Cơ cấu vốn thì chủ yếu là nguồn vốn ngắn hạn nên đã hạn chế cho vay trung và dài hạn. Các DNNVV có lĩnh vực hoạt động rất đa dạng, thông tin về khách hàng còn hạn chế vì vậy làm cho công tác thẩm địmh kém hiệu quả. Bên cạnh đó, quy định về tài sản dảm bảo cũng là một điều kiện khó mà không phải doanh nghiệp nào cũng đáp ứng đựơc.
Công tác Marketing chưa được quan tâm phát triển đúng mức. Tuy chi nhánh đã có những đánh giá nhất định về công tác này nhưng hiện nay trên thực tế vẫn chưa đạt hiệu quả cao đối với công tác này, ngân hàng chưa có chinh sách thu hút khách hàng hợp lý, chưa có một chiến lược lâu dài cho vấn đề này. Cho nên quan hệ giữa doanh nghiệp với ngân hàng vẫn là mối quan hệ một chiều là chủ yếu. Khách hàng đến với ngân hàng khi họ thiếu vốn còn ngân hàng thì thiếu sự chủ động tìm kiếm khách hàng. Điều này sẽ cản trở đến việc mở rộng việc cho vay. Phần lớn khi khách hàng đến với ngân hàng họ vẫn chưa nắm được những thông tin nhiều về thủ tục cho vay, quy trình cho vay, giấy tờ hồ sơ cần thiết để đi vay. Đồng thời, quy trình cho vay của ngân hàng còn nhiều thủ tục rờm rà không cần thiết cho nên phải mất rất nhiều thời gian và chi phí cho hoạt động vay vốn của khách hàng và bản thân ngân hàng.ư
Chất lượng đội ngũ cán bộ vẫn có những hạn chế nhất định, kinh nghiệm còn yếu kém, nóng vội dẫn đến việc thẩm định cho vay dễ xảy ra nhiều sai sót : không đưa ra được những đánh giá chính xác về khách hàng, thẩm định tài sản
đảm bảo không sát với giá trị thực tế của nó,... Từ đó có thể dẫn đến những quyết định cho vay sai lầm.
Còn từ phía các doanh nghiệp thì năng lực tài chính và năng lực quản lý còn kém đã hạn chế khả năng vay vốn của ngân hàng. Vì chiến lược kinh doanh chưa cụ thể và không có những dự an khả thi nên không đủ thuyết phục ngân hàng cho vay vốn. Bên cạnh đó, tình hình sản xuất kinh doanh của DNNVV thường không ổn định, một số DNNVV làm ăn phi pháp, các doanh nghiệp mới thành lập, cơ sở vật chất còn thiếu thốn, tình hình tài chính chưa ổn định, khó có thể đáp ứng đựơc yêu cầu cho vay.
Ngoài ra, việc hạch toán kế toán cũng chưa được các DNNVV thực hiện một cách nghiêm túc. Vì vậy tính hình tài chính của DNNVV trên giấy tờ và trên thực tế còn có nhiều sai lệnh, không phản ánh chính xác thực tế tình hình doanh nghiệp gây khó khăn cho cán bộ tín dụng khi thẩm đinh xét duyệt cho vay.
Công tác quản lý DNNVV của nhà nước còn lỏng lẻo dẫn đến sự phát triển một cách tràn lan không hiệu quả của một số DNNVV. Việc cập nhật thông tin từ cơ quan quản lý nhà nước còn hạn chế vì vậy mà chưa giám sát theo dõi hoạt động kinh doanh của DNNVV. Điều đó cản trợ việc nắm bắt thông tin, cũng như gây tâm lý e ngại trong việc cho vay của ngân hàng.
Kinh doanh tiền tệ là một loại hình kinh doanh nhạy cảm với những thay đổi của nên kinh tế. Mấy năm trở lại đây nên kinh tế nước ta cũng gặp rất nhiều trở ngại như lạm phát, giá cả tăng, thiên tai, dịch bênh... Đặc biệt là trong năm 2008, cuộc khủng hoảng kinh tế toàn cầu đang diễn ra hết sức phức tạp đã gây ảnh hưởng rất lớn hoạt động cho vay của ngân hàng.