Hệ thống TTĐTLNH có hệ thống dự phòng cho hoạt động của TTTT quốc gia và các trung tâm xử lý tỉnh. Hệ thống dự phòng có đầy đủ các trang thiết bị.
Trong trạng thái bình thường hệ thống dự phòng hoạt động song hành với hệ thống chính thức và luôn sẳn sàng thay thế cho hệ thống chính thức nếu hệ thống chính thức gặp sự cố.
- Xử lý và quyết toán các khoản thanh toán chuyển tiền giá trị cao và khẩn theo phương thức tổng tức thời. Trong trường hợp tài khoản của thành viên không có số dư thì lệnh thanh toán sẽ được chuyển vào hàng đợi, khi đủ tiền mới được xử lý.
- Áp dụng hạn mức nợ ròng: Là mức giá trị tối đa qui định cho các giao dịch thanh toán giá trị thấp được tham gia quyết toán bù trừ, được tính toán dựa trên chênh lệch giữa tổng số các lệnh thanh toán giá trị thấp ĐẾN và tổng số các lệnh thanh toán giá trị thấp ĐI trong một khoản thời gian nhất định. Các thành viên tham gia quyết toán bù trừ phải thiết lập hạn mức nợ ròng của mình (6 tháng một lần). Theo đó, phải ký quỹ giấy tờ có giá tại Sở GDNHNN một tỷ lệ qui định tính trên hạn mức nợ ròng. Cơ chế hạn mức nợ ròng được vận hành như sau: Đầu ngày làm việc, TTTTQGia cập nhật cho các TT xử lý tỉnh hạn mức nợ ròng đúng bằng giá trị các ngân hàng thành viên đã thiết lập. Tại mỗi thời điểm của ngày làm việc, hạn mức này thay đổi tăng, giảm tùy thuộc vào hoạt động giao dịch thanh toán thực tế. Định kỳ (10 giây) TTTTQ gia tính toán và cập nhật lại hạn mức này cho các trung tâm xử lý tỉnh. Trong phạm vi hạn mức nợ ròng, các thành viên thực hiện việc chuyển, nhận các lệnh thanh toán với nhau và quyết toán bù trừ theo qui định và có trách nhiệm thường xuyên theo dõi hạn mức nợ ròng của mình để hoạt động thanh toán không bị ách tắc.