1. Mục đích, nguyên tắc
Các trình tự DNA mã hĩa thơng tin di truyền dưới dạng các bộ ba nucleotide.
Khi cĩ một trình tự DNA, chúng ta cần phải tìm trình tự protein nếu muốn xác định sản phẩm sau dịch mã của trình tự này. Tuy nhiên, các trình tự DNA, sau khi được phiên mã, chỉ được dịch mã thành protein khi chúng là một khung đọc mở (Open Reading Frame - ORF). Các khung đọc mở phải là những trình tự DNA cĩ codon bắt đầu và codon kết thúc dịch mã (Stop Codon) như TAA, TGA, TAG.
2. Cơng cụ và cách thực hiện
Để tìm các khung đọc mở cĩ thể cĩ trong một trình tự DNA, chúng ta sử dụng một chương trình cĩ tên là ORF finder của NCBI. Chương trình này sẽ tìm kiếm những khung đọc mở cĩ thể cĩ của trình tự nhập vào và trình tự bổ sung của nĩ. Sau đĩ đưa ra bản đồ khung đọc mở với các trình tự đã dịch mã thành trình tự amino acid.
• • Mở trang ORF finder từ trang chủ NCBI bằng cách nhấn vào dịng ORF finder. vào dịng ORF finder.
• Nhập trình tự DNA vào hộp trình tự (sequence in FASTA format) hoặc mã số trình tự vào hộp GI or ACESSSION format) hoặc mã số trình tự vào hộp GI or ACESSSION
(nếu muốn dùng tồn bộ trình tự trong cơ sở dữ liệu).
• Lựa vị trí dịch mã (From: ....To:... ) và kiểu mã di truyền.• Nhấn nút OrfFind để thực hiện chương trình. • Nhấn nút OrfFind để thực hiện chương trình.
• Đợi kết quả xuất hiện sau vài phút (hoặc cĩ thể lâu hơn). Kết quả cĩ sáu khung dịch mã xuất hiện. Các khung đọc mở Kết quả cĩ sáu khung dịch mã xuất hiện. Các khung đọc mở (nếu cĩ) sẽ là những thanh cĩ màu sậm hơn. Lựa chọn giới hạn cách thể hiện bằng trị số trong mục Redraw (50, 100, 300).
• Nhấn lên trình tự khung đọc mở sẽ thấy hiện lên trình tự DNA và trình tự dịch mã amino acid tương tự kết quả bên DNA và trình tự dịch mã amino acid tương tự kết quả bên dưới.
3. Thực hành
Chúng ta thực hành xác định khung đọc mở của trình tự gen GHD7. Mở tập tin GDH7b –nu đã lưu.
• Mở trang ORF finder từ trang chủ NCBI.
• Chép trình tự DNA trong tập tin GDH7 –nu (dạng tập tin văn bản text) vào hộp trình tự (sequence in FASTA format).
• Nhấn nút OrfFind để thực hiện chương trình.
Kết quả cĩ sáu bản dịch xuất hiện và mỗi bản là một khung đọc mở. GHD7 là một protein cĩ mạch polypeptide là 253 amino acid mở. GHD7 là một protein cĩ mạch polypeptide là 253 amino acid
Muốn xem cụ thể khung đọc mở nào ta kích vào ơ xanh đĩ (ví dụ khung +1), Nhấn lên trình tự khung đọc mở sẽ thấy hiện lên trình tự DNA và trình tự dịch mã amino acid.