- Thông tin từ HIDS là không đáng tin cậy ngay khi sự tấn công vào host này thành công.
- Khi OS bị "hạ" do tấn công, đồng thời HIDS cũng bị "hạ". - HIDS phải được thiết lập trên từng host cần giám sát .
- HIDS không có khả năng phát hiện các cuộc dò quét mạng (Nmap, Netcat…).
- HIDS cần tài nguyên trên host để hoạt động. - HIDS có thể không hiệu quả khi bị DOS.
Đa số chạy trên hệ điều hành Window. Tuy nhiên cũng đã có 1 số chạy được trên UNIX và những hệ điều hành khác.
Vì hệ thống IDS dựa trên máy chủ đòi hỏi phần mềm IDS phải được cài đặt trên tất cả các máy chủ nên đây có thể là cơn ác mộng của những nhà quản trị khi nâng cấp phiên bản, bảo trì phần mềm, và cấu hình phần mềm trở thành công việc tốn nhiều thời gian và là những việc làm phức tạp. Bởi vì hệ thống dựa trên máy chủ chỉ phân tích những lưu lượng được máy chủ nhận được, chúng không thể phát hiện những tấn công thăm dò thông thường được thực hiện nhằm chống lại một máy chủ hay là một nhóm máy chủ. Hệ thống IDS dựa trên máy chủ sẽ không phát hiện được những chức năng quét ping hay dò cổng (ping sweep and port
Đề tài: Intrusion Dectection System (IDS) – Hệ thống phát hiện xâm nhập
scans) trên nhiều máy chủ. Nếu máy chủ bị thỏa hiệp thì kẻ xâm nhập hoàn toàn có thể tắt phần mềm IDS hay tắt kết nối của máy chủ đó. Một khi điều này xảy ra thì các máy chủ sẽ không thể tạo ra được cảnh báo nào cả.
Phần mềm IDS phải được cài đặt trên mỗi hệ thống trên mạng nhằm cung cấp đầy đủ khả năng cảnh báo của mạng. Trong một môi trường hỗn tạp, điều này có thể là một vấn đề bởi vì phần mềm IDS phải tương ứng nhiều hệ điều hành khác nhau. Do đó trước khi chọn một hệ thống IDS, chúng ta phải chắc là nó phù hợp và chạy được trên tất cả các hệ điều hành.