Bên cạnh những thành tựu to lớn mà xuất khẩu thủy sản sang EU đạt được trong những năm qua, không phải là tất cả đều thuận lợi, vẫn cịn những khó khăn, những vướng mắc đang tồn tại đòi hỏi được khắc phục càng sớm càng tốt, cụ thể là:
Hàng thủy sản Việt Nam xuất khẩu sang EU phần lớn là thông qua các công ty của ASEAN như Singapore, Thái lan và Hồng Kông.
Chủng loại sản phẩm thủy sản xuất khẩu chủ yếu là tôm, mực đông lạnh sơ chế, tỷ lệ sản phẩm có giá trị cao gia tăng thấp chủ yếu là xuất nguyên liệu.
Cơ cấu sản phẩm thủy sản xuất khẩu vào EU cũng như vào các thị trường khác có sự mất cân đối (hơn 90% là dạng sản phẩm tươi, ướp đông, đông lạnh). Điều này làm mất lợi thế cạnh tranh của thủy sản nước ta, cũng như sự yếu kém của công nghệ chế biến thủy sản.
Giá cả sản phẩm xuất khẩu nhìn chung là thấp (chỉ bằng khoảng 70% mức giá sản phẩm cùng loại của Thái Lan và Inđônêxia) nhưng vẫn không cạnh tranh nổi với hàng của các nước xuất khẩu khác.
Số lượng doanh nghiệp được xuất khẩu thủy sản sang EU và số doanh nghiệp thực hiện theo tiêu chuẩn GMP và HACCP cịn q ít.Vẫn cịn hàng trăm doanh nghiệp chưa đổi mới được công nghệ, cải thiện điều kiện sản xuất và nâng cao chất lượng sản phẩm, chưa được các đoàn thanh tra của Châu Âu chấp nhận. Nhiều doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản vẫn cịn biết rất ít thơng tin về thị trường EU.
Nhiều doanh nghiệp chế biến khơng có khả năng tài chính để thay đổi công nghệ và các điều kiện tiêu chuẩn theo GMP và HACCP, để có thể chế biến sản phẩm thủy sản xuất khẩu sang EU.
Giữa các doanh nghiệp xuất khẩu đã khơng có được sự cạnh tranh lành mạnh, làm suy yếu sức cạnh tranh của hàng thủy sản Việt Nam khi sang thị trường EU nói riêng, cũng như sang tất cả các thị trường khác.
Nguồn nguyên liệu cho chế biến xuất khẩu còn bị thiếu trầm trọng, các nhà máy chế biến mới chỉ sử dụng hết 60-70% công suất, nguồn nguyên liệu phụ thuộc hoàn toàn vào tự nhiên, do đó ảnh hưởng đến sản phẩm chế biến cho xuất khẩu.
Hàng thủy sản của Việt Nam vào EU, bên cạnh những yêu cầu về tiêu chuẩn chất lượng, vệ sinh thực phẩm, mã số nhập khẩu (Code)..., thuế nhập khẩu hàng thủy sản của Việt Nam vào EU còn cao hơn một số nước. Thuế suất EU đang áp dụng cho Việt Nam là 6%, trong khi đó Bănglađét là 0% và ấn Độ chỉ khoảng 3%. Điều này đã làm giảm sức cạnh tranh của hàng thủy sản Việt Nam trong thị trường EU.
Trình độ khoa học cơng nghệ và cơ sở hạ tầng yếu kém, thiếu kinh nghiệm trong quản lý khiến cho lợi thế so sánh trong xuất khẩu thủy sản khơng đạt được hiệu quả mong muốn vì quá thấp.
Cơ sở hạ tầng nghề cá cịn yếu kém nên khơng đáp ứng được nhu cầu tổ chức bảo quản sau thu hoạch, số lượng tàu thuyền nhỏ dưới 90 CV còn chiếm tỷ trọng cao từ 65-70%.
Mối quan hệ hữu cơ giữa khai thác, nuôi trồng, chế biến và tiêu thụ chưa được liên kết chặt chẽ để tạo một chiến lược sản phẩm xuyên suốt qua tất các khâu. Các doanh nghiệp chế biến chưa coi việc góp phần thúc đẩy sản xuất nguyên liệu là trách nhiệm của mình.
Chưa có được một kế hoạch và chương trình tổng thể xúc tiến hàng thủy sản Việt Nam ở nước ngoài, đặc biệt là ở EU.