Bệnh viện Nội tiết được Bộ Y tế giao nhiệm vụ thực hiện Dự án phòng chống đái tháo đường, ngay từ năm 2000 đã tiếp cận với các tổ chức quốc tế, tranh thủ viện trợ, sự trợ giúp về kỹ thuật từ các chuyên gia hàng đầu trên thế giới, từ Châu Á, Châu Âu … và sự cam kết của chính phủ trong việc phòng chống bệnh đái tháo đường đã từng bước đạt được một số thành tựu nhất định như sau:
- Tham mưu cho Bộ Y tế phối hợp các Bộ ban ngành đã xây dựng được thông tư liên bộ Bộ Y tế và Bộ Nội vụ về hệ thống các Trung tâm Nội tiết trong toàn quốc (Xây dựng chức năng, nhiệm vụ).
- Xây dựng tài liệu về phòng và quản lý bệnh ĐTD.
- Điều tra dịch tễ học bệnh ĐTD và yếu tố nguy cơ trong toàn quốc.
- Xây dựng mô hình điểm về phòng chống ĐTD tại Thái Bình, Thanh Hóa và mở rộng ra Bình thuận, Đắc lăk dựa vào hợp tác quốc tế với Quỹ Đái tháo đường Thế giới và Tổ chức Y tế Thế giới.
- Điều tra sàng lọc phát hiện sớm bệnh đái tháo đường tại cộng đồng. - Tập huấn chuyên môn cho bác sỹ và điều dưỡng viên các tuyến.
- Tuyên truyền về bệnh đái tháo đường trên các phương tiện thông tin đại chúng.
- Tăng cường chuyên môn về các bệnh nội tiết cho tuyến dưới theo đề án 1816.
Trải qua bao tháng năm thử thách, bệnh viện Nội tiết trung ương đã và đang khẳng định đúng vị trí của mình.