11. TƯƠNG TÁC GAUSSIAN — GAUSSVIEW
+ Gaussian là chương trình tính toán lượng tử, va để vận hành nó ta phái cung cắp một
loạt các dit liệu đầu vào (input). Tat cả dit liệu vào đó được gom vao file gif. Sau quá trình tính chương trình xuất cho ta kết qua tính được tập hợp vao file log.
II?
Hình 11.2. Giao diện Gauss View 3.08
12. XÂY DUNG FILE GIF TREN GAUSSIAN
+ Khoi động Gaussian 03W sau đó chọn menu file —- New khi đó xuất hiện hộp thoại
thiết đặt thông tin can thiết về thuộc tính, phương pháp, mức lí thuyết... can tính
Hình 11,3. Tôi ưu hóa hình học methan theo mức RBSLYP/6-31+G*
ô Hỡnh 11.3 là hộp thoại biờu diộn thụng tin của file gif để tụi ưu húa hỡnh học methan theo phương pháp phiém hàm mật độ, gần đúng B3L.YP, hàm sóng hạn chế va bộ hàm cơ sở 6 — 31+G*. Ta điểm lại ý nghĩa các khung thông tin được khoanh tròn từ trên
xuống dưới của hộp thoại:
IIxI8
Khung! | Op + Cho biết đường dẫn file gif
Khung 2 Section ô Tờn cỏc file lưu lại trong qua trỡnh tớnh
+ Dung lượng bộ nhớ cần thiết cho phép tinh
Khung 3 | Route Section |s Xác định phương pháp tính, mức lí thuyết, thuộc
tính cần tính.
~Kí hiệu #. P là kiệu hiệu riêng của Gaussian dé
mở dau dòng lệnh, yêu cầu in day đủ kết quả tính
~ Từ khóa Opt chỉ yêu cầu tỗổi ưu hóa hình học
phân tử.
—Kí hiệu RB3LYP/6 - 31+G* chỉ cách xử lí ham
sóng hạn chế, gần đúng B3LYP trong phương
pháp phiém ham mật độ. bộ hàm cơ sở 6 -
31+G*
Khung 4 | Titlesection 'ô Ghi chủ ngắn gọn vẻ tỏc vụ
KhungS Charge, Multipl + Đặt điện tích dư va độ bội spin của
Khung6 Molecule + Xây dung tọa độ ban dau của hạt nhắn trong phản
Specification tử bằng toa độ ma trận - Z (Z - matrix coordinate)
oặc tọa độ nội (Internal coordinate).
is Element Fragment | NguênnriếmvobsErgiiiibihe
S| Ring Fragment | Cle kil ving thm vio
" FC Fragment | Các nhóm chức, các nhóm nguyên tử
F_ | Biological Fragment | Các nhóm phân tử sinh hóa thường gập
@ | Custum Fragment ee iét lập tùy ý
| Modify Bond en liên độ bội, độ dai...
4 | Modify Angle ca i 66 lớn gốc liên
y Modify Dihedral En góc nhị diện
it [Add Valence | Tina Bg i
% Delete Atom Xóa nguyễn tử,
y | Clean Cưỡng chê các thông so vẻ độ dai, góc, góc nhị điện... ve
các giá trị định trước.
+ Sử dụng các công cụ bằng cách click chọn vào các icon rồi click vào giao diện đỏ họa
Hình 13.1. Phân tử acid salicylic vẽ trong Gauss View
13.2. THIẾT LAP CÁC THUOC TINH CAN TINH
ô Click chon menu Calculate —ô Gaussian sẽ hiển thị hộp thoại như hỡnh 13.2. Việc lựa
chọn thuộc tinh can tính chủ yếu ớ Job Type panel, néu cần nhúng hệ khảo sat vào các
mô hình dung mdi khác nhau thi Solvation panel sẽ được lựa chon
đ(12911:V1 - Gausxssan Cakculotion Sete
—
Hình 13.2. Hộp thoại thiết lập các thuộc tính và mức tính lí thuyết
Jon TYPE PANEL
ô Click thạo vào panel nảy sẽ cho ta một loạt lựa chọn vẻ cỏc thuộc tớnh mà GaussView đã thiết đặt sẵn Trong phan nay ta chi giới thiệu việc tối ưu hóa hình học
(Optimization) tinh tan sô dao động (Frequency), phép tính phối hợp tối ưu hóa va tính
tan số dao động (Opt+Freq), phép tinh phố cộng hướng tử hạt nhân (NMR. Nuclear
manegtic resonance)
ô PHẫP TO! UU HểA HèNH HỌC. chon Optimization trong thanh cuộn, cú hộp thoại
deb Tipe | Me#ơ | Tite | Lrá0 | Genet | Guess | NBO | PEC | Solvation |
Optimize to a [Hnm+z | T Use GOUS
Calculate Force Constants [ĐEN ~] Í” Use tight convergence entaria
20
| TS (Berny) | Tối ưu hóa đến điểm đổi bậc nhất theo phương pháp Bemy cr
| TS (QST2) | Tối ưu hóa đến điểm đồi bậc nhất theo phương pháp QST2.
