Trên giác độ cơng cụ của chính sách thương mại quốc tế, hệ thống thuế quan ở Việt Nam có thể được đánh giá như sau:
Một là, hệ thống thuế được thay đổi phù hợp với các cam kết quốc tế mà Việt
Nam tham gia. Điều này thể hiện ở việc biểu thuế hàng hoá nhập khẩu của Việt Nam đã ngày càng phù hợp hơn với Hệ thống phân loại hàng hoá và mã số của Tổ chức hải quan thế giới và Hệ thống biểu thuế quan hài hoà trong ASEAN (AHTN). Bên cạnh đó, các danh mục cắt giảm thuế mà Việt Nam đề xuất đã phù hợp với các cam kết của Việt Nam trong ASEAN, hiệp định khung Việt Nam –
EU, hiệp định thương mại Việt Nam - Hoa Kỳ, chương trình thu hoạch sớm EHP (ASEAN – Trung Quốc) ở cả mức thuế và số mặt hàng tính thuế. Bộ Thương mại (mà cụ thể là Vụ Chính sách thương mại đa biên) đã tham gia cùng Bộ Tài chính trong việc đưa ra danh mục cắt giảm phù hợp với cam kết của Việt Nam trong các tổ chức và hiệp định nêu trên.
Hai là, thông tin về việc cắt giảm thuế ngày càng rõ ràng hơn. Thông tin về
việc cắt giảm thuế được cập nhật thường xuyên và phổ cập tới toàn bộ doanh nghiệp và những đối tượng quan tâm. Chẳng hạn những văn bản cập nhật mới nhất về thuế, thủ tục hải quan, chính sách ưu đãi có thể tìm thấy tại các trang web của Quốc hội (http://www.luatvietnam.com.vn), trang web của Bộ Thương mại (http://www.mot.gov.vn), trang web của Tổng cục hải quan (http://www.customs.gov.vn). Việc thực hiện cải cách thủ tục hành chính và áp dụng cơng nghệ thông tin trong quản lý nhà nước tại các ngành thương mại, tài chính có tác dụng tích cực tới việc phổ cập thông tin về cắt giảm thuế.
Ba là, việc thay đổi, điều chỉnh thuế suất cịn đột ngột. Trong khn khổ
quyền hạn, Bộ Tài chính được phép đề xuất thay đổi thuế suất với điều kiện việc thay đổi này phù hợp với các cam kết quốc tế của Việt Nam. Nhiều doanh nghiệp cho rằng họ khơng thể dự đốn được khi nào thuế suất sẽ thay đổi và mức thuế suất sẽ thay đổi trong khoảng thời gian nào. Chẳng hạn, các doanh nghiệp trong ngành thép cho rằng việc mức thuế thay đổi trong biên 0 – 10% là hợp lý song các doanh nghiệp gặp khó khăn do cách thức thay đổi và thời gian thay đổi không rõ ràng khiến doanh nghiệp thường bị bất ngờ với các quyết định của chính phủ. Tình trạng này là do thiếu sự phối hợp giữa Bộ Tài chính, Bộ Cơng nghiệp và các doanh nghiệp trong ngành (ngành thép, ngành điện tử). Bên cạnh đó, cơng tác tun truyền và chuẩn bị cho việc ban hành, điều chỉnh các chính sách cịn kém. Mặc dù Bộ Tài chính và các bộ chuyên ngành khẳng định vai trò tạo ra một sân chơi bình đẳng cho các doanh nghiệp song trên thực tế khi mà doanh nghiệp cịn ít tham gia vào q trình hoạch định chính sách của Chính phủ thì khó tránh khỏi việc các chính sách bị xa rời thực tiễn kinh doanh hay thậm chí cản trở q trình kinh doanh. Việc Việt Nam chọn phương pháp cắt giảm theo phương án nào chưa
trở thành mối quan tâm của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, việc áp dụng linh hoạt mức áp thuế như điều chỉnh theo yêu cầu của các doanh nghiệp trong ngành, của hiệp hội, của các bộ ngành còn chưa được sử dụng một cách hệ thống.