Chương 3. KẾT QUẢ - THẢO LUẬN
3.3 Giải trình tự và phân tích trình tự các đoạn mã vạch ADN
3.3.1 Kết quả giải trình tự
Các đoạn mã vạch ADN của 15 cá thể thuộc 5 loài Trà hoa vàng bao gồm matK, rbcL, trnH-psbA, ycf1b và ITS2 sau khi giải trình tự có chiều dài lần lượt là 945-951, 599, 502-510, 750-762 và 397-399bp. Phần lớn các đoạn đều có độ dài biến đổi giữa các loài, trong khi đó các cá thể trong cùng một loài có độ dài và trình tự các đoạn mã vạch tương ứng giống hệt nhau. Đoạn matK là đoạn có độ dài lớn nhất (945- 951bp) với số nu bảo thủ lên tới 950, 6 nu thêm/mất đi và duy nhất một vị trí biến đổi, tuy nhiên vị trí đó không mang thông tin. Hai đoạn mã vạch cũng không có vị trí mang thông tin đó là rbcL và ycf1b với độ dài lần lượt 599 và 750-762bp. Đoạn rbcL chỉ có 1 vị trí biến đổi mà không có nu nào thêm/mất đi, trong khi đó đoạn ycf1b có 2 vị trí biến đổi với 12 nu thêm/mất đi. Đoạn trnH-psbA và ITS2 là hai đoạn có vị trí mang thông tin trong số 5 đoạn mã vạch ADN, lần lượt là 1 và 2 nu. Đây là hai đoạn có độ dài trung bình (502-510bp đối với trnH-psbA và 397-399bp đối với ITS2) nhưng lại là hai đoạn có số nu thêm/mất đi nhiều nhất (lần lượt là 14 và 26 nu) (Bảng 3.3)
Bảng 3.3. Đánh giá trình tự các đoạn mã vạch thu được Các đoạn mã vạch ADN matK rbcL trnH-
psbA ycf1b ITS2
Số lượng cá thể 15 15 15 15 15
Tỷ lệ PCR thành công (%) 100 100 100 100 100
Tỷ lệ giải trình tự
thành công (%) 100 100 100 100 100
Độ dài trình tự 945 - 951 599 502 - 510 750 - 762 397 - 399
Độ dài so sánh 951 599 510 762 408
Số vị trí thay thế 1 1 1 2 4
Số vị trí bảo thủ 950 598 508 760 404
Số nucleotide thêm/mất đi 6 0 14 12 26
Số vị trí mang thông tin 0 0 1 0 2
34
Có thể thấy ở đối tượng trà hoa vàng, việc nhân bản các đoạn mã vạch kể trên không gặp nhiều khó khăn, tỷ lệ nhân bản thành công là 100% ở các loài. Một trong số những nguyên nhân thấy được đó là do mức độ đa hình ở các đoạn trình tự giữa các loài là không cao, do vậy có thể dễ dàng nhân lên chỉ với một cặp mồi đặc hiệu.
Kết quả phân tích trình tự đã cho thấy tỷ lệ số vị trí biến đổi là rất thấp (0,1 - 1%), tương ứng với việc các vị trí bảo thủ chiếm tỷ lệ rất cao ở các trình tự. Điều này dẫn đến tỷ lệ các vị trí mang thông tin ở các đoạn mã vạch là không đáng kể, chỉ 0,2% và 0,5% lần lượt đối với hai đoạn trnH-psbA và ITS2, và 0% đối với ba đoạn còn lại rbcL, matK, ycf1b. Kết quả này cho thấy trình tự các đoạn mã vạch nghiên cứu có mức độ tương đồng rất cao ở các loài trà hoa vàng trong nghiên cứu này.
Kết quả phân tích cụ thể từng trình tự mã vạch được trình bày dưới đây. Mỗi loài trà hoa vàng được làm 3 mẫu với 3 lần thí nghiệm độc lập, kết quả nhận được và phân tích bằng phần mềm tin sinh cho thấy các đoạn tương ứng của 3 mẫu trong cùng một loài trà có trình tự tương đồng với nhau 100%, do vậy dưới đây chỉ lấy đại diện một trong ba đoạn để so sánh và xây dựng cây phân loại sinh học. Trình tự các đoạn mã vạch tham khảo ở phần phụ lục.
