Năm 2008 kết thúc với nhiều biến động phức tạp, khó lường và được đánh giá là một năm đặc biệt khó khăn đối với kinh tế thế giới nói chung và kinh tế Việt Nam nói riêng. Xuất phát từ những bất ổn của thị trường nhà ở và hoạt động cho vay dưới chuẩn, hàng loạt các ngân hàng và các tập đoàn lớn của Hoa Kỳ rơi vào tình trạng mất khả năng thanh toán và phá sản. Khủng hoảng tài chính bắt đầu tại Hoa Kỳ, lan rộng sang khu vực Châu Âu rồi ảnh hưởng đến toàn thế giới.
Việt Nam tuy chưa hội nhập sâu rộng vào nền kinh tế thế giới nhưng thị trường trong nước vẫn bị sức ép khá lớn từ cuộc khủng hoảng tài chính thể hiện qua việc sụt giảm nghiêm trọng kim ngạch xuất nhập khẩu, việc giải ngân dòng vốn đầu tư nước ngoài gặp nhiều khó khăn, cán cân thanh toán mất cân đối nghiêm trọng, chỉ số giá tiêu dùng tăng cao, thị trường bất động sản và chứng khoán đóng băng… Trong bối cảnh đó, Chính phủ mà cụ thể là Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã có các giải pháp nhằm kiềm chế lạm phát, kiểm soát thị trường tài chính trong nước như gia tăng tỷ lệ dự trữ bắt buộc, quy định lãi suất trần, buộc các ngân hàng thương mại mua tín phiếu bắt buộc… Tất cả những chính sách này đã đặt các ngân hàng thương mại trong nước vào tình thế hết sức khó khăn khi phải tham gia cuộc đua lãi suất để đảm bảo khả năng thanh khoản, lại vừa phải đối mặt với nguy cơ khủng hoảng nợ xấu do khách hàng mất khả năng thanh toán…
Trong tình hình đó, việc thực hiện kế hoạch kinh doanh của Ngân hàng TMCP Nam Việt đã bị ảnh hưởng nghiêm trọng bởi những khó khăn chung của nền kinh tế. Thật vậy, trong năm 2008, Ngân hàng TMCP Nam Việt đã phải tạm gác mục tiêu tăng trưởng nhanh để tập trung cho nhiệm vụ quan trọng hàng đầu là vượt qua khủng hoảng, duy trì sự ổn định và an toàn trong hoạt động.
Đến năm 2009, nền kinh tế Việt Nam tiếp tục chịu ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu, tình hình kinh tế vẫn còn nhiều khó khăn đã ảnh hưởng đáng kể đến tình hình hoạt động kinh doanh của Ngân hàng. Ngoài ra, với việc không hoàn thành kế hoạch tăng vốn như dự kiến từ 1000 tỷ lên 2000 tỷ cũng đã ảnh hưởng đến việc thực hiện các kế hoạch đã được Đại hội đồng cổ đông năm 2008 thông qua.
Tuy kết quả thực hiện còn khá khiêm tốn nhưng qua kết quả kinh doanh đạt được cho thấy Hội đồng quản trị (HĐQT), Ban điều hành và toàn bộ cán bộ công nhân viên đã cố gắng nỗ lực rất lớn. Thành công lớn nhất của ngân hàng trong năm 2009 là đã vượt qua khủng hoảng để có thể tiếp tục phát triển bền vững trong những năm tiếp theo.
Ngoài ra, trong năm 2009 Ngân hàng đã hoàn tất việc điều chỉnh mạng lưới trên cơ sở nâng cấp 7 phòng giao dịch thành 7 chi nhánh mới và đưa vào hoạt động tại các địa bàn Thừa Thiên Huế, Bình Dương, Đồng Nai, Bà rịa Vũng tàu, Đồng Nai,