* Thuế thu nhập doanh nghiệp của Việt Nam vẫn cịn ở mức trung bình cao so với thế giới
Thuế thu nhập doanh nghiệp ở Việt Nam là 25%, tuy không thuộc 10 nước có thuế thu nhập doanh nghiệp cao nhất thế giới (gồm: Nhật Bản, Mỹ, Pháp, Bỉ, Đức, Mexico, Úc, Tây Ban Nha, New Zealand, Canada) ở mức hơn 30% nhưng cũng
thuộc loại cao so với nhiều nước như: Singapore 17%, Chile 17%, cộng hoà Séc 20%... Thuế thu nhập doanh nghiệp cao chính là yếu tố chủ yếu dẫn đến hiện tượng chuyển giá để tránh phải nộp thuế, hoặc có thể được hồn thuế.
* Ngách hở trong chức năng của cơ quan Thuế
Thứ nhất, một trong những chức năng nhiệm vụ thuế là thực hiện công tác kiểm tra thanh tra, trong đó có thanh tra về chống chuyển giá. Tuy nhiên về nguyên tắc của cơ chế quản lý thuế của Việt Nam cũng như của quốc tế: Các doanh nghiệp hiện nay tự tính, tự khai, tự nộp thuế, do vậy rất khó để cơ quan thuế có thể kiểm tra, giám sát xem doanh nghiệp có chuyển giá hay khơng.
Thứ hai, cơ quan thuế rất khó xác định được giá thị trường khách quan, vì u cầu phải có thơng tin; địi hỏi các chun gia phải phân tích theo từng nghành nghề, lĩnh vực, đôi khi phải mua hoặc trao đổi thơng tin với phía nước ngồi. Nhưng luật pháp hiện nay chưa quy định cụ thể, nên chưa có cơ sở pháp lý để xác định giá thị trường; Nhà nước chưa có quy định nào để đảm bảo giá trị pháp lý của việc ấn định giá, gây lúng túng bị và bị động đối với cơ quan thuế trong quá trình triển khai, nhất là khi có sự tranh tụng trước pháp luật
Thứ ba, cơ quan thuế chưa có đủ các cơ sở để áp dụng các biện pháp chế tài đủ mạnh, nhằm buộc các doanh nghiệp phải kê khai chính xác về giá đối với các hoat động giao dịch liên kết (phạt về hanh vi gian lận thuế, trốn thuế; truy cứu trách nhiệm hình sự; cấm hoạt động kinh doanh tại Việt Nam…).
Thứ tư, văn bản pháp luật hiện hành chưa quy định rõ cơ chế phối hợp hoặc quy định trách nhiệm của các cơ quan chức năng có liên quan trong việc phối hợp với cơ quan thuế, hỗ trợ xác minh về giá cả thị trường khách quan (cơ quan xuất nhập cảnh, cơ quan ngoại giao, đại sứ quán, tham tán thương mại Việt Nam ở nước ngoài).
Thứ năm, cơ quan thuế vẫn chưa có chức năng điều tra thuế, nên khơng xử lý được các trường hợp vi phạm có tính phức tạp, phạm vi rộng ngồi lãnh thổ Việt Nam.
* Trình độ quản lý của các cơ quan hữu quan
Khó khăn của cơ quan thuế tại Việt Nam trong việc thực hiện kiểm soát về chuyển giá bắt nguồn từ sự kém hiểu biết về hoạt động chuyển giá và sự thiếu dữ liệu trong những giao dịch chuyển giá của các doanh nghiệp FDI. Mặc dù Thông tư 117/2005/TT- BTC của Bộ Tài chính ban hành vào tháng 12/2005 đã có những quy định cơ bản về thủ thuật chuyển giá và những yêu cầu về mặt cung cấp tài liệu, nhưng nhiều người nộp thuế vẫn lờ đi những yêu cầu này và thậm chí, chỉ nộp những tài liệu bắt buộc đối với viẹc báo cáo về những giao dịch với các bên liên quan.
Về phía cơ quan quản lý Nhà nước, Bộ Tài chính mặc dù đã tích cực trong việc triển khai thực hiện thanh tra, kiểm tra để hạn chế việc chống chuyển giá nhưng việc chống chuyển giá vẫn vơ cùng khó khăn. Lý do là việc xác định giá trị thiết bị, nguyên nhiên vật liệu nhập từ cơng ty mẹ nhìn trên giấy tờ khơng dễ do không nắm được xuất xứ hàng hóa. Thêm vào đó, khi Việt Nam gia nhập WTO, việc áp định bảng giá tối thiểu làm căn cứ để xác định thuế đã phải hủy bỏ và cơ quan quản lý phải chuyển sang xác định thuế trên cơ sở giá trị theo chứng từ hóa đơn dẫn đến q trình triển khai về thanh tra, kiểm tra rất khó khăn.