Bên cạnh những cơ hội nêu trên thì Chi nhánh cũng tồn tại những thách thức vi mô và vĩ mô như: Trên địa bàn Quận 3 có khá nhiều các NHTM như NH Đầu tư và phát triển, NH Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, NHTMCP Á Châu, NHTMCP Đông Á…Chính vì vậy đã tạo nên một sự canh tranh gay gắt giữa NHCT Chi nhánh 3 với các NHTM khác.
Với hoạt động Ngân hàng trong bối cảnh hiện nay, theo các chuyên tài chính, khủng hoảng đã dần đi qua, sự hồi phục đã diễn ra và cơ hội đang đến với ngành ngân hàng, nhưng không hoàn toàn bền vững. Chính vì thế, nếu không nâng cao sức cạnh tranh và xây dựng được định hướng phát triển mang đậm nét riêng, thì hoạt động của mỗi ngân hàng khó có thể đạt hiệu quả cao. Có nghĩa, nếu ngân hàng không cẩn trọng thì sẽ phải còn đối mặt với nhiều thách thức.
Theo đánh giá của các chuyên gia trong ngành tài chính, Bởi năm 2009, Việt Nam đã thực hiện cam kết mở cửa thị trường trong lĩnh vực tài chính - ngân hàng. Hệ thống ngân hàng trong nước sẽ phải đối mặt với sự cạnh tranh lớn từ những ngân hàng nước ngoài trong năm 2009 và các năm tới, đòi hỏi khả năng quản trị của ngân
hàng Việt Nam cao hơn, tăng tốc và hiệu quả hơn trước. Bên cạnh đó, hệ thống ngân hàng trong nước phải đảm bảo để sự cạnh tranh này không tạo nên tình trạng bất ổn trong hệ thống tài chính quốc gia. Vì vậy, thách thức sẽ tiếp tục song hành đối với hoạt động của ngành ngân hàng trong năm tài chính 2010.
Năm 2010, Chính phủ đã đưa ra thông điệp kiểm soát tăng trưởng tín dụng không vượt quá 25%, thấp hơn nhiều nếu so với con số 38 - 39% của năm 2009, hiện chính sách tiền tệ đã bắt đầu được "siết" lại làm cho hoạt động của các ngân hàng sẽ khó khăn hơn và khó khăn lớn nhất vẫn là nguồn vốn; lúc này áp lực huy động vốn tiếp tục gia tăng, dẫn đến cho vay ra cũng phải cẩn trọng và chọn lọc khách hàng tốt nhất để cho vay, người vay phải trả lãi suất cao. Điều đó cũng dễ hiểu, vì với một nền kinh tế bắt đầu phục hồi thì vốn liếng sẽ trở nên khan hiếm. Trước đây, những người có vốn khó đầu tư, kinh doanh do các kênh đầu tư sụt giảm nên gửi tiền vào ngân hàng để hưởng lãi suất, nhất là năm 2008 lãi suất tiền gửi tăng cao. Còn tình hình thị trường hiện nay đã thay đổi, khi các kênh đầu tư khác đã và đang dần hồi phục, nhiều người sẽ rút vốn ra để đầu tư thay vì gửi vào ngân hàng. Thị trường bất động sản sẽ ấm lên và khả năng phục hồi vào cuối năm nay; Thị trường chứng khoán cũng sẽ phục hồi và thị trường trái phiếu hấp dẫn hơn. Vì vậy, tiền gửi vào ngân hàng sẽ ít đi, đó là chưa kể đối với việc khống chế trần lãi suất huy động và đây cũng là vấn đề khó khăn nhất của ngân hàng trong năm nay. Một khó khăn khác nữa đó là tín dụng thắt chặt, nên nguồn vốn cho vay bất động sản, chứng khoán vốn mang lại lợi nhuận lớn cũng bị hạn chế.