Những hạn chế trên xuất phát từ nhứng nguyên nhân chủ yếu sau đây:
Thứ nhất, là do hệ thống pháp lệnh và các văn bản hớng dẫn còn cha hoàn thiện,
có những nội dung còn cha sát với thực tế quản lý thu thuế tại Việt Nam nên còn gây ra những hạn chế trong việc tận thu vào ngân sách nhà nớc.
Thứ hai, do trình độ đội ngũ cán bộ thuế thấp sẽ dẫn tới sự yếu kém trong công
tác tuyên truyền, phổ biến chính sách thuế đến mọi ngời dân. Lâu nay Nhà nớc buộc ngời dân phải thực hiện nghĩa vụ thuế nhng cha chỉ ra cho họ thấy quyền lợi đợc hởng, rằng mỗi con đờng, mỗi ngôi trờng, bệnh viện, sự an ninh của khu phố… đều từ tiền thuế của dân mà ra. Trình độ đội ngũ cán bộ thuế thấp cũng dẫn đến những sai phạm trong quá trình quản lý thu thuế: tính thuế, quyết toán thuế…
Đặc biệt trong công tác thanh tra thuế, điều này càng thể hiện rõ ràng hơn. Thủ đoạn trốn thuế hiện nay ngày càng tinh vi, phức tạp. Trình độ cán bộ thuế còn nhiều hạn chế thì không thể phát hiện ra những sai phạm của đối tợng bị thanh tra.
Trong những năm gần đây ngành thuế đã tập trung đào tạo kiến thức cơ bản cho cán bộ của ngành nhng mới chỉ dừng lại ở việc gửi cán bộ đi học tại các trờng đại học và trung học chứ cha chuyên sâu về nghiệp vụ thuế và các kiến thức theo tiêu chuẩn ngạch công chức nhà nớc quy định.
Ngành thuế đã tổ chức các lớp tập huấn, bồi dỡng nghiệp vụ nhng mới chỉ tập trung vào một số cán bộ chủ chốt, cha làm đợc nhiều và thờng xuyên đối với đội ngũ đông đảo cán bộ trực tiếp quản lý ở các địa phơng. Đối với thuế thu nhập cá nhân thì luôn có chỉnh sửa thì việc đào tạo nghiệp vụ cho cán bộ thuế lại càng trở nên quan trọng. Vì vậy, trình độ chuyên môn của cán bộ thuế ở cấp cơ sở còn thấp. Nhiều cán bộ cha nắm đợc kiến thức cơ bản về luật thuế ngay trong lĩnh vực chuyên môn mình đảm nhận.
Mặc dù đã đợc quan tâm đầu t, điều kiện vật chất của ngành thuế còn lạc hậu. Cơ sở làm việc còn chật chội, hệ thống thông tin phục vụ công tác quản lý cha đợc nâng cấp. Trong thời gian tới, hệ thống thông tin cần đợc trang bị lại để đáp ứng đợc tiến độ và khối lợng công việc. Việc trao đổi thông tin giữa các ngành thuế với các ngành liên quan cha chặt chẽ, không đầy đủ làm giảm tính khả thi, chính xác và hiệu quả trong công tác quản lý thu thuế.
Thứ ba,ở Việt Nam hiện nay, quá trình thanh toán tiền bằng tiền mặt vẫn là chủ yếu nên đã gây khó khăn cho cán bộ thuế trong công tác kiểm tra thu nhập của đối t - ợng lao động. Cơ quan thuế khó có thể xác minh và thẩm tra những kê khai về thu nhâp của đối tợng nộp thuế một khi thu nhập ngời lao động dới hình thức tiền mặt, không có một chứng từ nào xác nhận việc thanh toán. Trong khi đó các khoản thu nhập lại rất không ổn định.
Thứ t, do những bất cập trong chế độ kê khai thuế và cấp mã số thuế hiện nay
đối với những đối tợng hành nghề tự do nh ca sĩ, nghệ sĩ , cầu thủ bóng đá…Các hình thức kê khai vẫn còn hạn chế cha đa dạng nên gây ra tình trạng nhiều loại thu nhập cha đợc tính đến và làm giảm hiệu quả quản lý thu thuế thu nhập cá nhân.
Thứ năm, do ý thức ngời dân về thuế thu nhập cá nhân còn thấp. Rất nhiều ngời
dân cha hiểu biết đầy đủ về thuế thu nhập cá nhân, sự tự giác còn cha cao, cha có sự hiểu biết cặn kẽ về quyền lợi và nghĩa vụ của ngời nộp thuế nên còn có những biểu hiện trốn tránh, thoái thác việc thực hiện Pháp luật thuế. Bản thân những ngời hiểu biết cũng cố tình làm sai và không thực hiện nghĩa vụ nộp thuế. Ngay cả các cơ quan chi trả thu nhập, vì lợi ích của bản thân các đơn vị đó nên đã không tiến hành khấu trừ thu nhập.
Nhà nớc vẫn cha thực sự chú trọng vào thuế thu nhập cá nhân, những chơng trình tuyên truyền và giáo dục về thuế thu nhập cá nhân gần nh không có. Điều này đã khiến cho thuế thu nhập cá nhân vẫn còn là một sắc thuế xa lạ đối với rất nhiều ngời.
Để hoàn thiện công tác quản lý thuế thu nhập cá nhân, huy động nhiều hơn và hợp lý hơn nữa thu nhập của cánhân cho nhà nớc, góp phần thực hiện công bằng xã hội, ngành thuế và các cơ quan liên quan phải tìm các giải pháp thích hợp để giải quyết những hạn chế.