Các doanh nghiệp nêu những khó khăn cụ thể đối với việc thực hiện thủ tục kiểm tra, xác định mã số HS (Hệ thống hài hịa mơ tả và mã hóa hàng hóa do Tổ chức Hải quan Thế giới phát hành - Harmonized Commodity Description and Coding System) và kiểm tra, xác định trị giá hải quan.
Khá nhiều doanh nghiệp phản ánh về việc mã số HS nhiều khi không chi tiết theo như sản phẩm của doanh nghiệp xuất nhập khẩu nên việc áp mã HS gặp khó khăn. Việc xác định mã HS chưa nhất quán trong cơ quan hải quan.
Ví dụ có doanh nghiệp cho biết ngay tại một chi cục, cùng một mặt hàng, nhưng 2 cán bộ tiếp nhận khác nhau, thì hướng dẫn áp mức thuế suất khác nhau. Có mặt hàng doanh nghiệp áp mã theo hướng dẫn của cơ quan hải quan khi làm thủ tục thông quan (đối với tờ khai luồng vàng và luồng đỏ) nhưng sau đó lại bị bác bỏ bởi các cán bộ hải quan thuộc chi cục hải quan kiểm sốt sau thơng quan. Điều này khiến các doanh nghiệp đối mặt rủi ro bị phạt hành chính dù họ đã áp mã theo hướng dẫn của cán bộ hải quan trong thủ tục thông quan.
Một số doanh nghiệp phản ánh về tình trạng kết quả phân tích phân loại rất chậm chạp khi thơng báo tới doanh nghiệp. Thời gian giám định hàng để xác định mã số HS mất khoảng từ 1 - 6 tháng, doanh nghiệp phải mất thời gian chờ đợi, cá biệt có trường hợp cho biết sau 2 năm vẫn chưa nhận được kết quả.
Việc xác định trị giá hải quan hiện cũng chưa thuận lợi với các doanh nghiệp. Nhiều doanh nghiệp cho biết cơ quan hải quan thường yêu cầu doanh nghiệp giải trình giá khi có giá tốt so với các công ty khác cùng nhập khẩu và cơ quan hải quan luôn áp giá cao hơn, dù doanh nghiệp có đủ bằng chứng chứng minh tính chính xác của việc khai báo.
Có doanh nghiệp phản ánh, một số lần bên nhà cung cấp có giảm giá sản phẩm nhập, nhưng cán bộ hải quan không chấp nhận việc giảm giá này, và yêu cầu giá phải giống như những lần nhập hàng trước.
Và chi phí ngồi
Có thể nói, đây là vấn đề nhạy cảm nhất của ngành hải quan và cũng là nội dung mà giới doanh nghiệp xuất nhập khẩu đề cập đến nhiều nhất. Không thể phủ nhận, ngành hải quan trong suốt những năm qua khơng ngừng hồn thiện các quy định nội bộ để nhằm ngăn chặn tối đa sự nhũng nhiễu, tha hóa của cán bộ. Tuy nhiên, chi phí ngồi vẫn tồn tại, đơi khi như là sự đương nhiên chấp nhận của doanh nghiệp, ít ra là để mua được sự an lòng.