Kết quả phân tích trình tự gen matK
Trình tự các đoạn matK thu được từ các loài trà hoa vàng nghiên cứu có độ dài 945-951bp. So sánh trình tự này với nhau và so với trình tự loài Camellia sinensis (KJ806281.1) trên Ngân hàng gen quốc tế NCBI [103] thu được kết quả như sau:
Bảng 3.4. So sánh trình tự đoạn matK giữa các loài Trà hoa vàng
mT90-Camellia-crassiphylla GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC mT88-Camellia-tienii GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC mT89-Camellia-hakodae GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC mT91-Camellia-tamdaoensis GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC Camellia-sinensis GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC mT92-Camellia-petelotii GTTTATATGGATCCTTCCTGGTTGAGACCACATGTAAAAATAACATTGCCAGAAATTGAC ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT mT88-Camellia-tienii AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT mT89-Camellia-hakodae AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT mT91-Camellia-tamdaoensis AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT Camellia-sinensis AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT mT92-Camellia-petelotii AAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTACCTTTTGAAGCCAAAATGTATTT ************************************************************
35
mT90-Camellia-crassiphylla TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA mT88-Camellia-tienii TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA mT89-Camellia-hakodae TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA mT91-Camellia-tamdaoensis TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA Camellia-sinensis TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA mT92-Camellia-petelotii TCCTTGATACCTAACATAATGAATAAAAGGATCCTTGAACAACCACAGAATGACCTGAAA ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG mT88-Camellia-tienii ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG mT89-Camellia-hakodae ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG mT91-Camellia-tamdaoensis ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG Camellia-sinensis ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG mT92-Camellia-petelotii ATCCTTAGTAAAGACTTCTAAAAAATGTTCTATTTTTCCATAGAAATATCTTCGTTCGAG ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT mT88-Camellia-tienii AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT mT89-Camellia-hakodae AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT mT91-Camellia-tamdaoensis AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT Camellia-sinensis AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT mT92-Camellia-petelotii AAAGGTTCCAGAAGATATTGATCGTAAATGAGAAGATTGCTTGCGGAGAAAAACGAAGAT ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT mT88-Camellia-tienii GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT mT89-Camellia-hakodae GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT mT91-Camellia-tamdaoensis GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT Camellia-sinensis GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT mT92-Camellia-petelotii GGATTCGTATTCACATATATGAAAATTATATAGAAACAAGAATAATCTTTGATTTCTTTT ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG mT88-Camellia-tienii TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG mT89-Camellia-hakodae TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG mT91-Camellia-tamdaoensis TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG Camellia-sinensis TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG mT92-Camellia-petelotii TGAAAAATAAAAACTAGATTTCTTTGGAGTAATAAGACTATTCCAATTCCAATACATATG ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG mT88-Camellia-tienii GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG mT89-Camellia-hakodae GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG mT91-Camellia-tamdaoensis GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG Camellia-sinensis GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG mT92-Camellia-petelotii GAGAAAGAATCGTAATAAATACAAAGAAGAGGCATCTTTTACCCAGTAACGAAGAGTTTG ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGAGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG mT88-Camellia-tienii AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGGGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG mT89-Camellia-hakodae AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGGGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG mT91-Camellia-tamdaoensis AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGGGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG Camellia-sinensis AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGGGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG mT92-Camellia-petelotii AACCGAGATTTCCAGATGGATGGAGTGGGGTATTAGTATATCTAACACATAATTTAGATG *************************** ********************************
