Tiếp tục xõy dựng, phỏt triển hệ thống tổ chức bộ mỏy của Kiểm toỏn Nhà nước theo mụ hỡnh quản lý tập trung thống nhất như hiện nay, gồm: cỏc
đơn vị tham mưu, cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành, cỏc Kiểm toỏn Nhà nước khu vực, cỏc đơn vị sự nghiệp. Đến năm 2015 cơ bản hoàn thiện cơ cấu tổ chức của Kiểm toỏn Nhà nước và tiến tới đến năm 2020 bộ mỏy tổ chức của Kiểm toỏn Nhà nước đảm bảo đồng bộ, cú đủ cơ cấu và lực lượng thực hiện nhiệm vụ, cụ thể như sau:
a) Sắp xếp, củng cố lại cỏc đơn vị tham mưu thuộc bộ mỏy điều hành theo hướng giảm khõu trung gian; đảm bảo cú bộ mỏy tham mưu gọn nhẹ,
một đơn vị khụng thực hiện quỏ nhiều chức năng, nhiệm vụ, gúp phần tăng cường hiệu quả hoạt động của Kiểm toỏn Nhà nước. Tăng cường năng lực cho Vụ Tổng hợp để đảm bảo vai trũ điều phối, tham mưu cho lónh đạo Kiểm toỏn Nhà nước về hoạt động kiểm toỏn trong toàn ngành. Từ năm 2010 đến năm 2020 thành lập thờm một số đơn vị như: Thanh tra Kiểm toỏn Nhà nước để thực hiện chức năng thanh tra chuyờn ngành theo Luật Thanh tra trong lĩnh vực kiểm toỏn nhà nước; Vụ Thi đua - khen thưởng để thực hiện chức năng theo dừi, kiểm tra và phỏt động cỏc phong trào thi đua khen thưởng trong toàn ngành khi đủ số cỏn bộ, cụng chức, viờn chức là 1.500 người theo quy định hiện hành; Vụ Tài chớnh - Quản trị trờn cơ sở phũng Tài vụ-Kế toỏn và một bộ phận Phũng Quản trị thuộc Văn phũng Kiểm toỏn Nhà nước.
b) Phỏt triển cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và Kiểm toỏn Nhà nước khu vực với biờn chế, cơ cấu hợp lý và theo hướng chuyờn quản, chuyờn
mụn húa đối tượng kiểm toỏn theo chuyờn ngành hẹp và luõn chuyển đối tượng kiểm toỏn. Nghiờn cứu hoàn thiện chức năng, nhiệm vụ của cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và Kiểm toỏn Nhà nước khu vực để phõn cụng nhiệm vụ phự hợp và cú tớnh đến việc luõn chuyển nhiệm vụ kiểm toỏn trong trung hạn từ 3-5 năm, hoặc luõn chuyển vị trớ cụng tỏc của cỏn bộ quản lý và kiểm toỏn viờn từ 3-5 năm; tỏi cơ cấu cỏc phũng thuộc cỏc Kiểm toỏn Nhà nước khu vực để gắn kết và phối hợp được tổ chức cỏc phũng với cỏc Đoàn kiểm toỏn. Phõn giao nhiệm vụ kiểm toỏn nợ cụng, nhiệm vụ đỏnh giỏ cỏc chỉ số quốc gia trong kiểm toỏn ngõn sỏch nhà nước để phự hợp với thụng lệ quốc
tế và của cỏc cơ quan Kiểm toỏn Nhà nước khỏc. Phõn giao nhiệm vụ kiểm tra, phõn tớch, đỏnh giỏ và chuẩn bị ý kiến về dự toỏn ngõn sỏch nhà nước, ngõn sỏch trung ương, địa phương cho cỏc Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành và khu vực. Từ năm 2010 đến năm 2020 thành lập thờm: 02 Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành (nõng tổng số Kiểm toỏn Nhà nước chuyờn ngành lờn thành 09 đơn vị) để đủ năng lực kiểm toỏn cỏc bộ, cơ quan trung ương; 6 Kiểm toỏn Nhà nước khu vực (nõng tổng số cỏc Kiểm toỏn Nhà nước khu vực của Kiểm toỏn Nhà nước lờn 15 đơn vị) để thực hiện kiểm toỏn hàng năm đối với ngõn sỏch địa phương, đỏp ứng yờu cầu của Quốc hội và Hội đồng nhõn dõn trong phờ chuẩn và quyết toỏn ngõn sỏch nhà nước. Mở rộng kiểm toỏn hoạt động, kiểm toỏn chuyờn đề và kiểm toỏn trỏch nhiệm kinh tế...
c) Phỏt triển cỏc đơn vị sự nghiệp theo hướng tự chủ về tổ chức, tài chớnh
theo chủ trương của Nhà nước về xó hội hoỏ hoạt động sự nghiệp nhằm đảm bảo sự chủ động phỏt huy vai trũ của cỏc đơn vị; tiếp tục củng cố và phỏt triển Trung tõm Tin học và Tạp chớ Kiểm toỏn. Từ 2010 đến 2020 thành lập Trung tõm Thụng tin, tư liệu và thư viện thực hiện chức năng lưu trữ thụng tin, tư liệu và thư viện phục vụ việc khai thỏc thụng tin, tư liệu kiểm toỏn trong ngành và cho cỏc cơ quan hữu quan; Học viện kiểm toỏn để thực hiện nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng cỏn bộ, kiểm toỏn viờn nhà nước; Viện nghiờn cứu khoa học kiểm toỏn; Thời bỏo kiểm toỏn nhằm đỏp ứng nhu cầu thụng tin của xó hội về nõng cao hiệu quả sử dụng cỏc nguồn lực tài chớnh nhà nước thụng qua hoạt động kiểm toỏn.
d) Thực hiện phõn cấp mạnh về tổ chức hoạt động, phõn giao chức năng,
nhiệm vụ, thẩm quyền và trỏch nhiệm cụ thể cho từng cấp trong hệ thống bộ mỏy Kiểm toỏn Nhà nước, đảm bảo tớnh chủ động trong tổ chức và hoạt động, đồng thời nõng cao trỏch nhiệm của từng cỏ nhõn, đơn vị
- Xõy dựng đồng bộ chế độ trỏch nhiệm của từng cấp quản lý trong hệ thống bộ mỏy của Kiểm toỏn Nhà nước để đảm bảo dõn chủ và tăng cường trỏch nhiệm trong tổ chức hoạt động; xõy dựng chế độ cụng tỏc chặt chẽ, khoa học, tạo ra sự đồng bộ trong vận hành của hệ thống tổ chức.
- Xõy dựng quy định về sử dụng cỏc nguồn lực trong tổ chức để tạo cơ chế khớch lệ, cạnh tranh hợp lý, cụng bằng giữa cỏc đơn vị.
- Định kỳ tổ chức đỏnh giỏ về tớnh hợp lý và hiệu quả của cơ cấu tổ chức, nhõn sự để cú biện phỏp điều chỉnh phự hợp, kịp thời nhằm nõng cao hiệu lực và hiệu quả hoạt động của Kiểm toỏn Nhà nước.