- Toàn bộ việc chấm công, tính toán tiền lương cho công nhân trực tiếp sản xuất ở các công trường, phân xưởng đều do các tổ trưởng và đội ngũ thống kê kinh tế phân xưởng thực hiện. Tuy điều này giúp cho công việc kế toán tiền lương được giảm bớt nhưng cũng chính cách thức này cũng bộc lộ ngay mặt hạn chế. Theo quy trình này, kế toán chỉ có thể nắm bắt được tổng số và không thể kiểm tra tính chính xác trong việc tính lương và các khoản trích theo lương của từng công nhân sản xuất. Do đó có thể có những sai sót mà kế toán không thể nắm bắt và phát hiện kịp thời.
- Việc áp dụng mức lương khoán đối với khối văn phòng làm cho công tác kế toán tiền lương gặp phải những khó khăn và phức tạp, kế toán tiền lương phải theo dõi và tính toán các chỉ tiêu kết quả như giá trị sản xuất, doanh thu tiêu thụ, mức độ hoàn thành công việc của các phòng ban và của từng cán bộ trong các phòng ban đó để có thể phản ánh chính xác và công bằng tiền lương của mỗi người.
- Mặc dù Công ty đã trang bị hệ thống máy tính ,một cách rộng rãi nhưng hiện nay phòng kế toán vẫn chưa áp dụng phần mềm kế toán. Việc áp dụng phần mềm kế toán sẽ làm cho công tác kế toán được tiến hành một cách nhanh chóng, chính xác và giảm được gánh nặng công việc của nhân viên kế toán.
Bộ máy kế toán hiện hành chưa phân tách được chức năng tài chính và chức năng kế toán trong phòng kế toán thống kê.Chức năng tài chính chủ yếu do kế toán trưởng thực hiện còn các kế toán viên chỉ thực hiện công tác kế toán đơn thuần.