mT90-Camellia-crassiphylla TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT mT88-Camellia-tienii TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT mT89-Camellia-hakodae TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT mT91-Camellia-tamdaoensis TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT Camellia-sinensis TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT mT92-Camellia-petelotii TGAAAATTTGTCCTCTAAAAAAGGAAATATTGAATGAATTGATCGTAAATTTTGAGATTT ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA mT88-Camellia-tienii CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA mT89-Camellia-hakodae CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA mT91-Camellia-tamdaoensis CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA Camellia-sinensis CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA mT92-Camellia-petelotii CACTATTTCTTTACCTTCTAGGGAAAATAGAGAAAATGGAATTTCCACAACGGCTACAAA ************************************************************
36
mT90-Camellia-crassiphylla TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAATTCGTGTTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT mT88-Camellia-tienii TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAATTCGTGTTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT mT89-Camellia-hakodae TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAATTCGTGTTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT mT91-Camellia-tamdaoensis TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAATTCGTGTTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT Camellia-sinensis TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAATTCGTGTTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT mT92-Camellia-petelotii TCCTTCTAATATCATTTGAGAATACAAA---TTGTGCCCAAAAAATGGATTTTGGTT **************************** **************************
mT90-Camellia-crassiphylla AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT mT88-Camellia-tienii AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT mT89-Camellia-hakodae AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT mT91-Camellia-tamdaoensis AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT Camellia-sinensis AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT mT92-Camellia-petelotii AGAATCATTAGCAGAAAAAAGAAAATGATTCTGTTGATACATTTGAGTAATTAAATGTTT ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT mT88-Camellia-tienii CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT mT89-Camellia-hakodae CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT mT91-Camellia-tamdaoensis CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT Camellia-sinensis CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT mT92-Camellia-petelotii CACAATTAGTAAGCTGAATTTATTGTCATAACCTATATTTTCCAAAAAAATCGATCTAGT ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA mT88-Camellia-tienii TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA mT89-Camellia-hakodae TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA mT91-Camellia-tamdaoensis TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA Camellia-sinensis TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA mT92-Camellia-petelotii TAAACCATGATCATGAGCAAGTGCATAAATATACTCCTGAAAGATAAGTGGATATACGAA ************************************************************
mT90-Camellia-crassiphylla GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT mT88-Camellia-tienii GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT mT89-Camellia-hakodae GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT mT91-Camellia-tamdaoensis GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT Camellia-sinensis GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT mT92-Camellia-petelotii GTCGTGTTGCTGAGATCTATCTAGTTCTAAATATCTTTTGAATTCTTCCAT ***************************************************
Bảng 3.5. So sánh trình tự matK giữa các loài Trà hoa vàng nghiên cứu
mT88 mT89 mT90 mT91 mT92
mT88 100%
mT89 100% 100%
mT90 99,89% 99,89% 100%
mT91 100% 100% 99,89% 100%
mT92 99,37% 99,37% 99,26% 99,37% 100%
Camellia sinensis 100% 100% 99,89% 100% 99,37%
Kết quả so sánh trình tự đoạn gen matK giữa các loài Trà hoa vàng ở VQG Tam Đảo cho thấy không có sự khác biệt lớn. So sánh trình tự đoạn mã vạch ADN matK ở ba loài Hải đường vàng (mT88), Trà vàng Hakoda (mT89), Trà vàng Tam
37
Đảo (mT91) cho thấy không có sự khác biệt giữa ba loài này. Tỷ lệ tương đồng của 3 loài trà hoa vàng nói trên so với trình tự matK loài trà xanh Camellia sinensiscông bố trên ngân hàng gen NCBI là 100%. Cùng với đó, tỷ lệ tương đồng của loài Trà vàng lá dày (mT90) là 99,89%, loài Trà vàng Petelo (mT92) là 99,37%.
Dựa trên trình tự của đoạn gen matK đã tìm được ở các loài trà hoa vàng, cây phân loại sinh học được xây dựng thể hiện mối quan hệ di truyền giữa các loài trà hoa vàng ở VQG Tam Đảo và với các loài khác đã được công bố trình tự đoạn gen matK trên Ngân hàng gen quốc tế NCBI.
