2.1. Chứng cứ khoa học :
Mục 2 Điều 2 của Hiệp định SPS quy định tất cả các biện pháp SPS được xây dựng và áp dụng trên cơ sở khoa học và không được duy trì nếu thiếu chứng cứ khoa học. Tuy nhiên, Hiệp định cũng cho phép các nước được áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời trong tường hợp thiếu các thông tin khoa học, sau đó các nước phải tìm kiếm thêm thông tin để có thể đánh giá nguy cơ một cách khách quan và xem xét lại các biện pháp SPS trong khoảng thời gian hợp lý (theo mục 7 của Điều 5).
2.2. Hài hòa hóa :
Hiệp định SPS (Điều 3) khuyến khích các nước thành viên thiết lập các biện pháp SPS phù hợp với các tiêu chuẩn, hướng dẫn và khuyến nghị của các Tổ chức quốc tế: Ủy ban An toàn thực phẩm (CAC), hay còn gọi là Ủy ban Codex; Tổ chức Thú y thế giới (OIE) và Công ước Bảo vệ thực vật (IPPC), đây là 3 tổ chức xây dựng tiêu chuẩn quốc tế được WTO công nhận và cho phép áp dụng trong Hiệp định SPS.
Trong thực tế, tiêu chuẩn quốc tế thường cao hơn tiêu chuẩn của nhiều nước, kể cả một số nước phát triển, Hiệp định SPS cho phép các nước tự lựa chọn không sử dụng các tiêu chuẩn quốc tế mà sử dụng các tiêu chuẩn quốc gia. Tuy nhiên, nếu tiêu chuẩn được lựa chọn gây cản trở thương mại hoặc cao hơn tiêu chuẩn quốc tế thì quốc gia đó phải đưa ra các bằng chứng khoa học (dựa trên kết quả đánh giá nguy cơ), chứng minh được tiêu chuẩn quốc tế liên quan không đảm bảo mức độ bảo vệ mà quốc gia đó cho là thích hợp.
2.3. Công nhận tương đương :
Nguyên tắc này được đề cập trong Điều 4 của Hiệp định, theo đó các nước thành viên phải công nhận biện pháp SPS của nước thành viên khác là tương đương nếu nước xuất khẩu chứng minh được các biện pháp của mình đáp ứng được mức độ bảo vệ tương tự của nước nhập khẩu. Do đó, để thuận lợi trong thương mại, các nước đã ký kết các hiệp định song phương và đa phương về tương đương và công nhận lẫn nhau đối với các biện pháp SPS.
Theo Điều 5 của Hiệp định SPS, các nước thành viên WTO khi xây dựng các biện pháp SPS phải dựa trên cơ sở đánh giá nguy cơ dịch bệnh đối với con người và động thực vật để đưa ra mức bảo vệ thích hợp. Hiện nay tuy rất nhiều quốc gia thực hiện đánh giá nguy cơ trong quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm, thú y và bảo vệ thực vật, Hiệp định SPS vẫn khuyến khích việc sử dụng rộng rãi đánh giá nguy cơ thành hệ thống trong tất cả các nước thành viên WTO và cho tất cả các sản phẩm liên quan.
2.5. Phù hợp với điều kiện vùng;
Do có sự khác nhau về thời tiết, tình hình côn trùng, dịch bệnh và khác nhau về điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm giữa các nước, nên không thể áp đặt cùng yêu cầu về SPS đối với thực phẩm và sản phẩm động thực vật đến từ các nước khác nhau. Do đó, các biện pháp SPS đôi khi cũng thay đổi phụ thuộc vào nước sản xuất thực phẩm và sản phẩm động thực vật liên quan. Điều 6 của Hiệp định SPS cho phép các quốc gia công nhận vùng an toàn dịch bệnh và chấp nhận các quy định đối với các sản phẩm đến từ các vùng này. Tuy nhiên, Hiệp định SPS nghiêm cấm việc phân biệt đối sử một cách tùy tiện trong việc áp dụng các biện pháp SPS, giữa các nhà sản xuất trong nước và các nhà xuất khẩu, giữa các nhà xuất khẩu nước ngoài khác nhau.
2.6. Minh bạch hóa :
Theo Điều 7 của Hiệp định, các nước thành viên phải thông báo cho các nước khác các quy định SPS mới xây dựng hoặc sửa đổi có ảnh hưởng đến thương mại và phải minh bạch hóa việc áp dụng các quy định liên quan đến an toàn vệ sinh thực phẩm, thú y và bảo vệ thực vật . Để đáp ứng yêu cầu này, các nước phải thành lập một Cơ quan trung ương thực hiện chức năng thông báo và một Điểm hỏi đáp để các đối tác thương mại có thể liên hệ và yêu cầu cung cấp các thông tin liên quan, nhiều nước thành lập một cơ quan thực hiện hai chức năng thông báo và hỏi đáp.
2.7. Thủ tục Kiểm định, Kiểm tra và Phê duyệt :
Theo Hiệp định SPS, thủ tục kiểm tra, chứng nhận của các nước thành viên WTO phải đảm bảo nhanh chóng, công bằng, hợp lý và không phân biệt đối xử giữa sản phẩm nội địa và nhập khẩu, giữa sản phẩm nhập khẩu của các nước khác nhau.
Một Ủy ban đặc biệt của WTO gọi là Ủy ban SPS được thành lập như một diễn đàn để trao đổi thông tin về tất cả các vấn đề liên quan đến việc thực hiện Hiệp định SPS trong các nước thành viên. Ủy ban SPS xem xét việc tuân thủ Hiệp định, thảo luận các vấn đề ảnh hưởng đến thương mại và dùy trì sự hợp tác chặt chẽ với các tổ chức kỹ thuật liên quan. Trong trường hợp có sự tranh chấp liên quan đến các biện pháp SPS, Ủy ban sẽ tiến hành các thủ tục giải quyết tranh chấp thông thường của WTO và đề nghị các nhà khoa học trong các lĩnh vực liên quan tư vấn, giúp đỡ.
C. Sự khác nhau giữa hiệp định về các biện pháp vệ sinh dịch tễ và hiệp định về các rào cản kỹ thuật trong thương mại :