Trong công cuộc cải cách hành chính thuế, quản lý thuế bằng công cụ tin học được đặt ra như một tất yếu và đây là một bước đột phá lớn của ngành thuế. Hiện nay, toàn ngành có hơn 5.500 cán bộ tin học trong đó có hơn 150 cán bộ chuyên tin có khả năng tiếp nhận công nghệ thông tin để triển khai thực hiện thuế có hiệu quả ở các địa phương. Ngành thuế đã thực hiện nối mạng nội bộ ở tất cả 61 tỉnh, thành và hơn 50 chi cục thuế lớn trong cả nước với hơn 4.050 máy tính và hơn 100 máy chủ tạo nên một mạng lưới thông tin thống nhất ở các tỉnh. Các chương trình phần mềm được tổng cục thuế thống nhất triển khai chính xác, an toàn và hiệu quả. Các chương trình quản lý mã số thuế, quản lý thuế, quản lý ấn chỉ hai cấp cục và chi cục…. Để có thể phát huy những kết quả đã đạt được và khắc phục những tồn tại của công tác công nghệ tin học nhằm đáp ứng yêu cầu của công tác quản lý thuế cần phải quan tâm đến các vấn đề sau:
Thứ nhất, ưu tiên đầu tư và phát triển các hệ thống thông tin phục vụ chuyên ngành như các chương trình quản lý mã số đối tượng nộp thuế, quản lý hoá đơn, tính thuế, lập bộ và theo dõi nợ đọng, quyết toán thuế.
Thứ hai, ưu tiên cung cấp trang thiết bị cho các địa phương có địa giới hành chính rộng, có số thu lớn nhằm giảm bớt công việc thủ công, phát triển tin học một cách đồng bộ đến tất cả các địa phương, xây dựng hệ cơ sở dữ liệu đồng nhất, phát triển chương trình ứng dụng, từng bước phát huy hiệu quả hệ thống mạng máy tính ở từng cục thuế, chi cục thuế.
Thứ ba, cần chú trọng đến công tác đào tạo cán bộ tin học, phải tiến hành đào tạo thường xuyên và chất lượng đào tạo phải đặt lên hàng đầu nên đào tạo theo nhiều trình độ khác nhau như đào tạo các cán bộ theo trình độ cao để có thể quản lý các dự án tin học lớn trong ngành đạo tạo các cán bộ quản lý và triển khai ứng dụng, đạo tạo các cán bộ sử dụng chương trình ứng dụng cho các cán bộ không chuyên hiện đang làm việc ở các phòng ban khác. Thứ tư, thực hiện nối mạng giữa cơ quan thuế với đối tượng nộp thuế và các cơ quan quản lý chức năng khác để luôn có đầy đủ những thông tin và dữ liệu cần thiết giữa chủ thể quản lý và đối tượng bị quản lý phục vụ cho công tác quản lý thuế.