Đây là lĩnh vực úng dụng công nghệ Internet nhiều nhất ở nước ta cho nên có thể nói hoạt động thương mại điện tử trong lĩnh vực thanh toán của các ngân hàng. Điều đó thể hiện qua việc hệ thống ngân hàng của việt Nam đã tham gia thanh toán quốc tế thông qua việc nối mạng SWIFT( Society for Worldwide Interbank and Financial Telecommunication):Hiệp hội viễn thông liên ngân hàng và tài chính quốc tế. Thanh toán bằng các thẻ ATM tương ứng với thương hiệu của các ngân hàng.
Kể từ khi thực hiện thanh toán qua mạng máy tính, công việc thanh toán được thực hiện nhanh chính xác, tăng nhanh vòng quay vốn. Đối với hệ thống ngân hàng đã giảm được đáng kể lượng tiền mặt trong lưu thong kéo theo nhiều lợi ích kinh tế khác như tiết kiệm chi phí in ấn, kiểm đếm,đóng gói, vận chuyển,bảo quản.Ví dụ Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn mới bắt đầu hoạt động kinh doanh đối ngoại và thanh toán quốc tế từ năm 1993. Gia nhập hệ thống SWIFT từ tháng 3 năm 1995, hiện đã có 20 chi nhánh thực hiện thanh toán quốc tế qua SWIFT
Ngân hàng Công thương Việt nam, được đánh giá là một trong những ngân hàng dẫn đầu của Việt nam trong lĩnh vực ứng dụng, đưa tiến bộ của công nghệ thông tin vào kinh doanh ngân hàng. Hệ thống máy tính của ngân hàng đã được nối mạng từ cơ sở, các phòng tín dụng đến các chi nhánh về trung tâm diện toán của ngân hàng trung ương. Hệ thống máy tính đã giúp cho việc kinh doanh tiền tệ chặt chẽ và nhanh nhạy hơn. Gần đây, Thủ tướng chính phủ ra một văn bản cho phép sử dụng chứng từ điện tử, sau đó Thống đốc ngân hàng Nhà nước ban hành quy chế chuyển tiền điện tử. Trước đây, sau khi tập trung số liệu, lưu trữ số liệu bằng đĩa mềm thì ngân hàng Công thương vẫn cứ phục hối hay là song song làm chứng từ bằng giấy, làm như vậy rất chậm và tốn công. Tuy nhiên việc sử dụng chứng từ điện tử đối với ngân hàng cũng chưa thể hoàn thiện ngay được, vừa làm vừa rút kinh nghiệm.