Đến đây có vẻ như phương pháp DCF cũng không mấy khó khăn để sử dụng. Nhưng thực tế thì bạn sẽ gặp phải một số vấn đề sau:
• Các kế hoạch tạo ra dòng tiền hoạt động
Yếu tố đầu tiên và cũng là yếu tố quan trọng nhất trong việc dùng mô hình chiết khấu dòng tiền để định giá cổ phần chính là ước đoán chuỗi các kế hoạch tạo ra dòng tiền hoạt động cho doanh nghiệp. Có rất nhiều rủi ro tiềm ẩn đối với thu nhập và dòng tiền được dự báo. Đó chính là nguyên nhân bạn sẽ gặp vấn đề khi sử dụng phương pháp DCF. Dễ thấy nhất là tính không chắc chắn của các dự án về dòng tiền tăng lên qua từng năm dự báo trong khi mô hình DCF thường phải sử dụng từ 5 đến 10 năm để có được một dự đoán có giá trị. Chính tính không chắc chắn với thời gian có thể sẽ khiến mô hình của bạn không mang lại kết quả như mong đợi, thậm chí là một kết quả khác xa nhiều so với kết quả bạn mong muốn. Các nhà phân tích có thể dự báo khá chính xác dòng tiền hoạt động trong năm nay và năm sau nhưng cũng không thể có đủ khả năng để dự báo chính xác cho những năm xa hơn của tương lai. Thu nhập và dòng tiền có thể bị giảm một cách nhanh chóng bởi vì các yếu tố bất ngờ nào đó. Tệ hại hơn là các dự án về dòng tiền xây dựng cho một năm bất kỳ thường được dựa trên kết quả của năm liền trước đó.
• Các kế hoạch về chi tiêu vốn
Các dự án về dòng tiền tự do cũng đi liền với các kế hoạch về chi tiêu vốn cho mỗi năm. Cũng vậy, mức độ không chắc chắn của các con số trong kế hoạch chi tiêu vốn tăng lên theo mỗi năm. Trong năm hoạt động không mấy khả quan thì tình hình chi tiêu vốn có thể tạo nên những sai lệch do các nhà quản trị sẽ thắt chăt các kế hoạch chi tiêu vốn và ngược lại. Do đó các giả thiết để xây dựng kế hoạch về chi tiêu vốn luôn hàm chứa rất nhiều rủi ro. Trong khi đó, có khá nhiều phương pháp để tính toán chi tiêu vốn ví dụ như sử dụng tỷ số vòng quay tài sản cố định hoặc là sử dụng phương pháp tính theo phần trăm doanh thu, những sự thay đổi dù nhỏ trong các giả định của
mô hình cũng có thể tạo nên những ảnh hưởng nghiêm trọng đối với kết quả tính toán của mô hình DCF.
• Mức chiết khấu và tỷ lệ tăng trưởng
Có lẽ một trong các giả định quan trọng nhất của mô hình DCF chính là các giả định về mức chiết khấu và tỷ lệ tăng trưởng. Có khá nhiều cách để xác định mức chiết khấu trong mô hình DCF định giá cổ phần. Các nhà phân tích thường sử dụng công thức mức chiết khấu R=Rf + β*(Rm - Rf) hoặc là sử dụng chi phí sử dụng vốn trung bình WACC của doanh nghiệp như một tỷ lệ chiết khấu hợp lý khi sử dụng DCF để định giá doanh nghiệp. Cả hai phương pháp trên đều khá lý thuyết và chúng thật sự không vận hành hiệu quả lắm trong ứng dụng đầu tư thực tế. Các nhà đầu tư khác có thể chọn một tỷ suất rào cản tuỳ ý để định giá cho tất cả các khoản đầu tư vốn cổ phần. Dĩ nhiên là bạn nên biết rằng khi chọn một phương pháp nào để dự báo suất chiết khấu thì không có nghĩa là bạn sẽ có được những câu trả lời chắc chắn chính xác. Có lẽ vấn đề lớn nhất đối với giả định về tỷ lệ tăng trưởng chính là khi chúng được sử dụng như một giả định về tốc độ tăng trưởng liên tục. Gỉa định rằng một doanh nghiệp có thể giữ mức tăng trưởng liên tục là một giả định rất lý thuyết. Các nhà phân tích đã tranh luận rằng tất cả các công ty lớn mạnh đang hoạt động với mức tăng trưởng liên tục như giả định sẽ có khuynh hướng chỉ đạt ở mức tăng trưởng chung của nền kinh tế trong dài hạn. Thêm vào đó, mức tăng trưởng của công ty sẽ thay đổi, đôi khi là thay đổi rất nhanh qua từng năm hoặc thậm chí là qua từng thập kỷ. Hiếm khi nào mà một doanh nghiệp đạt đến một mức tăng trưởng nào đó và có thể duy trì mức tăng trưởng đó mãi mãi.
Quay trở lại với cách tính toán trong mô hình DCF dễ thấy kết quả của nó rất nhạy cảm với bất cứ một sự thay đổi nào dù là nhỏ nhất trong giả định về tỷ lệ chiết khấu và tỷ lệ tăng trưởng.