2.1.6.Vai trò của vi khuẩn B .Subtilis
2.3.1. Phương pháp thực nghiệm:
Northern blot: phương pháp này cho phép phát hiện sự có mặt, kích thước trọng lượng của các phân tử RNA trong các mẫu khác nhau. Hầu hết các ncRNA đề cập đến được phát hiện bởi phương pháp Northern Blot.
Northern Blot là một trong những công cụ cơ bản nhất và mạnh mẽ được sử dụng trong phân tích biểu hiện gen. Đây là một phương pháp đang tin cậy và được sử dụng rộng rãi trong mô tả các đặc tính ổn định của RNA. Phân tích RNA là một phương pháp mạnh mẽ để theo dõi hoạt động của một gen nội sinh hoặc giới thiệu gen trong các dòng tế bào đặc biệt hoặc các mơ. Northern blot có một số lợi thế. Sự biểu hiện của gen thường phức tạp, nhiều phân tử RNA có thể được thể hiện từ một gen đơn lẻ và hàng ngàn RNA được tạo ra chỉ từ một tế bào hoặc vi sinh vật. Northern Blot phân tích đồng thời có thể cung cấp thơng tin về lồi, kích cỡ và mức độ biểu hiện của sự đa dạng các RNA.
Sự phát hiện liên tục các small RNA bằng cách sử dụng trình tự high-throughput đã đặt ra sự cần thiết cho các phương pháp đáng tin cậy để phát hiện và theo dõi mức độ biểu hiện của small RNA. Hiện nay Northern blot là phương pháp được sử dụng rộng rãi nhất để xác nhận các small RNA như là high-throughput sequencing. Phương pháp này dựa trên protocol (LED) cho các RNA , phát hiện bằng cách sử dụng đầu dị nhãn DIG, có chứa khóa axit nucleic (LNA) và 1-etyl-3-(3-dimetylaminopropyl) carbodiimide cho qua RNA liên kết với màng tế bào. LED tạo ra một tín hiệu hiển thị cho small RNA ở nồng độ thấp. Phương pháp này địi hỏi phải có ít nhất một vài giây tiếp xúc với màng, tiếp xúc càng lâu càng tốt. Ngược lại phương pháp sử dụng đồng vị phóng xạ độc hại, nguy hiểm, đầu dị LED có thể được lưu trữ ít nhất là 6 tháng, tạo điều kiện thuận lợi hơn, nhanh hơn, chi phí rẻ hơn và thân thiện với môi trường hơn.