Nguyên nhân tổng quát nhất phải kể đến là sự phát triển còn hạn chế của nền kinh tế, dẫn đến thông tin và dữ liệu khó có thể thu thập được một cách chuẩn xác và đầy đủ. Hầu hết các ngành kinh tế ở nước ta đếu không có những số liệu thống kê chuẩn xác như ở những nước phát triển, hoặc khi có thì mỗi đơn vị liên quan đưa ra số liệu về cùng một vấn đề nhưng lại không khớp nhau. Sự liên kết giữa ngân hàng với các cơ quan chức năng của Nhà nước như cơ quan thuế, cơ quan thống kê, cơ quan kiểm toán, viện nghiên cứu kinh tế và dự báo... còn hạn chế. Các cơ quan này hoạt động độc lập và ít liên hệ, không có mối liên hệ ràng buộc lẫn nhau. Do đó việc cán bộ thẩm định thu thập những thông tin chung chính xác về ngành, về lĩnh vực cụ thể để làm con số cơ sở thì rất khó khăn, nếu có được thì lại mất rất nhiều chi phí và công thức cũng như thời gian. Điều này gián tiếp làm cho chất lượng thẩm định không đạt như mong muốn.
Về môi trường pháp lý còn nhiều bất cập. Các chính sách quy định của nhà nước đưa ra có sự thay đổi liên tục làm cho các hoạt động khác cũng phải thay đổi theo. Có những quy định được ban ra ngân hàng, doanh nghiệp chưa nắm bắt rõ thì đã lại có quy định mới. Những qui định của Chính phủ hay của các Bộ ngành đưa ra có nhiều chỗ còn chưa rõ ràng gây ra khó khăn cho cả ngân hàng và doanh nghiệp. Hơn nữa cũng còn nhiều điều chưa phù hợp với thông lệ quốc tế.
Về phía chủ dự án: Thực tế có những doanh nghiệp lập tới 4 hoặc 5 báo cáo tài chính. Để có được đánh giá tốt của ngân hàng đối với doanh nghiệp mình
rất nhiều doanh nghiệp cố tình cung cấp các báo cáo “đẹp” ( báo cáo có lợi nhuận cao, doanh thu tăng đều các chỉ tiêu khả năng thanh toán, tình hình sử dụng tài sản… đều rất tốt hoặc đạt tiêu chuẩn được cho vay). Vì vậy các thông tin trong các báo cáo tài chính mà đa số các chủ dự án đưa cho ngân hàng có tới 70% có khi đến 80% là không đúng sự thật (trừ những báo cáo đã được kiểm toán); Các thông tin về dự án trình cho ngân hàng thì sơ sài.
Về phía cán bộ thẩm định: Với những cán bộ tin dụng đã có bề dày kinh nghiệm thì việc để sai sót hay nhầm lẫn trong việc thực hiện qui trình thẩm định hầu như là không có. Còn đối với cán bộ tín dụng còn ít kinh nghiệm (chiếm tới gần 40% số cán bộ tín dụng ở MSB Hà Nội) thì những sai sót hay nhầm lẫn là khó tránh khỏi. Nhất là trong giai đoạn hiện nay khi ngân hàng đang triển khai hiện đại hoá ngân hàng. Việc ứng dụng khoa học công nghệ hiện đại vào hoạt động ngân hàng vừa có tác động tích cực nhưng cũng đem lại một số tác động tiêu cực nhất định. Với những cán bộ tín dụng chưa nắm được qui trình mới, chưa thành thạo trong xử lý công việc bằng máy tính thì khó có thể kiểm soát thông tin nhằm quản lý khách hàng thường xuyên để phát hiện những thay đổi về khách hàng, dẫn đến công việc thẩm định phải mất nhiều thời gian.
Do hạn chế về kiến thức tin học nói chung mà kênh thông tin từ internet vẫn chưa được các cán bộ thẩm định khai thác hiệu quả, phục vụ cho công việc của mình.
Công tác tổ chức cán bộ: Đội ngũ nhân viên tín dụng của ngân hàng hiện vẫn đảm nhiệm cả chức năng của cán bộ thẩm định nên công việc khá nhiều. Thực tế thì không phải cán bộ tín dụng nào cũng có thể đảm nhận cả hai công việc đó tốt được nên ảnh hưởng khá lớn đến chất lượng thẩm định dự án.