khi chuyển từ cấu trúc α sang β.
Năng lượng chuyển đổi từ cấu trúc α sang β được tính theo công thức ΔΔG =ΔΔGβ-coil + ΔΔGcoil-α. Sự thay đổi năng lượng tự do từ trạng thái β sang cấu trúc ngẫu nhiên coil ΔΔGβ-coil, được tính bởi cơng thức: ΔΔGβ-coil = 13.64(Pβwt - Pβmut), trong đó Pβwt và Pβmut là xu hướng tạo β của acid amin của thể tự nhiên và đột biến được tính tại điểm gây đột biến; 13.64 là hệ số chuyển đổi đơn vị sang kJ/mol. Giá trị Pβ của 20 aa được sử dụng từ nghiên cứu thực nghiệm trước đây
tai lieu, luan van28 of 98.
29
của Mayo và cộng sự. Sự thay đổi năng lượng từ trạng thái coil sang xoắn α, ΔΔGcoil-α, được tính bằng cơng thức ΔΔGcoil-α = RTln(Pαwt/Pαmut), trong đó Pαwt và Pαmut là tỉ lệ xoắn α của chuỗi peptide thể tự nhiên và đột biến được tính tại điểm gây đột biến, R=0.008314 kJmol-1
K-1 là hằng số khí. Tỉ lệ thành phần α được tính bằng phần mềm AGADIR.
Hệ số tương quan giữa ΔΔG và vận tốc tạo sợi không cao (R=0.40), điều này củng cố thêm sự ảnh hưởng của thành phần β đến tốc độ tạo sợi. Hạn chế của các đột biến trong tập dữ liệu là tổng điện tích khi có đột biến khơng thay đổi so với thể tự nhiên, Chiti và Dobson trong nghiên cứu của mình đã chọn 15 chuỗi từ các protein khác nhau có điện tích thay đổi dưới ảnh hưởng của đột biến và thu được hệ số tương quan giữa κ và ΔΔG tương đối cao, R=0.71. Chúng tơi tính tốn lại tập dữ liệu của Chiti với toàn bộ 27 protein bao gồm cả các protein khơng thay đổi điện tích khi có đột biến. Kết quả cho thấy khơng có sự tương quan giữa ΔΔG và vận tốc tạo sợi, hệ số tương quan R=0.41, kết quả này tương đương khi sử dụng tập dữ liệu trong nghiên cứu của chúng tôi (R=0.40).