Đồng bằng Nam Bộ có hệ thống sông kênh rạch lớn nhỏ đan xen, toàn vùng có hai hệ thống sông lớn đó là hệ thống sông Đồng Nai và hệ thống sông Cửu Long, có tổng cộng khoảng 10 cửa sông đổ ra biển Đông. Đây là vùng có tiềm năng phát triển kinh tế, bảo tồn đa dạng sinh học. Nhưng hiện nay cùng với sự phát triển của xã hội thì các nguồn thải sinh hoạt, công nghiệp, chất thải rắn đô thị, công nghiệp, chất thải nguy hại đã và đang đe dọa nghiêm trọng đến chất lượng nước cửa sông.
Từ thực tế đó, việc nghiên cứu, khảo sát chất lượng nước các cửa sông trở thành nhiệm vụ rất quan trọng và cấp thiết để từ đó có thể xem xét, đánh giá, xác định nguồn ô nhiễm và dự báo mức độ ảnh hưởng của các hoạt động kinh tế - xã hội đến môi trường nước [6].
Sông Đồng Nai ngoài chức năng cơ bản thoát lũ từ thượng nguồn còn có vai trò rất quan trọng trong cấp nước phục vụ thủy điện, các hoạt động kinh tế, xã hội cho toàn khu vực miền Đông Nam Bộ. Tuy nhiên, theo nhiều kết quả nghiên cứu chất lượng nước sông Đồng Nai trong những năm gần đây của UBND tỉnh Đồng
Nai cho thấy tình trạng ô nhiễm của sông ngày càng tăng, đe dọa nghiêm trọng đến khả năng cấp nước phục vụ cho phát triển kinh tế, xã hội [8].
Theo báo cáo qua 2 đợt khảo sát của nhóm nghiên cứu thuộc sở nông nghiệp và phát triển nông thôn tỉnh Bến Tre năm 2015 tại cửa sông Ba Lai thì chất lượng nước mặt tại các điểm thu mẫu nhiệt độ trung bình là 30, giá trị pH trung bình là 7,11-7,4 (± 0,18). Thuộc loại nước trung tính hơi kiềm, nằm trong giới hạn cho phép đối với nguồn nước biển ven bờ cho nuôi trồng thủy sản, bảo tồn thủy sinh theo QCVN 10:2008/BTNMT. Độ mặn vào tháng 6 cao hơn tháng 8. Độ dẫn điện giảm dần khi đi từ cửa biển vào. Lượng oxy hòa tan trong nước đạt tiêu chuẩn nước biển ven bờ cho nuôi trồng thủy sản, bảo tồn thủy sinh (QCVN 10:2008/BTNMT).
Hàm lượng BOD tương đối cao, riêng hàm lượng COD cao hơn gấp 2-3 lần so với QCVN 10:2008/BTNMT. Hàm lượng amoni cao hơn giới hạn cho phép theo QCVN 10:2008/BTNMT. Không có hiện tượng nhiễm bẩn phosphore. Chưa có dấu hiệu ô nhiễm kim loại nặng tại tất cả các điểm khảo sát [8].
Theo Kiều Thanh Mai (2013) trong công trình “Đánh giá chất lượng môi trường nước tại một số cửa sông miền nam Việt Nam”: Kết quả quan trắc của đợt khảo sát chất lượng môi trường nước tháng 8 năm 2012 cho thấy cả 3 cửa sông Định An, Soài Rạp, Cổ Chiên đều có hiện tượng ô nhiễm khi so sánh với QCVN 10:2008/BTNMT ở một số chỉ tiêu như độ đục, DO , COD, NH4+, PO43-. Còn ở một số chỉ tiêu khác như giá trị pH, hàm lượng kim loại nặng đạt tiêu chuẩn cho phép của QCVN 10:2008/BTNMT. Ngoải ra, ba cửa sông đều có nhiệt độ dao động khoảng 28oC, có độ sâu dao động lớn giữa các điểm thu mẫu.
Tuy nhiên việc đánh giá chất lượng nước thông qua phương pháp phân tích các chỉ tiêu thủy lý hóa đang được sử dụng phổ biến còn một số hạn chế như: đây là phương pháp gián tiếp chỉ có thể phản ánh được tình trạng của thủy vực ngay tại thời điểm lấy mẫu, khó có thể dự báo chính xác về các tác động lâu dài của chúng đến khu hệ sinh vật thủy sinh. Bên cạnh đó, việc quan trắc phải được thực hiện với liên tục với tần xuất lớn, gây nhiều tốn kém. Khi kết hợp phân tích các chỉ tiêu thủy lý hóa với phương pháp quan trắc sinh học sẽ khắc phục được hạn chế trên, cho kết quả đánh giá trực tiếp ảnh hưởng của ô nhiễm môi trường nước tới sự tồn tại của
sinh vật thủy sinh. Hiện nay, những nghiên cứu về tảo và vi khuẩn lam không chỉ dừng lại ở mức độ đánh giá về thành phần loài mà còn tập trung nghiên cứu về mối liên hệ giữa các nhóm tảo và chất lượng môi trường nước. Tuy nhiên các nghiên cứu theo hướng trên chưa nhiều, nổi bật nhất là công trình của Lê Thu Hà, Nguyễn Thùy Liên, Bùi Thị Hoa được thực hiện trong năm 2011, 2012 và 2015 với 4 đợt thu mẫu tại 7 cửa sông, mỗi cửa sông có 10 điểm thu mẫu. Các cửa sông đó là cửa Văn Úc (sông Thái Bình), cửa Ba Lạt (sông Hồng), cửa Thuận An (sông Hương), cửa Đại (sông Thu Bồn - Vu Gia), cửa Soài Rạp (sông Đồng Nai), cửa Cổ Chiên (sông Tiền) và cửa Định An (sông Hậu). Số liệu thủy lý hóa cho thấy tất cả các chỉ số đều phù hợp cho đời sống thủy sinh vật, trừ chỉ số DO và COD. Nồng độ muối ở các cửa sông miền Trung và miền Nam cao hơn miền Bắc. Có 5 ngành thực vật nổi đã tìm được ở các cửa sông đó là Bacillariophyta, Chlorophyta, Cyanobacteriophyta, Pyrrophyta và Dinophyta. Tảo Silic (Bacillariophyta) là nhóm ưu thế. Chỉ số đa dạng H’ cao nhất là ở cửa Ba Lạt (3,42) và thấp nhất là ở cửa Soài Rạp (2,85). Chỉ số đa dạng D biến động trong khoảng 1,92 (cửa Soài Rạp) đến 3,17 (cửa Ba Lạt). Kết quả phân tích tương quan 1 biến cho thấy chỉ số H’ tương quan cao nhất với tổng N (R2 = 0,805; p<0,01) và chỉ số D tương quan cao nhất với NO3- (R2 = 0,778; p<0.05) [15].