Bảng 3.6. Mức độ tương đồng đoạn matK các loài Trà nghiên cứu với một số loài khác
STT Tên loài T88 T89 T90 T91 T92
1. Camellia sinensis var. sinensis 100% 100% 99,89% 100% 99,37%
2. Camellia leptophylla 100% 100% 99,89% 100% 99,37%
3. Camellia crapnelliana 100% 100% 99,89% 100% 99,37%
4. Camellia oleifera 99,89% 99,89% 99,79% 99,89% 99,26%
5. Camellia lanceolata 99,89% 99,89% 99,79% 99,89% 99,26%
6. Camellia impressinervis 99,89% 99,89% 99,79% 99,89% 99,26%
7. Camellia yunnanensis 99,79% 99,79% 99,68% 99,79% 99,16%
8. Camellia taliensis 99,79% 99,79% 99,68% 99,79% 99,26%
9. Camellia sasanqua 99,79% 99,79% 99,68% 99,79% 99,26%
10. Camellia reticulata 99,79% 99,79% 99,68% 99,79% 99,26%
11. Camellia japonica 99,79% 99,79% 99,68% 99,79% 99,26%
12. Camellia cuspidata 99,68% 99,68% 99,58% 99,68% 99,05%
13. Stewartia ovata 94,65% 94,65% 94,55% 94,65% 94,13%
14. Hartia villosa 94,65% 94,65% 94,55% 94,65% 94,03%
15. Diospyros morrisiana 92,81% 92,81% 92,7% 92,81% 92,29%
16. Maba magnifolia 92,6% 92,6% 92,5% 92,6% 92,08%
17. Actinidia chinensis 91,67% 91,67% 91,56% 91,67% 91,14%
18. Symplocos retusa 89,81% 89,81% 89,71% 89,81% 89,2%
38
Hình 3.3. Cây phân loại sinh học xây dựng dựa trên trình tự đoạn gen matK
39
Kết quả so sánh trình tự và cây phân loại sinh học dựa theo trình tự đoạn gen matK cho thấy trình tự đoạn gen matK có độ tương đồng tương đối lớn giữa các loài trà thuộc chi Camellia (trên 99%), với loài khác chi cùng họ (Stewartia ovata) và một số loài khác họ (Diospyros morrisiana, Actinidia chinensis …) có độ tương đồng thấp hơn tuy nhiên vẫn đạt mức trên 90%. Đặc biệt , trình tự đoạn matK các loài Camellia tienii Ninh, Tr., Camellia hakodae Ninh và Camellia tamdaoensis Hakoda et Ninh có độ tương đồng 100% với trình tự matK hai loài Camellia sinensis var. Sinensis và Camellia leptophylla trên ngân hàng gen quốc tế NCBI. Do đó vị trí phân bậc của các loài trà hoa vàng Tam Đảo được nghiên cứu tương đương nhau trong cây phân loại được lập. Các loài này theo cách phân loại dựa trên sự khác biệt ở trình tự matK có họ hàng gần với một số loài trà như Camellia sinensis var. Sinensis, Camellia leptophylla, Camellia crapnelliana, xa hơn với các loài trà Camellia impressinervis, Camellia yunnanensis, Camellia japonica, Camellia oleifera…
Theo đó có thể thấy mức độ phân biệt loài của đoạn matK đối với các loài trà hoa vàng là không cao, nếu chỉ sử dụng riêng biệt đoạn gen này thì chưa đủ cơ sở để giám định cho các loài trà, do đó cần kết hợp thêm với những chỉ thị phân tử khác để có kết quả đáng tin cậy.
Kết quả phân tích trình tự gen rbcL
Trình tự đoạn mã vạch rbcL thu được từ các loài trà hoa vàng nghiên cứu có độ dài 599bp. Các trình tự này khi so sánh giữa các loài nghiên cứu và với trình tự loài Camellia oleifera (JQ975031.1) trên ngân hàng gen NCBI được trình bày như trong bảng dưới đây:
Bảng 3.7. So sánh trình tự đoạn rbcL giữa các loài Trà hoa vàng
rT88-Camellia-tienii ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC rT89-Camellia-hakodae ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC rT90-Camellia-crassiphylla ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC rT91-Camellia-tamdaoensis ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC rT92-Camellia-petelotii ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC Camellia-oleifera ATGTCACCACAAACAGAGACTAAAGCAAGTGTTGGATTCAAAGCTGGTGTTAAAGATTAC ************************************************************
rT88-Camellia-tienii AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC rT89-Camellia-hakodae AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC rT90-Camellia-crassiphylla AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC rT91-Camellia-tamdaoensis AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC
40
rT92-Camellia-petelotii AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC Camellia-oleifera AAATTGACTTATTATACTCCTGACTATGAAACCAAAGATACTGATATCTTGGCAGCATTC ************************************************************
rT88-Camellia-tienii CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA rT89-Camellia-hakodae CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA rT90-Camellia-crassiphylla CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA rT91-Camellia-tamdaoensis CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA rT92-Camellia-petelotii CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA Camellia-oleifera CGAGTAACTCCGCAACCTGGAGTTCCACCTGAAGAAGCAGGGGCCGCGGTAGCTGCCGAA ************************************************************
