Trong thuật toán SOM cơ sở mối quan hệ giữa các topo và số nơron được bố trí ngay từ đầu. Số lượng các nơron thường được lựa chọn là lớn nhất với kích thước lân cận điều chỉnh độ mịn và tính khái quát của bản đồ. Bản đồ không bị ảnh hưởng nhiều khi số lượng nơron vượt quá số lượng vector đầu vào nếu kích thước lân cận được lựa chọn thích hợp. Khi kích thước của bản đồ tăng số lượng nơron
các giai đoạn huấn luyện trở nên nặng nề và khó khăn. Trước khi huấn luyện phải khởi tạo giá trị ban đầu cho vector trọng số. Có ba phương pháp khởi tạo được sử dụng [10]: Khởi tạo ngẫu nhiên, khởi tạo sử dụng hàm mẫu ban đầu, khởi tạo tuyến tính.
- Khởi tạo ngẫu nhiên: Các giá trị ngẫu nhiên được gán cho vector bảng mã đây là trường hợp được sử dụng khi dữ liệu đầu vào tại thời gian khởi tạo không có gì hoặc ít được biết đến.
- Khởi tạo sử dụng mẫu ban đầu: Sử dụng các mẫu ban đầu được thực hiện bởi các mẫu ban đầu của bộ dữ liệu đầu vào và có thể được sử dụng cho khởi tạo vector bảng mã. Điều này có lợi thế mà các điểm tự động đặt trong cùng một phần tử không gian đầu vào với dữ liệu.
- Khởi tạo tuyến tính: Phương pháp khởi tạo sử dụng phân tích các thành phần chính của dữ liệu đầu vào. Vector bảng mã được khởi tạo nằm trong cùng một không gian đầu vào được kéo dài bởi 2 vector đặc trưng tương ứng với những giá trị riêng lớn nhất của dữ liệu đầu vào. Điều này có tác dụng kéo SOM cùng hướng dữ liệu có năng lượng quan trọng nhất. Phương pháp khởi tạo tuyến tính được sử dụng thành công. Tuyến tính là phương pháp tốt cho khởi tạo bản đồ đa chiều.