TS(QST3) | Tối ưu hóa đến điểm đổi bậc nhất theo phương pháp QST3.
Never |Khôngtnh —_
Tính toán hằng số lực tại mỗi điểm trên đường tối ưu giúp duy trì phép tính trong trường hợp hố thế không dốc. Can lại các Link died!
định theo Gaussian (Default) phố Raman. Ngoài ra còn có lựa chọn tính phd VCD.
ô PHO! HỢP HAI PHẫP TÍNH TỐI UU HểA HèNH HỌC VA TÍNH TẤN SỐ DAO ĐỘNG. Click chọn Opt+Freq trong thanh cuộn, cửa số chuyển thành dạng sau. Các lựa chọn được tích hợp
từ cả hai tác vụ tôi ưu hóa va tính tần số dao động như trên.
ô PHẫP TÍNH PHO CỘNG HUONG TỪ HẠT NHAN Click chọn Opt+Freq trong thanh cuộn, cửa
số chuyển thành dạng sau
`
+ Có bạ phương pháp tính phd NMR là GIAO, CGST, IGAIM. Ta sẽ lựa chọn một trong
các phương pháp này hoặc lựa chọn cả ba loại trong All NMR Method.
SOLVATION PANEL
ô Click chon Solvation panel hộp thoại chuyển thanh dạng sau
=. — ———-7
+ Hộp thoại hiển thị hai lựa chọn là MÔ HÌNH DUNG MÔI (MODEL), cùng với loại DUNG MÔI
(SOLVENT). Gaussian 03W và GaussView 3.08 cung cấp 05 mô hình dung môi và hau
hết các dung môi thông dụng.
+ Việc tiếp cận các mô hinh dung môi sẽ tốn rất nhiều thời gian bởi lẽ các mô hình này
ngảy cảng trở nên phức tạp vẻ mặt toán học. Trong mấy năm gần đây hàng loạt các mô hình mới được phát triển và cải tiến liên tục. Có thé tham khảo sâu và cụ thé hơn vấn dé về các mô hình dung môi này.
+ LOL KHUYÊN KHI SỬ DỤNG CÁC MÔ HÌNH DUNG MỐI Các thuộc tinh của hệ thống khảo sát hay nói chung là các mô hình phân tử được dựng trong Gaussian ban đầu được tính
ở trạng thái cô lập. Sau khi các phép tính hoàn thành ta hãy dùng các file out này xây dựng ngược lại một file gif. chính trong file gif này ta sẽ nhúng hệ vào các mô hình
dung môi hay các dung môi khác nhau. Việc này có nhiều cái lợi ma một trong số đó là
thấy được anh hưởng của dung môi đến thuộc tính khảo sắt.
13.3, THIẾT LẬP PHƯƠNG PHÁP TÍNH
+ Việc thiết lập mức lí thuyết can sé nằm trong Method panel. Click chọn panel này hộp
thoại sẽ chuyển sang đạng sau
ô Núi chỳng cỏc thuộc tớnh được tớnh ở trạng thỏi cơ bản (Ground State) là chủ yếu.
Trong phép tính phổ điện tử ta sẽ nói đến phép tính các trạng thái kích thích của hệ điện tử, chăng hạn dùng phương pháp tương tác cau hình CIS. Ta cũng không bàn các phép tinh quá tằm với của máy tính hiện cỏ như ding các ham DUNNING, phép tính
MP4, COUPLE CLUSTER...