rT88-Camellia-tienii TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC rT89-Camellia-hakodae TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC rT90-Camellia-crassiphylla TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC rT91-Camellia-tamdaoensis TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC rT92-Camellia-petelotii TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC Camellia-oleifera TCTTCTACTGGTACATGGACAACTGTGTGGACCGATGGACTTACTAGCCTTGATCGTTAC ************************************************************
rT88-Camellia-tienii AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT rT89-Camellia-hakodae AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT rT90-Camellia-crassiphylla AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT rT91-Camellia-tamdaoensis AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT rT92-Camellia-petelotii AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT Camellia-oleifera AAAGGGCGATGCTACCACATCGAGCCCGTTGCTGGAGAAGAAAGTCAATTTATTGCTTAT ************************************************************
rT88-Camellia-tienii GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT rT89-Camellia-hakodae GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT rT90-Camellia-crassiphylla GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT rT91-Camellia-tamdaoensis GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT rT92-Camellia-petelotii GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT Camellia-oleifera GTAGCGTATCCTTTAGACCTTTTTGAAGAAGGTTCTGTTACTAACATGTTTACTTCCATT ************************************************************
rT88-Camellia-tienii GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC rT89-Camellia-hakodae GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC rT90-Camellia-crassiphylla GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC rT91-Camellia-tamdaoensis GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC rT92-Camellia-petelotii GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC Camellia-oleifera GTGGGTAATGTATTTGGGTTCAAAGCCCTGCGCGCTCTACGTCTGGAAGATCTGCGAATC ************************************************************
rT88-Camellia-tienii CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT rT89-Camellia-hakodae CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT rT90-Camellia-crassiphylla CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT rT91-Camellia-tamdaoensis CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT rT92-Camellia-petelotii CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT Camellia-oleifera CCTACTGCGTATGTTAAAACTTTCCAAGGACCGCCTCATGGCATCCAAGTTGAAAGAGAT ************************************************************
rT88-Camellia-tienii AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA rT89-Camellia-hakodae AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA rT90-Camellia-crassiphylla AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA rT91-Camellia-tamdaoensis AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA rT92-Camellia-petelotii AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA Camellia-oleifera AAATTGAACAAGTATGGTCGTCCCCTGTTGGGATGTACTATTAAACCTAAATTGGGGTTA ************************************************************
rT88-Camellia-tienii TCTGCCAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC rT89-Camellia-hakodae TCTGCTAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC rT90-Camellia-crassiphylla TCTGCTAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC rT91-Camellia-tamdaoensis TCTGCTAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC rT92-Camellia-petelotii TCTGCTAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC Camellia-oleifera TCTGCTAAAAACTACGGAAGAGCAGTTTATGAATGTCTCCGCGGTGGACTTGATTTTAC ***** *****************************************************
So sánh trình tự rbcL của cả năm loài với nhau và so với trình tự trên Ngân hàng gen quốc tế NCBI loài Camellia oleifera cho thấy không có sự khác biệt lớn
41
(chỉ sai khác 1 nucleotide ở loài Hải đường vàng Camellia tienii so với các loài còn lại). 4 loài trà hoa vàng còn lại có trình tự rbcL giống hệt nhau và giống với trình tự loài Camellia oleifera trên NCBI.
