Công ty cổ phần dược phẩm Hà nội chính thức được thành lập năm 2003 và thay đổi lần cuối vào 04/10/2006 với số vốn điều lệ là 7,9 tỷ đồng. Như vậy trong mấy năm gần đây, công ty không huy động them vốn của chủ sở hữu mà công ty chỉ huy động vốn bằng phương pháp vay ngân hang.
Nguồn vốn của công ty bao gồm nguồn vốn của nhà nước và nguồn vốn của tư nhân, tất cả được đóng góp dưới dạng cổ phần, vốn của tư nhân chủ yếu là vốn góp của công nhân viên trong công ty. Trong đó nguồn vốn của nhà nước chiếm hơn 50% tổng số vốn điều lệ của công ty.
Trước kia công ty là xí nghiệp dược phẩm Hà nội, toàn bộ số vốn của xí nghiệp là vốn của nhà nước do nhà nước quản lý. Nhưng từ khi xí nghiệp dược phẩm Hà nội chuyển sang hình thức là công ty cổ phần Dược Phẩm Hà Nội thì số vốn của công ty bao gồm số vốn của nhà nước và số vốn của tư nhân. Và việc phân phối vốn của công ty hiện nay được phân chia theo tỷ lệ góp vốn.
Hiệu quả sử dụng vốn của công trong những năm gần đây không cao lắm, vì theo trưởng phòng xuất nhập khẩu và điều độ sản xuất thì trong năm gần đây lượng hang tồn kho của công ty là tương đối nhiều cho nên lượng vốn bị ứ đọng trong các kho xưởng và phải chịu chi phí bảo quản, ngoài ra chất lượng thuốc chỉ đảm bảo trong khoảng thời gian nhất định, nếu công ty không bán được sẽ phải huỷ bỏ và gây ra thiệt hại cho công ty.