oleracea được phân loại theo phân loại bằng cách sử dụng cơ sở dữ liệu không dự phòng vi sinh vật của NCBI (https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/) (truy cập vào ngày 1 tháng 1 năm 2024).
Sau đó, một biểu đồ thang đo chiều không tuyến tính (NMDS) ở cấp ngành được xây dựng để đánh giá xem các quần xã vi sinh vật của các mẫu trong một nhóm duy nhất (ba mẫu cho mỗi nhóm) có liên quan đến nhau hay không và để hình dung mức độ tương đồng tổng thể giữa các nhóm.
Như thể hiện trong Hình 4.2, các mẫu trong một nhóm cụ thể được phân cụm lại với nhau, trong khi có sự phân tách rõ ràng giữa các tập hợp mẫu từ các nhóm khác nhau.
Hình 4.2. Phân tích quy mô đa chiều phi tuyến tính (NMDS) của dữ liệu metagenomic từ lá B. oleracea ở cấp độ ngành. (NMDS1) và (NMDS2) hai trục tọa độ được tạo ra bởi thuật toán NMDS để giảm dữ liệu đa chiều (nhiều loại vi sinh vật khác nhau) thành không gian hai chiều (trên mặt phẳng) dễ hình dung.
Dữ liệu từ Nhóm I đến Nhóm V được trình bày. Biểu đồ NMDS được tạo ra bằng cách sử dụng các hàm ordinate và plot_ordination từ gói phyloseq R (v1.30.0) sử dụng khoảng cách Bray–Curtis.
Cấu trúc quần xã vi sinh vật của lá B. oleracea đã được kiểm tra trong các mẫu độc lập trong mỗi nhóm lá B. oleracea ở các cấp phân loại khác nhau, cụ thể là ở cấp giới, ngành (Hình 4.3) và cấp chi (Hình S1).
Việc phân loại phân loại các chú thích vi sinh vật là nhất quán giữa các mẫu độc lập trong mỗi nhóm lá B. oleracea.
Sự khác biệt giữa các nhóm lá đã được quan sát, không chỉ giữa lá không có triệu chứng và lá có triệu chứng mà còn giữa các lá có triệu chứng. Do đó, các ngành chiếm ưu thế trong nhóm I đến IV có liên quan đến giới Vi khuẩn (ví dụ: Pseudomonadota tiếp theo là Bacillota, Bacteroidota và Actinomycetota) (Hình 4.3).
Tuy nhiên, các ngành chính trong nhóm V có liên quan đến Ascomycota và Basidiomycota (giới Eukaryota) (Hình 4.3).
Để điều tra thêm các hệ vi sinh vật liên quan đến mỗi nhóm lá B. oleracea, các bộ dữ liệu metagenomics từ các mẫu độc lập cho mỗi nhóm (ba mẫu mỗi nhóm) đã được kết hợp thành một bộ dữ liệu duy nhất, ngoại trừ các trình tự chưa được gán.
Hình 4.3. Thành phần phân loại học của cộng đồng vi sinh vật trên lá B. oleracea không có triệu chứng và có triệu chứng. (A) Phân loại phân loại học ở cấp độ giới. (B) Phân loại phân loại học ở cấp độ ngành.
Các chuỗi chưa được phân loại tương ứng với các chuỗi không thể được phân loại ở cấp độ phân loại thấp hơn hoặc được phân loại cho nhiều taxa ở tất cả các cấp độ.
Archaea chiếm 0,02% đến 0,04% trong Nhóm I đến IV và 0,004–0,006% trong Nhóm V (không được mô tả trong hình). Biểu đồ cột biểu diễn thành phần vi sinh vật của Nhóm I đến V: Nhóm I, lá không có triệu chứng; Nhóm II, lá có triệu chứng nhẹ;
Nhóm III, lá có triệu chứng nặng; Nhóm IV, tổn thương hoại tử ở mép lá, vùng trung tâm-cuống; và Nhóm V, lá có triệu chứng nặng. Các ngành có độ phong phú thấp (<1%) được hiển thị được nhóm lại thành một phân đoạn duy nhất.
Hình ảnh hóa Krona đã được sử dụng để điều tra chi tiết hơn về độ phong phú tương đối của các đơn vị phân loại vi sinh vật trong một nhóm nhất định và sự khác biệt giữa các nhóm lá B. oleracea. Krona sử dụng màn hình hiển thị lấp đầy không gian xuyên tâm để hiển thị hệ thống phân cấp và độ phong phú đồng thời, do đó cho
phép khám phá trực quan về độ phong phú tương đối trong hệ thống phân cấp của các phân loại phân loại.
Các biểu đồ Krona cho mỗi nhóm lá ở cấp ngành được trình bày trong Hình S2 (danh sách các đơn vị phân loại trong mỗi nhóm lá được hiển thị trong Bảng S4).
Như đã quan sát trước, có sự khác biệt quan trọng giữa nhóm I đến IV (giàu các đơn vị phân loại vi khuẩn) và nhóm V (giàu các đơn vị phân loại nấm) ở cấp ngành (Hình S2).
Pseudomonadota là ngành vi khuẩn chiếm ưu thế trong nhóm I, II, III và IV (chiếm lần lượt 87%, 69%, 69% và 55% của tổng số quần xã vi sinh vật), trong khi đóng góp 17% tổng số quần xã vi sinh vật trong Nhóm V (Hình S2).
Đối với quần xã nấm, Ascomycota là ngành phong phú nhất trong nhóm V (77%
tổng số vi sinh vật), trong khi Basidiomycota là ngành nấm chiếm ưu thế trong Nhóm IV (Hình S2).
Để thu thập thêm thông tin chi tiết về hệ vi sinh vật lá của lá B. oleracea, chúng tôi đã kiểm tra các phân loại theo phân loại ở cấp chi trên các nhóm lá khác nhau, như được thảo luận bên dưới.