Bảng 3.8. So sánh trình tự rbcL giữa các loài Trà hoa vàng nghiên cứu
rT88 rT89 rT90 rT91 rT92
rT88 100%
rT89 99,83% 100%
rT90 99,83% 100% 100%
rT91 99,83% 100% 100% 100%
rT92 99,83% 100% 100% 100% 100%
Camellia oleifera 99,83% 100% 100% 100% 100%
Bảng 3.9. Mức độ tương đồng đoạn rbcL các loài Trà nghiên cứu với một số loài khác
STT Tên loài T88 T89 T90 T91 T92
1. Camellia taliensis 99,83% 100% 100% 100% 100%
2. Camellia pubicosta 99,83% 100% 100% 100% 100%
3. Camellia oleifera 99,83% 100% 100% 100% 100%
4. Camellia impressinervis 99,83% 100% 100% 100% 100%
5. Camellia cuspidata 99,83% 100% 100% 100% 100%
6. Camellia crapnelliana 99,83% 100% 100% 100% 100%
7. Camellia yunnanensis 99,67% 99,83% 99,83% 99,83% 99,83%
8. Camellia sinensis var. sinensis 99,67% 99,83% 99,83% 99,83% 99,83%
9. Camellia reticulata 99,67% 99,83% 99,83% 99,83% 99,83%
10. Camellia leptophylla 99,67% 99,83% 99,83% 99,83% 99,83%
11. Camellia danzaiensis 99,67% 99,83% 99,83% 99,83% 99,83%
12. Schima superba var. kankoensis 98,67% 98,83% 98,83% 98,83% 98,83%
13. Franklinia alatamaha 98,67% 98,83% 98,83% 98,83% 98,83%
14. Diospyros virginiana 97,83% 98% 98% 98% 98%
15. Actinidia chinensis 97% 97,16% 97,16% 97,16% 97,16%
42
16. Panax ginseng cultivar 96,33% 96,5% 96,5% 96,5% 96,5%
17. Nelumbo nucifera 95,32% 95,5% 95,5% 95,5% 95,5%
18. Tobacco (N.acuminata) 95,17% 95,33% 95,33% 95,33% 95,33%
Tương tự như đoạn gen matK, trình tự đoạn rbcL có độ tương đồng cao giữa các loài trà (cùng chi Camellia) với mức độ tương đồng xấp xỉ 100%. Với các loài khác chi cùng họ như Schima superba var. Kankoensis, Franklinia alatamaha … trình tự có sự sai khác nhiều hơn, tuy nhiên mức độ tương đồng vẫn ở mức cao trên 98%.
Một số loài khác họ được sử dụng để lập cây phân loại sinh học cũng có trình tự đoạn rbcL tương đồng trên 95% với trình tự các loài trà kiểm tra. Mức độ tương đồng cao với các loài khác chi, khác họ cùng với sự sai khác rất ít (chỉ 1 nucleotide sai khác) giữa các loài trà hoa vàng cho thấy trình tự đoạn rbcL có khả năng giám định không tốt trên các đối tượng trà nghiên cứu. Thực tế các nghiên cứu trước cũng đã cho thấy trình tự rbcL tuy được sử dụng rất phổ biến là một mã vạch điển hình ở thực vật nhưng mức độ phân biệt lại không cao, thường được sử dụng kết hợp với đoạn trình tự matK như một cặp mã vạch cốt lõi dùng để phân biệt các loài [29]. Do có trình tự tương đồng 100%, các loài trà vàng Hakoda Camellia hakodae Ninh, trà vàng lá dày Camellia crassiphylla Ninh et Hakoda, trà vàng Tam Đảo Camellia tamdaoensis Hakoda et Ninh và trà vàng Petelo Camellia petelotii (Merr.) Sealy có vị trí phân loại tương đương nhau trên cây phân loại và tương đương với các loài Camellia crapnelliana, Camellia oleifera… Mức độ tương đồng cao trên 99% của trình tự rbcL ở các loài trà cho thấy đoạn trình tự này rất bảo thủ không chỉ trên đối tượng trà hoa vàng mà còn ở các loài trà khác thuộc chi Camellia nói chung. Tuy nhiên khi mục đích sử dụng không yêu cầu phân loại đến mức độ loài, trình tự matK vầ rbcL thu được là sự lựa chọn phù hợp để giám định do tương đối dễ nhân bản và giải trình tự.
