Ngày 26/11/1990, Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng Việt Nam được Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng quyết định chuyển thành Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam theo quyết định số 401/CT. Theo đó, Ngân hàng Đầu tư và Xây dựng Hà Nội cũng đổi tên thành Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Chi nhánh Thành phố Hà Nội.
Bên canh việc cung ứng vốn cho đầu tư, phát triển những công trình then chốt phục vụ cho việc xây dựng kinh tế thủ đô thì BIDV Hà Nội được phép kinh doanh đa năng tổng hợp và làm ngân hàng đại lý, giữ vững vị thế của Ngân hàng Đầu tư và Phát triển là vai trò chủ lực trong cho vay đầu tư phát triển trên địa bàn thủ đô. Cũng kể từ đây, chức năng quản lý Nhà nước và chức năng kinh doanh trong ngành ngân hàng được phân định rõ.
Năm 1995. hoạt động của Hệ thống Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam nói chung, BIDV Hà Nội nói riêng chuyển sang giai đoạn mới: Kinh doanh đa năng tổng hợp, thực sự đã trở thành một ngân hàng thương mại quốc doanh, phục vụ chủ yếu trong lĩnh vực đầu tư phát triển trong cơ chế thị trường theo định hướng XHCN.Nhờ việc đa phương hóa, đa dạng hóa các hình thức và biện pháp huy động vốn phục vụ đầu tư và phát triển của Ngân hàng.
Vào ngày 16/12/1996, BIDV Hà Nội đã được Tổng giám đốc Ngân hàng Đầu tư và phát triển Việt Nam chấp thuận theo tiêu chuẩn Doanh nghiệp nhà nước hạng I, bao gồm: 17 phòng, 04 chi nhánh trực thuộc với 12 Quỹ tiết kiệm, các điểm giao dịch ngân hàng bán lẻ tại các khu vực đông dân cư, các trọng điểm kinh tế của thủ đô…
Từ năm 1997, BIDV đã có quan hệ đại lý với 400 ngân hàng, đến 2005 đã lên đến 800 ngân hàng. Đặc biệt nhất vào năm 2006, BIDV đã vinh dự được góp phần nhỏ bé vào hệ thống ngân hàng đầu tư và phát triển Việt Nam là nhà tài trợ chính chịu trách nhiệm cung cấp dịch vụ chính thức phục vụ hội nghị thượng đỉnh APEC
2006, góp phần thành công rực rỡ vào hội nghị này.