Ngày 14 tháng 3, 2004, Putin thắng cử nhiệm kỳ hai với 71 phần trăm số phiếu bầu. Một lần nữa các kênh truyền hình lại thực hiện một chiến dịch tuyên truyền một phía ủng hộ Putin, đa số chúng đều là các kênh do nhà nước sở hữu hay kiểm soát. Tuy nhiên, chiến dịch tranh cử và việc kiểm phiếu đều được các phái đoàn của Văn phòng vì các Thể chế Dân chủ và Nhân quyền thuộc Tổ chức An ninh và Hợp tác Châu Âu tuyên bố là "tự do và công bằng".
Ngày 13 tháng 9, 2004, sau vụ Khủng hoảng con tin trường học tại Beslan, và những vụ tấn công hầu như đồng thời của những kẻ khủng bố Cherchnia vào Moskva, Putin đã đưa ra một sáng kiến nhằm thay thế cuộc bầu cử các thống đốc vùng bằng một hệ thống theo đó họ sẽ được Tổng thống đề cử và được chấp nhận hay không bởi các cơ quan hành pháp địa phương. Những người phản đối sáng kiến này, gồm cả Mikhail Gorbachev, Boris Yeltsin, và Colin Powell, những người chỉ trích coi đó là một bước xa rời dân chủ ở Nga và quay lại với bộ máy tập trung trung ương thời kỳ Sô viết. Cùng ngày hôm đó, Putin đã công khai ủng hộ kế hoạch của Ủy ban Bầu cử Trung ương về việc bầu các đại biểu Duma dựa hoàn toàn trên sự giới thiệu từ các vùng, chấm dứt một nửa các cuộc bầu cử đại biểu tại các đơn vị chỉ bầu một người.
Ngày 25 tháng 4 năm 2005, Putin đã gây ra một số cuộc tranh luận, khi trong một bài phát biểu trước Quốc hội, được phát trên truyền hình quốc gia đã coi sự sụp đổ của Liên bang Xô viết như là "thảm họa địa chính trị lớn nhất thế kỷ." Lời nói này được phương Tây và một số nước xung quanh nhìn nhận với thái độ chỉ trích; sau này Putin đã nói rõ rằng ông không ca ngợi Liên bang Xô viết cũ mà chỉ muốn nhấn mạnh tới ảnh hưởng mạnh mẽ của sự sụp đổ này trên thế giới, đặc biệt với kinh tế và đời sống người dân từ các nước cộng hòa thuộc Liên xô cũ [7] và sự dịch chuyển dân cư một phần gây ra từ tình cảm chống Nga tại nhiều nước cộng hòa đó [8].
Một trong những khía cạnh gây tranh luận nhiều nhất trong nhiệm kỳ thứ hai của Putin là việc truy tố người giàu nhất nước Nga, Mikhail Khodorkovsky, Chủ tịch công ty dầu mỏ Yukos. Trong khi đa phần phương tiện truyền thông quốc tế coi đó là một hành động chống lại một người từng cung cấp tài chính cho các đối thủ chính trị của Kremlin, cả phe cộng sản và tự do, chính phủ Nga tuyên bố rằng Khodorkovsky trên thực tế đã thực hiện hành vi mua chuộc phần lớn đại biểu Duma, ngăn chặn việc đưa ra những sửa đổi về thuế nhằm kiếm lợi ích riêng. Chắc chắn rằng, những vụ tư nhân hóa trước đó, gồm cả việc tư nhân hoá Yukos, đều được coi là có sự gian dối (Yukos, được định giá 30 tỷ dollar năm 2004, từng được định giá bán có 110 triệu dollar), và giống như những nhóm chính trị đầu sỏ khác, cái tên Yukos-Menatep luôn gắn liền với những lời buộc tội có liên quan tới các tổ chức tội phạm. Những đầu sỏ chính trị khác, từng thiết lập được quan hệ tốt với Kremlin, như Roman Abramovich và Vladimir Potanin, không bị đặt vấn đề nghi vấn tài sản ở mức độ như vậy.
Khi nhiệm kỳ thứ 2 sắp kết thúc, nhiều người đã đề nghị sửa đổi Hiến pháp Nga để cho phép Putin ra tranh cử Tổng thống lần thứ 3. Tuy nhiên ông đã từ chối điều này và tuyên bố dù không ở cương vị tổng thống, ông vẫn muốn có ảnh hưởng đến tình hình chính trị của nước Nga. Trong cuộc bầu cử Duma năm 2007, Đảng Nước Nga Thống nhất (Единая Россия) do ông đứng đầu đã chiến thắng với 64,5% số phiếu ủng hộ, qua đó để ngỏ khả năng ông lên làm Thủ tướng hoặc Chủ tịch Duma. Ngày 10 tháng 12 năm 2007, Putin tuyên bố ủng hộ Phó thủ tướng Dmitry Medvedev trở thành người kế nhiệm mình [10]. Ngay lâp tức, Dmitry Medvedev đề nghị Putin trờ thành thủ tướng nếu ông trúng cử Tổng thống [11]. Ngày 17 tháng 12, Putin tuyên bố đồng ý nắm chức thủ tướng sau cuộc bầu cử năm tới[12].
Dù có nhiều thành tựu nhưng dưới thời Putin các chỉ số khả năng cạnh tranh và điều kiện
kinh doanh đều giảm còn tình trạng tham nhũng lại gia tăng. Sự phát triển kinh tế hiện
nay của nước Nga phần lớn là do giá dầu tăng chứ không phải là do hiệu quả của các chính sách do Putin tiến hành.[13]
Gần 10 năm thực hiện chính sách tái thiết nước Nga, Putin đã cho xã hội quay lại hoài niệm về cường quốc Xô Viết đồng thời ông cũng công kích Mỹ và các nước phương Tây, kiểm soát chặt chẽ truyền thông, trấn áp những người đối lập và thủ tiêu các nhà báo dám nói lên sự thật.
Hàng ngàn người tại Moskva, Sankt-Peterburg và vùng Viễn Đông biểu tình cùng một ngày 31/01/2009 với khẩu hiệu: “Nước Nga không Putin”.[14]
Chechnya
Việc Putin lên nắm quyền chỉ đạo chính phủ vào tháng 8 năm 1999 trùng khớp với sự tái hiện tình trạng gây hấn của cuộc xung đột hầu như đã yên tĩnh tại Bắc Caucasus, khi những người Chechnya tập hợp với nhau và xâm nhập Daghestan láng giềng. Cả trong nước Nga và bên ngoài, uy tín của Putin trước công chúng ngày càng tăng qua cách xử lý cứng rắn nhiệm vụ khó khăn này. Trong chiến dịch vận động bầu cử Duma mùa thu năm 1999, các phương tiện truyền thông đại chúng do Kremlin kiểm soát hoặc có liên minh với họ đã cáo buộc các đối thủ chính của Putin không cương quyết với chủ nghĩa khủng bố. Khi đã lên nắm quyền tổng thống ngày 31 tháng 12 năm 1999, Putin đã thực hiện một cuộc viếng thăm chưa từng có tới doanh trại quân đội Nga ở Chechnya; một trong những hình ảnh sớm nhất mà dân chúng Nga thấy được là vị tổng thống tạm quyền của họ đang giới thiệu những con dao săn cho các binh sĩ. Suốt mùa đông năm 2000, chính phủ Putin thường xuyên tuyên bố thắng lợi đã ở gần tầm tay. Trong những năm gần đây, khi tình hình trở nên bế tắc, Putin đã tự tách mình khỏi trách nhiệm giải quyết cuộc xung đột đang tiếp diễn đó.