43
Hình 3.4. Cây phân loại sinh học xây dựng dựa trên trình tự đoạn gen rbcL
44
Kết quả phân tích trình tự đoạn trnH-psbA
Trình tự trnH-psbA thu được ở các loài trà hoa vàng ở VQG Tam Đảo có độ dài 502-510bp. Các trình tự này cũng được so sánh với trình tự tương ứng trên loài trà Camellia oleifera (JQ975031.1) trên ngân hàng Gen NCBI:
Bảng 3.10. So sánh trình tự đoạn trnH-psbA giữa các loài Trà hoa vàng
Camellia-oleifera CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC tpT88-Camellia-tienii CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC tpT89-Camellia-hakodae CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC tpT90-Camellia-crassiphylla CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC tpT91-Camellia-tamdaoensis CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC tpT92-Camellia-petelotii CGCGCATGGTGGATTCACAATCCACTGCCTTAATCCACTTGGCTACATCCGCCCCCTTAC ************************************************************
Camellia-oleifera TCCACTATTTCAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATAATTATTTCTTTC tpT88-Camellia-tienii TCCACTATTTAAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATGATTATTTCTTTC tpT89-Camellia-hakodae TCCACTATTTAAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATGATTATTTCTTTC tpT90-Camellia-crassiphylla TCCACTATTTAAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATGATTATTTCTTTC tpT91-Camellia-tamdaoensis TCCACTATTTAAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATGATTATTTCTTTC tpT92-Camellia-petelotii TCCACTATTTAAATTATAAAATAAAGAATTAAAATTCAACCATTCATGATTATTTCTTTC ********** ************************************ ************
Camellia-oleifera TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTCAAAATTTTATCTTTTATTTTA tpT88-Camellia-tienii TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTCAAAATTTTATCTTTTATTTTA tpT89-Camellia-hakodae TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTCAAAATTTTATCTTTTATTTTA tpT90-Camellia-crassiphylla TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTAAAAATTTTATCTTTTATTTTA tpT91-Camellia-tamdaoensis TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTAAAAATTTTATCTTTTATTTTA tpT92-Camellia-petelotii TTCTCTTATTTTTGAGATACAAATAGTAAGCAAAAATTAAAAATTTTATCTTTTATTTTA ************************************** *********************
Camellia-oleifera AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA tpT88-Camellia-tienii AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA tpT89-Camellia-hakodae AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA tpT90-Camellia-crassiphylla AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA tpT91-Camellia-tamdaoensis AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA tpT92-Camellia-petelotii AATGGAAAATAACAATTTCACAAAGGTATATAAATTCTAAATTAATACATAACAAAAAGA ************************************************************
Camellia-oleifera CGATACTCAATGATGAACC---AACCCATAAAAATCCTTTTCTTTTTACCCATACG tpT88-Camellia-tienii CGATACTCAATGATGAACC---AACCCATAAAAATCCTTTTCTTTTTACCCATACG tpT89-Camellia-hakodae CGATACTCAATGATGAACCAACCCATAACCCATAAAAATCCTTTTCTTTTTACCCATACG tpT90-Camellia-crassiphylla CGATACTCAATGATGAACCAACCCATAACCCATAAAAATC---CTTTTTACCCATACG tpT91-Camellia-tamdaoensis CGATACTCAATGATGAACCAACCCATAACCCATAAAAATC---CTTTTTACCCATACG tpT92-Camellia-petelotii CGATACTCAATGATGAACCAACCCATAACCCATAAAAATCCTTTTCTTTTTACCCATACG ******************* ************** ***************
Camellia-oleifera AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGT--AAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA tpT88-Camellia-tienii AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGT-AAAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA tpT89-Camellia-hakodae AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGT-AAAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA tpT90-Camellia-crassiphylla AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGT-AAAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA tpT91-Camellia-tamdaoensis AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGT-AAAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA tpT92-Camellia-petelotii AATCTTTTTCTTGTAACGAAAAAAGGATATGTAAAAAAAAAAAAAGTAAAGGAACAATAA ******************************** **************************
