Việc nộp hồ sơ khai thuế GTGT xác định trên nguyên tắc hàng hoá, dịch vụ được tiêu dùng tại địa phương nào thì người nộp thuế phải kê khai, nộp thuế với cơ quan thuế quản lý địa phương đó. Cụ thể:
- Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
- Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính: nếu đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.
Nếu đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra muốn kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng, cấp mã số thuế phụ thuộc và sử dụng hóa đơn riêng.
- Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc.
Trường hợp này không phân biệt đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc hay không.
- Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho chi cục thuế quản lý địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai đó.
- Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, khí.., không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính.