Trong quá trình vận dụng các phương pháp của hạch toán kế toán nhằm nâng cao hiệu quả cung cấp thông tin cho quá trình quản lý trong các đơn vị sự nghiệp có thu cần phải tuân thủ những nguyên tắc nhất định để phát huy đầy đủ vai trò, chức năng, nhiệm vụ của tổ chức kế toán cũng như yêu cầu của kế toán. Cụ thể:
Phải đảm bảo tuân theo những vấn đề lý luận cơ bản của tổ chức: tính hệ
thống của tổ chức, đối tượng, mục tiêu, chức năng, nhiệm vụ, bộ máy của tổ chức… cần được nghiên cứu đầy đủ trong tổ chức kế toán, không thiên về hình thức hay quy mô một cách không khách quan, hay bất chấp có thành hệ thống hay không thành hệ thống. Do vậy tổ chức kế toán phải mang tính thống nhất trọng hệ thống kế toán giữa đối tượng và phương pháp, hình thức và bộ máy kế toán trong đơn vị. Trong mỗi phần hành cần tổ chức khép kín quy trình kế toán, do đó các phương pháp riêng biệt và mối quan hệ giữa chúng cần được cụ thể hóa cho thích hợp với từng phần hành kế toán.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo tuân thủ các chuẩn mực và chế độ kế toán hiện hành: Để đảm bảo việc kiểm tra, giám sát thông tin kế toán được thống
nhất, tin cậy đối với các đối tượng sử dụng, Nhà nước đã ban hành các chuẩn mực kế toán, các chế độ về kế toán tài chính đòi hỏi các đơn vị phải tuân thủ nghiêm túc. Do vậy, tại mỗi đơn vị sự nghiệp cần nắm vững chế độ, quy định để áp dụng một cách có hiệu quả, vận hành phù hợp với đơn vị mình. Hạch toán kế toán chính là một trong những công cụ hữu hiệu của Nhà nước trong quản lý, điều hành nền kinh tế một cách thống nhất.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo tính nhất quán: về các phương pháp
nghiệp vụ sử dụng trong hạch toán kế toán: Khi tiến hành hạch toán kế toán ta phải thực hiện nhiều phương pháp có tính chất nghiệp vụ gắn liền với từng nội dung kế toán cụ thể như: phương pháp kế toán hàng tồn kho, phương pháp tính giá hàng xuất kho, phương pháp đánh giá sản phẩm dở dang… mỗi đơn vị tùy thuộc vào điều kiện của mình sẽ được lựa chọn để áp dụng cho phù hợp nhưng phải đảm bảo nguyên tắc nhất quán trong kế toán. Như vậy hạch toán kế toán trong đơn vị mới cung cấp được thông tin tin cậy và dễ hiểu đối với đối tượng sử dụng.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo tính thống nhất: giữa kế toán và quản lý,
trong các đơn vị sự nghiệp có thu ngoài bộ phận kế toán còn có các bộ phận khác như: hành chính, vật tư, kỹ thuật, kế hoạch…các bộ phận này có quan hệ mật thiết tạo thành hệ thống quản lý của đơn vị. Là một bộ phận không tách ròi trong hệ thống quản lý đó nên đòi hỏi công tác hạch toán kế toán phải luôn chú ý đến các
mối quan hệ với các bộ phận khác để đảm bảo tính thống nhất nhằm so sánh, đánh giá tình hình thực hiện các chỉ tiêu kế hoạch, đối chiếu kiểm tra số liệu kế toán với các bộ phận khác… Ngoài ra thực hiện tốt nguyên tắc này còn đảm bảo tính thống nhất giữa đơn vị hạch toán kế toán với đơn vị quản lý, thống nhất mô hình tổ chức kế toán với mô hình kinh doanh và tổ chức quản lý.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo nguyên tắc phù hợp: phù hợp với chính sách quản lý kinh tế tài chính, các chế độ, các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành. Mỗi đơn vị đều có những đặc điểm, ngành nghề, điều kiện riêng có do vậy đòi hỏi công tác hạch toán kế toán phải phù hợp với đặc thù đơn vị, không rập khuân máy móc, đảm bảo sự hài hòa thống nhất để có thể phát huy đầy đủ vai trò của kế toán trong hệ thống quản lý của đơn vị. Bên cạnh đó tùy tính phức tạp của đối tượng để tính các bước của quy trình kế toán và chọn hình thức kế toán cho phù hợp, hiệu quả.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo tiết kiệm, hiệu quả: trong việc thực hiện
chức năng thông tin và kiểm tra hoạt động tài chính trên cơ sở tổ chức khoa học, hợp lý và mạnh dạn áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật phục vụ trong hạch toán kế toán. Trong quá trình vận hành phải luôn xem xét mối quan hệ giữa chi phí bỏ ra cũng như công sức của lao động kế toán với kết quả thông tin kế toán phục vụ quản lý. Do đó tổ chức kế toán phải đảm bảo gọn nhẹ, tiết kiệm chi phí đồng thời đảm bảo thông tin đầy đủ, kịp thời chính xác đáp ứng ngày càng cao yêu cầu của công tác quản lý.
Tổ chức kế toán phải đảm bảo nguyên tắc bất kiêm nhiệm: để đảm bảo
an toàn ngân sách Nhà nước và phân công lao động hợp lý. Theo đó tổ chức kế toán trong các đơn vị phải tách rời chức năng thực hiện thu và thực hiện chi, không để một cán bộ thực hiện hai chức năng này. Đây cũng chính là cơ sở để tạo ra sự kiểm soát lẫn nhau giữa các cán bộ kế toán.