Camellia-oleifera CGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGCTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC tpT88-Camellia-tienii TGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGTTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC tpT89-Camellia-hakodae TGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGTTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC tpT90-Camellia-crassiphylla TGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGTTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC tpT91-Camellia-tamdaoensis TGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGTTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC tpT92-Camellia-petelotii TGCCTTCCTGATAGAACAAGAAATTGGTTATTGTTCCTTTACTTTTAAAAACGAGTATAC ******************************** **************************
Camellia-oleifera ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG tpT88-Camellia-tienii ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG tpT89-Camellia-hakodae ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG
45
tpT90-Camellia-crassiphylla ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG tpT91-Camellia-tamdaoensis ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG tpT92-Camellia-petelotii ACTAAGACCAAAGTCTTATCCATTTGTAGATGGAGCTTCAATAGCAGCTAGGTCTAGAGG ************************************************************
Camellia-oleifera AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC tpT88-Camellia-tienii AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC tpT89-Camellia-hakodae AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC tpT90-Camellia-crassiphylla AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC tpT91-Camellia-tamdaoensis AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC tpT92-Camellia-petelotii AAAGTTATGAGCATTACGTTCATGCATAAC ******************************
Kết quả phân tích so sánh cho thấy đoạn trnH-psbA ở giữa các loài Trà hoa vàng có sự sai khác tương đối lớn. Độ dài các đoạn trnH-psbA ở các loài Camellia tienii, Camellia hakodae, Camellia crassiphylla, Camellia tamdaoensis và Camellia petelotii lần lượt là 502, 509, 504, 504 và 510bp, trong đó Camellia crassiphylla và Camellia tamdaoensis là hai loài có trình tự trnH-psbA khác biệt nhất so với các loài khác và so với loài Camellia oleifera trên ngân hàng gen NCBI. Độ sai khác về trình tự giữa các loài được trình bày như trong bảng sau:
Bảng 3.11. So sánh trình tự trnH-psbA giữa các loài Trà hoa vàng nghiên cứu tpT88 tpT89 tpT90 tpT91 tpT92
tpT88 100%
tpT89 98,62% 100%
tpT90 98% 98,82% 100%
tpT91 98% 98,82% 100% 100%
tpT92 98,23% 99,6% 98,82% 98,82% 100%
Camellia oleifera 99% 97,64% 97% 97% 97,25%
Có thể thấy trình tự đoạn trnH-psbA đã mang lại kết quả khả quan hơn so với hai trình tự trnH-psbA khi có vị trí mang thông tin mặc dù không nhiều (1 vị trí). Tỷ lệ khác biệt giữa các trình tự cũng tăng lên từ 0 - 2% giữa các loài (đã có sự thay đổi đáng kể so với đoạn rbcL có tỷ lệ khác biệt giữa các loài 0 – 0,17%, đoạn matK từ 0 – 0,74%). Điều này thể hiện rõ hơn khi tiếp tục so sánh trình tự các loài trà hoa vàng nghiên cứu với các loài khác trên ngân hàng gen quốc tế.
46
Bảng 3.12. Mức độ tương đồng đoạn trnH-psbA các loài Trà nghiên cứu với một số loài khác
STT Tên loài T88 T89 T90 T91 T92
1. Camellia oleifera 99% 97,64% 97,02% 97,02% 97,26%
2. Camellia yunnanensis 98,04% 99,41% 98,24% 98,24% 99,41%
3. Camellia sinensis var. sinensis 98,04% 99,41% 98,24% 98,24% 99,41%
4. Camellia reticulata 98,04% 99,41% 98,24% 98,24% 99,41%
5. Camellia leptophylla 98,04% 99,41% 98,24% 98,24% 99,41%
6. Camellia pitardii 98,04% 99,41% 98,23% 98,23% 99,02%
7. Camellia danzaiensis 98,04% 99,41% 98,23% 98,23% 99,02%
8. Camellia crapnelliana 98,04% 99,41% 98,23% 98,23% 99,02%
9. Camellia tonkinensis 97,84% 99,22% 98,04% 98,04% 99,22%
10. Camellia taliensis 97,84% 99,22% 98,04% 98,04% 99,22%
11. Camellia pubicosta 97,85% 99,21% 98,04% 98,04% 99,22%
12. Camellia cuspidata 97,84% 99,22% 98,04% 98,04% 99,22%
13. Camellia impressinervis 97,65% 99,02% 97,85% 97,85% 99,02%
14. Stewartia sinensis 93,35% 94,72% 93,74% 93,74% 94,34%
15. Actinidia chinensis 87,67% 86,49% 86,16% 86,16% 86,29%
16. Bruinsmia polysperma 79,86% 81,09% 80,56% 80,56% 81,44%
17. Swida controversa 78,5% 77,65% 77,82% 77,82% 77,7%
18. Diplopanax stachyanthus 78,4% 77,39% 77,6% 77,6% 77,43%
Khác với hai trình tự matK và rbcL ở trên, đoạn trình tự trnH-psbA có sự sai khác tương đối lớn giữa các loài Trà hoa vàng – độ tương đồng dưới 99% (trừ trường hợp tpT90 Camellia crassiphylla Ninh et Hakoda và tpT91 Camellia tamdaoensis Hakoda et Ninh tương đồng 100%). Tương tự các loài cùng họ và khác họ cũng có độ sai khác trong trình tự lớn hơn so với hai đoạn gen matK và rbcL. Sự sai khác tương đối lớn giữa các loài trong cùng chi Camellia nói chung và các loài Trà hoa vàng nghiên cứu nói riêng cho thấy đoạn trình tự trnH-psbA là dấu chuẩn tiềm năng cho việc phân biệt các loài trà hoa vàng sử dụng mã vạch ADN. Cây phân loại được