Miền tính được mô phỏng là các ô lưới hình vuông có kích thước như nhau, mỗi ô lưới được đánh số thứ tự từ trái sang phải, từ trên xuống dưới. Ô lưới chia càng nhỏ thì độ phân giải càng cao, mô phỏng càng sát với thực tế. Tuy nhiên ô lưới càng nhỏ thì sô lượng ô lưới càng lớn khi đó số lượng phép tính quá lớn dẫn đến tình trạng tràn bộ nhớ trong quá trình tính toán.
Các công trình được mô phỏng theo biên của các ô, sông suối được mô phỏng theo các đường gấp khúc đi qua trung tâm của các ô. Vì vậy ô lưới càng nhỏ thì mô phỏng công trình và sông suối càng chính xác. Chiều rộng của sông lớn nhất không được lớn hơn kích thước của ô nên cần xác định kích thước ô lưới phù hợp đểđảm bảo số lượng ô lưới không quá nhiều, sông suối nằm trọn trong ô lưới và có độ phân giải phù hợp đểđảm bảo độ chính xác cho mô phỏng công trình, mô phỏng sông. Hệ thống ô lưới được bao hết cả vùng có khả năng ngập dùng để diễn toán ngập lụt. Các ô lưới được tạo liên kết hệ thống với các ô lưới xung quanh thông qua số thứ tự của ô lưới đã được đánh dấu. Các công trình như đường giao thông, đê được tạo liên kết công trình để xác định lượng nước tràn bờ giữa các ô lưới, đánh giá tác động của công trình đến diễn toán ngập lụt. Cao độ ô lưới được tính toán từ bản đồđịa hình, mỗi ô lưới được xác định một trị số cao độ nền của ô được tính từ cao độ nền địa hình. Hệ số nhám ô lưới được xác định vào điều kiện lớp phủ và thổ nhưỡng bề mặt của vùng diễn toán ngập lụt. Ngoài tạo liên kết hệ thống ô lưới còn phải tạo liên kết sông với ô lưới mà sông chảy qua, đối với các ô lưới này hệ số nhám được xác định là hệ số nhám trung bình của lòng sông và địa hình được xác định trên cơ sở số liệu mặt cắt ngang. Tổng cao trình đáy sông và độ sâu bằng cao trình nền của ô lưới có sông chảy qua nên sau sau khi tính toán các đặc trưng của mặt cắt thì cần phải kiểm tra lại.