CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ
3.2. Các mơ hình máy tính dựa trên cấu trúc (mơ hình tương đồng của P-gp)
Kết quả mơ hình hóa phân tử của server tự động I-TASSER thu được bốn mơ hình tương đồng của P-gp cho mục đích docking phân tử trong bước tiếp theo; với chuỗi A của bốn protein có mã số định danh trong ngân hàng dữ liệu protein là 3g61 [4], 4m1m [97], 4f4c [75] và 3g5u [4] được chọn làm các đĩa cấu trúc theo thứ tự. Các thông số ước tính chất lượng mơ hình được trình bày trong Bảng 3.13, trong đó chỉ mơ hình đầu tiên (mơ hình 1) có các giá trị TM-score và RMSD được dự đốn. Bởi vì sự tương quan của C-score và chất lượng của các mơ hình được xếp hạng thấp hơn là yếu hơn nhiều so với mơ hình đầu tiên, chất lượng tuyệt đối (TM-score và RMSD) của các mơ hình này khơng thể được ước tính một cách có ý nghĩa. Tuy nhiên, chất lượng tương đối của các mơ hình xếp hạng thấp hơn có thể được dự đốn dựa trên thứ hạng tương đối và thông tin C-score của chúng [151].
Bảng 3.13. Bốn mơ hình tương đồng tốt nhất của P-gp được dự đốn bởi I-TASSER
với thông tin đĩa và các thơng số ước tính.
Mơ hình Đĩa sử dụng C-score TM-score RMSD Số lượng decoy Mật độ đám 1 3g61A 0,58 0,79 ± 0,09 8,1 ± 4,4 Å 1850 0,17 2 4m1mA 0,96 - - 1200 0,24 3 4f4cA 0,38 - - 1212 0,14 4 3g5uA -2,11 - - 84 0,01
Với chất lượng được đánh giá là tốt nhất theo các chỉ số của I-TASSER (C- score = 0,58; TM-score = 0,79; RMSD = 8,1; số lượng decoy = 1850 và mật độ đám
= 0,17), mơ hình 1 dự đốn từ chuỗi A của P-gp ở chuột với mã là 3g61 [4] được tiếp tục sử dụng để tạo ra đồ thị Ramachandran. Trong đồ thị này (Hình 3.6), các vùng được ưa thích nhất có màu đỏ và các vùng ít được ưa thích hơn có màu sáng dần. Theo các thơng số thống kê, các vùng được ưu thích nhất [A,B,L]; các vùng cho phép bổ sung [a,b,l,p]; các vùng cho phép hào phóng [~a,~b,~l,~p] và các vùng khơng cho phép [XX] lần lượt chứa 905 acid amin (78,7 %); 189 acid amin (16,4 %); 35 acid amin (3,0 %) và 21 acid amin (1,8 %) trong tổng số 1150 acid amin không phải là glycin và prolin. Dưới 90 % acid amin được phát hiện trong các vùng lõi có thể được giải thích là do độ phân giải chưa cao của cấu trúc đĩa dùng để xây dựng mơ hình tương đồng (4,35 Å). Túi gắn kết của mơ hình 1 cũng được dự đốn bởi server cho mục đích docking trong q trình sàng lọc ảo, dựa trên phức hợp của chuỗi B của protein đĩa được sử dụng với phối tử QZ59-RRR (cyclic-tris-(R)-valineselenazol) (Hình 3.7). Kết quả của q trình mơ hình hóa tương đồng là hồn tồn phù hợp với thông tin cấu trúc được Chang và cộng sự [4] tiết lộ về khoang nội phân tử có kích thước lớn của P-gp chịu trách nhiệm cho khả năng gắn kết thuốc đa dạng.
Hình 3.6. Đồ thị Ramachandran của mơ hình tương đồng P-gp tốt nhất, trong đó các
vùng được ưa thích nhất (the most favoured regions), các vùng được cho phép thêm (the additional allowed regions), các vùng được cho phép rộng rãi (the generously allowed regions) và các vùng không được cho phép (the disallowed regions) được ký hiệu lần lượt là [A,B,L]; [a,b,l,p]; [~a,~b,~l,~p] và [XX]. Khu vực màu đậm hơn tượng trưng cho kết hợp phi-psi được ưa thích hơn.
Hình 3.7. Mơ hình tương đồng tốt nhất của P-gp với vị trí gắn kết phối tử QZ59-RRR