Công tác kiểm tra, kiểm soát các hoạt động của NHCSXH luôn được quan tâm đúng mức. Hàng năm đều xây dụng chương trình kế hoạch kiểm tra của HĐQT, Ban Kiểm soát HĐQT, tổ chuyên gia tư vấn HĐQT, kiểm tra của bộ máy kiểm soát nội bộ NHCSXH. Năm 1997, Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao đã tiến hành kiểm tra giám sát hoạt động của NHCSXH ở Hội sở chính và một số chi nhánh cơ sở.
nghèo ở 3 tỉnh: Hà Giang, Kon Tum và Trà Vinh.
Năm 2000, theo chỉ đạo của Thống đốc, Thanh tra NHNN đã tiến hành thanh tra toàn diện hoạt động của NHCSXH trên phạm vi toàn quốc.
Tại các địa phương thực hiện chương trình kiểm tra của Ban đại diện HĐQT các cấp, kiểm tra thanh tra của NHNN, kiểm tra của chính quyền, tổ chức đoàn thể xã hội.
Thông qua kiểm tra, giám sát đã khẳng định vốn tín dụng được giải ngân đến hộ nghèo; đa số hộ nghèo sử dụng vốn vay vào mục đích sản xuất kinh doanh, nhiều hộ đã thoát nghèo.
Qua kiểm tra đã phát hiện các vướng mắc thuộc cơ chế chính sách, vướng mắc về quy trình nghiệp vụ để kịp thời nghiên cứu chỉnh sửa. Mặt khác, cũng kịp thời ngăn chặn các hiện tượng làm sai chủ trương, chính sách tín dụng hộ nghèo như:
- Cá biệt có những xã, phường ở một số tỉnh, thành phố đã cho vay sai đối tượng hoặc sử dụng vào việc xây dựng các công trình phúc lợi của địa phương như trường học, trạm xá, trụ sở Uỷ ban, làm đường, xây dựng đường điện... không có khả năng để hoàn trả vốn.
- Tại Sơn La năm 1996 UBND tỉnh quyết định dùng vốn cho vay người nghèo để cho công ty Chè cà phê và công ty Dâu tằm của tỉnh vay đầu tư cho các hộ phát triển vùng nguyên liệu này với số tiền là 7.300 triệu đồng. Sau kiểm tra phát hiện, tỉnh đã dùng Ngân sách địa phương để hoàn trả cho Ngân hàng.
- Tỉnh Yên Bái 8/1997 cho Ban quản lý dự án Cà phê của tỉnh vay 3 tỷ đồng, đã thu hồi xong trong năm 2000 bằng nguồn Ngân sách địa phương.
- Tương tự ở tỉnh Đăk Lăk công ty vật tư Cà phê Tây Nguyên lập hồ sơ hộ nghèo để vay 322 triệu đồng, đến nay đã thu hồi xong.
- Ngoài ra theo thống kê đến cuối năm 2002 số hộ sử dụng vốn vay sai mục đích là 3.447 triệu đồng khó có khả năng trả nợ.