Sau những bớc phát triển nhảy vọt vào cuối những năm 80 và đầu những năm 90, hoạt động đánh bắt thuỷ sản đã có dấu hiệu chững lại do hiệu quả giảm sút: năm 1990, năng suất khai thác tàu thuyền là 0,92 tấn hải sản/mã lực, đến năm 1995 giảm xuống còn 0,62 tấn/ mã lực do các nguyên nhân tự nhiên (khai thác hải sản ven bờ đã vợt mức cho phép 10%) và các nguyên nhân chủ quan (máy móc và trang thiết bị lạc hậu, thiếu phơng tiện và kinh nghiệm đánh bắt hải sản đại dơng, trình độ lực lợng lao động còn thấp…).
Trong thời gian tới, xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam khó có thể trông đợi sự phát triển nhanh hơn của sản lợng đánh bắt (cho dù có những khoản đầu t lớn vào xây dựng cảng cá, đóng tàu, tín dụng u đãi…) mà chủ yếu phải tập trung tận dụng tối đa sảu lợng hiện có cho hoạt động xuất khẩu có giá trị cao bằng các biện pháp nâng cao chất lợng và giắ trị sản phẩm xuất khẩu, hạn chế tối đa h hỏng trong quá trình đánh bắt, vận chuyển, chế biến hải sản. Cần tăng cờng đầu t xây dựng các nhà máy chế biến thuỷ sản hiện đại đáp ứng đợc các đòi hỏi khắt khe về chất lợng của các thị trờng lớn nh Nhật Bản, Mỹ, EU.
Hiện nay, gần 80% số nhà máy chế biến thuỷ sản cha đáp ứng đợc yêu cầu chất lợng chế biến sản phẩm xuất khẩu, do đó tỷ trọng sản phẩm có giá trị gia tăng cao chỉ chiếm dới 15% tổng giá trị xuất khẩu. Hầu hết hàng hoá thuỷ sản xuất khẩu Việt Nam hiện nay dới dạng thô (ớp lạnh, ớp đông…) với giá rất thấp. Việc hiện đại hoá và nâng công suất chế biến là vấn đề rất cấp bách không chỉ đối với lĩnh vực đánh bắt thuỷ sản mà còn phục vụ cho khu vực nuôi trồng thuỷ sản đang phát triển mạnh mẽ.
Khu vực nuôi trồng thuỷ sản Việt Nam đang gặp nhiều khó khăn về các chính sách thuế, luật pháp của Chính phủ, vốn, xông nghệ nuôi trồng, chế biến,
thị trờng xuất khẩu… Trong khi Việt Nam mới bắt đầu phát triển lĩnh vực này thì một quốc gia xuất khẩu thuỷ sản hàng đầu thế giới là Thái Lan đã xây sựng hoàn chỉnh lĩnh vực nuôi thuỷ sản xuất khẩu công nghiệp từ sản xuất giống - thức ăn – nuôi trồng – phòng bệnh – thu hoạch – chế biến – xuất khẩu. Xuất khẩu tôm của Thái Lan dựa chủ yếu vào nguồn nuôi tôm thâm canh (chiếm 80%) với 100% là nuôi công nghiệp có năng suất và chất lợng cao. Trong khi đó, thuỷ sản xuất khẩu Việt Nam từ nuôi trồng chỉ chiếm 63% trong đó hơn 90% là nuôi quảng canh và bán thâm canh có chất lợng không ổn định và năng suất rất thấp, chỉ bằng 15% so với Thái Lan. Với khả năng hiện nay, các hộ kinh doanh cá thể Việt Nam khó có khả năng đầu t nuôi tôm công nghiệp mà phải kết hợp họ lại theo hình thức hợp tác xã tự nguyện hay công ty cổ phần nông nghiệp mới đảm bảo sự thành công trong lĩnh vực đòi hỏi nhiều vốn, trình độ kỹ thuật và quản lý cao nh nuôi tôm xuất khẩu. Những ngời có vốn và kinhnghiệm kinh doanh quốc tế cũng sẽ bị hấp dẫn bởi lãi suất cao trong lĩnh vực này.
Bên cạnh đó, giá xuất khẩu hải sản Việt Nam hiện chỉ bằng một nửa giá xuất khẩu thuỷ sản cùng chủng loại và chất lợng của Thái Lan do Thái Lan là nớc xuất khẩu có uy tín trên thế giới từ nhiều năm nay và trình độ marketing quốc tế tốt hơn. Vì vậy, một phần không nhỏ thuỷ sản Việt Nam đợc xuất khẩu đến Hồng Kông, Thái Lan, Singapo với mức giá rất thấp, sau đó tái xuất đi Mỹ, EU, và Nhật Bản.